Doktorandråd (PhD council) http://www.dbb.su.se/doktorandhandbok/doktorandr%e5d.html

Contents Welcome to the Department General Information Doktorandråd (PhD council) http://www.dbb.su.se/doktorandhandbok/doktorandr%e5d.html The PhD programs at the Department of Biochemistry and Biophysics Rules, Regulations and Instructions Studyplans for the PhD programs at the Department (Studieplaner) Only in Swedish! Instructions clarifying the Studyplans (030702) Rules for the PhD programs at the Department (030702) The Oral Exam in Biochemistry ( Stora tentan ) Time schedule from pre-dissertation to dissertation The dissertation Finances & social security Scholarships, utbildningsbidrag and doktorandanställning Employment as assistent/amanuens and other Travel fellowships and other fellowships PhD student grant at the Department General issues Teaching and other tasks at the Department When you have got your PhD degree. Safety on board Social activities Trade unions

2 Welcome to the Department of Biochemistry and Biophysics! I wish you very welcome as a PhD student at the Department of Biochemistry and Biophysics (DBB) and to an exciting period in your life. The information you can get from the following pages will hopefully help you during your studies and although most of what you need to know can be found there, I want to emphasize some aspects of your life as a PhD student. First of all, the next 4-6 years will be a period of hard work in the lab, success, frustration, happiness, lack of time, international travels & contacts, always feeling that there is another paper to read, seminars, courses, all which are parts of the process of becoming a scientist and for that matter the life as a scientist. I hope you also will feel that you are part of a successful Department that is proud of its teaching and research. Your work both as an instructor in the courses and in the research lab will be important contributions to the future reputation of the Department. As a PhD student you are a member of the Department that can influence the decisions taken by the Department Board and also of course take part in the social life. To meet the requirement for the PhD degree you have to present a thesis and obtain 40 theoretical "points". The thesis is based on your experimental work as presented in at least four papers (or equivalent) in international scientific journals. A major part of the theoretical requirement is an oral examination on general biochemistry, biophysics or bioinformatics. This examination is to certify that you have a general knowledge to discuss your scientific area. It is very easy to become a specialist in the area of ones own thesis work, so you will have to make a point of not loosing the knowledge that you have from the basic and advanced courses. A good way to keep this general knowledge alive and to increase it, is to take part in all seminars given at the Department and to subscribe (and read) to e.g. TIBS. As a PhD student you have 5 000 SEK that you can use for e.g. subscriptions and travels to meetings, during the time you are here. I am sure you will enjoy your time at the Department, but if you run into problems that you can not solve together with your supervisor, please come and see me. Again very welcome! Stefan Nordlund Head of the Department of Biochemistry and Biophysics

General information 3 There are different ways to stay updated about what is going on at the Department. First of all you should carefully read information on the notice boards at the Department, read mails sent by the Head of the Department, the secretaries, Peter Nyberg or Torbjörn Astlind (computers etc). There are also minutes from the Board meetings both sent by email and posted. At irregular intervals the BBBB is distributed with news from the Department. You will also find a lot of useful information the Internal pages at our web site: http://www.dbb.su.se/ An important way to keep in touch and actively participate is to take part in the meetings arranged by the PhD student council at the Department. There is also a news letter, the SU-nytt, distributed to everyone by and about Stockholm University. You can also find important information on the Stockholm University web site, http://www.su.se and especially at Insidan. The Faculty of Science has also a a web site (www.natvet.su.se), where you among other things also can find a Hand Book for PhD students (http://www.matnat.su.se/internt/forskutbildn/handboken/index.html) presently only in Swedish but an English version will be available during 2004. Högskoleverket has also a Hand Book which you can find at http://www.doktorandhandboken.nu/

4 The PhD programs at the Department of Biochemistry and Biophysics Rules, Regulations and Instructions Studyplans (in Swedish only) STUDIEPLAN FÖR FORSKARUTBILDNING I BIOFYSIK (inkl. bestämmelser för licentiatexamen) Styrelsen för Stockholms universitet har, 2002-11-29, beslutat att antagning kan ske till en del av forskarutbildning som avslutas med licentiatexamen omfattande minst 80 poäng (i enlighet med förordning 2002:139). Antagning till forskarutbildning vid Stockholms universitet skall dock i huvudsak ske till sådan utbildning som avslutas med doktorsexamen. I de fall antagning ändå sker till utbildning som leder till licentiatexamen skall en förnyad vetenskaplig prövning samt en analys av finansieringsplan göras om den forskarstuderande önskar fortsätta till en doktorsexamen. Behörighetsvillkoren för att antas till licentiatexamen är desamma som för att antas till forskarutbildningen. 1. Beslut Studieplanen är fastställd av biologisk-geovetenskapliga sektionsnämnden 1981-03-04 och av matematisknaturvetenskapliga fakultetsnämnden senast ändrad 1998-06-24 enligt förordning SFS 1998:80. Föreskrifter rörande forskarutbildning återfinns i högskoleförordningen (SFS 1998:80) kapitlen 5, 9-10 och 13. Forskarutbildning ges i den omfattning tillgängliga resurser medger. 2. Mål för utbildningen Biofysik kan sammanfattande beskrivas som den vetenskap, vars strävan är att utforska och beskriva fysikaliska fenomen inom biologin med användande av experimentella och teoretiska metoder, som utvecklats inom fysiken och angränsande vetenskapsområden, t ex fysikalisk kemi. Härvid läggs speciell vikt vid tillämpandet av fysikaliska tänkesätt på biologiska system och sammanhang. De behandlade biologiska systemens natur fordrar ofta modifiering eller nyskapande av experimentell apparatur och teoretisk metodik. Utbildningen skall ge fördjupad insikt och orientering i valda delar av det tvärvetenskapliga området mellan medicin, biologi, biokemi, fysikalisk kemi och fysik. Den skall vidare ge färdigheter i forskningsmetodik, särskilt med hänsyn till användning av fysikaliska, fysikalisk-kemiska, teoretiska och experimentella metoder vid lösandet av biologiska problem, samt ge erfarenhet av tvärvetenskaplig forskning med biofysikalisk inriktning. Utbildningen avslutas med licentiat- eller doktorsexamen. 3. Behörighetsvillkor och förkunskapskrav För behörighet att antas till forskarutbildningen krävs att den sökande uppfyller dels villkor för grundläggande behörighet, dels villkor för särskild behörighet, och har sådan förmåga i övrigt som behövs för att gå igenom utbildningen. 3.1 Grundläggande behörighet Grundläggande behörighet att antas till forskarutbildning har den som på ett tillfredsställande sätt genomgått allmän, lokal eller individuell utbildningslinje inom grundläggande högskoleutbildning om minst 120 poäng.

5 Detta krav skall anses vara uppfyllt även av den som i annan ordning inom eller utom landet har förvärvat motsvarande kunskaper. Om särskilda skäl föreligger får fakultetsnämnden för en enskild sökande medge undantag från villkor för grundläggande behörighet. 3.2 Särskild behörighet För särskild behörighet att antas till forskarutbildning i biofysik krävs att den sökande inom grundutbildningen har godkänt resultat på kurser om minst 60 poäng i fysik eller kemi med inriktning på fysikalisk kemi. Särskild behörighet har också den som i annan ordning inom eller utom landet förvärvat i huvudsak motsvarande kunskaper. 4. Antagning; urval Beslut om antagning av studerande till forskarutbildning i biofysik fattas av institutionsstyrelsen. Till forskarutbildningen får antas endast så många doktorander som kan erbjudas handledning och godtagbara studievillkor i övrigt och som har studiefinansiering. Institutionsstyrelsen får till forskarutbildningen anta bara sökande som anställs som doktorand eller som beviljas utbildningsbidrag för doktorander. Institutionsstyrelsen får anta sökande som har någon annan form av studiefinansiering, om institutionsstyrelsen bedömer att finansieringen kan säkras under hela utbildningen och att den sökande kan ägna så stor del av sin tid åt utbildningen att den kan slutföras inom åtta år. Urval bland behöriga sökande ska göras med hänsyn till deras förmåga att tillgodogöra sig utbildningen. 5. Utbildning för doktorsexamen 5.1 Allmänt Utbildningen för doktorsexamen kräver fyra års heltidsstudier. Utbildningen består av en kursdel, som omfattar lägst 40 poäng, och en avhandlingsdel. En individuell studieplan över utbildningsgången ska upprättas för varje forskarstuderande avseende såväl kursdelen som det vetenskapliga arbetet. Även om kursdelen föregår avhandlingsdelen rekommenderas den studerande att på ett tidigt stadium diskutera avhandlingsämne. 5.2 Individuell studieplan För varje doktorand ska det upprättas en individuell studieplan. Den ska fastställas av institutionsstyrelsen efter samråd med doktoranden och hans/hennes handledare. Den individuella studieplanen ska innehålla en tidsplan för doktorandens forskarutbildning, en beskrivning av de åtaganden som doktoranden och institutionen har under utbildningstiden samt vad som i övrigt behövs för att utbildningen hela tiden ska kunna bedrivas på ett effektivt sätt. Den individuella studieplanen ska följas upp av institutionen minst en gång varje år. Vid uppföljningen ska doktorand och handledare informera institutionsstyrelsen om hur utbildningen framskrider. Institutionsstyrelsen kan därvid eller när det annars är påkallat göra de ändringar i den individuella studieplanen som behövs. Innan en ändring görs ska doktorand och handledare ges möjlighet att yttra sig. Doktorand och handledare ska skriftligen intyga att de har tagit del av den individuella studieplanen och de ändringar som görs i den. 5.3 Kurser I de avsnitt där lämplig kurs inte anordnas, väljs lämplig poängsatt litteraturkurs. Ett fast kursschema kan ej anges, eftersom kursernas innehåll och omfattning i hög grad beror på den enskilde studerandes bakgrund och studieinriktning. 5.4 Avhandling Som ett led i utbildningen skall den studerande författa en vetenskaplig avhandling. Avhandlingen skall visa doktorandens förmåga att på ett vetenskapligt tillfredsställande sätt självständigt - inom eller utom ramen för ett lagarbete - lösa den valda forskningsuppgiften.

6 Avhandlingen bör kvalitetsmässigt ligga på en sådan nivå att den kan bedömas uppfylla rimligt ställda krav för att antas till publicering i en vetenskaplig skriftserie. Doktorsavhandlingen skall utformas antingen som ett enhetligt, sammanhängande vetenskapligt verk (monografiavhandling) eller som en sammanläggning av vetenskapliga uppsatser med en kort sammanfattning av dessa. Uppsatserna får ha författats gemensamt med andra personer. Doktorandens insatser skall dock klart kunna urskiljas om arbetet utförts inom ramen för ett lagarbete. Till doktorsavhandling skall fogas ett kortfattat engelskspråkigt referat. 5.5 Undervisning Undervisning i samtliga ingående kurser ges inte varje läsår, vilket bör beaktas vid planläggningen av studierna. Även undervisning inom angränsande ämnen kan vara av intresse för doktoranden. Den studerande bör också delta aktivt i de gruppseminarier som regelbundet tar upp aktuella forskningsresultat till diskussion. Vissa kurser eller viss undervisning kan ges i samarbete med andra institutioner. Den studerande bör tillvarata de tillfällen som ges att bevista gästföreläsningar både inom det egna ämnet och inom angränsande ämnen. 5.6 Handledning Handledning kan ges av professor, adjungerad professor, universitetslektor och forskarassistent. För varje doktorand ska institutionsstyrelsen utse en eller flera handledare. Utses flera handledare ska en av dem utses till huvudhandledare. Doktoranden har rätt till handledning under den tid som kan anses behövas för den föreskrivna utbildningen om 160 poäng, om inte fakultetsnämnden med stöd av högskoleförordningens 9 kap 10 beslutar något annat. Ämne för avhandlingen bör väljas i samråd med huvudhandledaren. En doktorand som begär det ska få byta handledare. 5.7 Kunskapsprov och disputation För examen erfordras att den studerande får betyget godkänd dels på de kurser som ingår i examen, dels på avhandlingen. Varje kurs avslutas i regel med skriftligt eller muntligt prov. I vissa fall kan kontinuerlig kunskapskontroll ske i samband med undervisning/laborationer. Prov bedöms med något av betygen underkänd eller godkänd. Studerande som vid en högskoleenhet har godkänts i prov som ingår i forskarutbildningen har rätt att tillgodoräkna sig detta även vid annan högskoleenhet. Avhandlingen skall försvaras muntligen vid offentlig disputation. Avhandlingen bedöms med något av betygen underkänd eller godkänd. Betyget bestäms av en betygsnämnd, som utses av fakultetsnämnden, särskilt för varje avhandling. Doktorandens handledare och opponenten får vara närvarande vid sammanträden med betygsnämnden och delta i överläggningarna men inte i besluten; har flera handledare utsetts skall detta gälla för huvudhandledaren. Endast om det finns särskilda skäl för detta får handledaren utses till ledamot i betygsnämnden. Vid betygssättning av avhandling skall hänsyn tas till såväl innehållet som till försvaret. 6. Utbildning för licentiatexamen 6.1 Allmänt Utbildning för licentiatexamen skall motsvara två års heltidsstudier (80 poäng). Utbildningen består av en vetenskaplig uppsats om minst 40 poäng och en kursdel om minst 30 poäng. 6.2 Kurser De kurser som kan inräknas i kursdelen väljes i samråd med handledaren. 6.3 Uppsats Som ett led i utbildningen skall den studerande författa en vetenskaplig uppsats. Kvalitets-

7 mässigt bör uppsatsen ligga på en sådan nivå att den bedöms uppfylla rimligt ställda krav för att antas till publicering i en vetenskaplig skriftserie. 6.4 Undervisning Undervisningen bedrivs på samma sätt som för doktorsexamen, se 5.5 6.5 Handledning Studerande för licentiatexamen har rätt till handledning under sammanlagt den tid som kan anses behövas för den föreskrivna utbildningen om 80 poäng, i övrigt se 5.6. 6.6 Prov De tre första styckena i 5.7 är tillämpliga även för licentiatexamen. För betygssättning av uppsatsen ska institutionsstyrelsen utse särskild sakkunnig, som också fungerar som opponent. En representant från en annan institution inom sektionen/fakulteten, utsedd av institutionsstyrelsen, skall vara närvarande vid licentiatseminariet. Innan betyg sätts skall uppsatsen ha lagts fram vid ett av institutionen anordnat seminarium. Minst tre veckor innan betyg sätts skall seminariet och uppsatsen anslås på institutionen, seminariekallelsen sändas till övriga institutioner inom den biologiska sektionen, samt kallelse och uppsats sändas till övriga högskoleenheters institutioner för biofysik. 7. Övriga anvisningar Den vetenskapliga litteraturen inom ämnesområdet är till stor del skriven på engelska och ofta presenterad i former som ställer höga krav på läsarens kunskaper i engelska. En förutsättning för att forskarutbildningen skall kunna genomföras inom avsedd tid är därför att den studerande har goda kunskaper på detta område. Beslut om kurslitteratur i de olika kurserna fattas på sätt institutionsstyrelsen bestämmer. STUDIEPLAN FÖR FORSKARUTBILDNING I BIOKEMI (inkl. bestämmelser för licentiatexamen) Styrelsen för Stockholms universitet har, 2002-11-29, beslutat att antagning kan ske till en del av forskarutbildning som avslutas med licentiatexamen omfattande minst 80 poäng (i enlighet med förordning 2002:139). Antagning till forskarutbildning vid Stockholms universitet skall dock i huvudsak ske till sådan utbildning som avslutas med doktorsexamen. I de fall antagning ändå sker till utbildning som leder till licentiatexamen skall en förnyad vetenskaplig prövning samt en analys av finansieringsplan göras om den forskarstuderande önskar fortsätta till en doktorsexamen. Behörighetsvillkoren för att antas till licentiatexamen är desamma som för att antas till forskarutbildningen. 1. Beslut Studieplanen är fastställd av kemiska sektionsnämnden 1981-01-28 och av matematisk-naturvetenskapliga fakultetsnämnden senast ändrad 1998-06-24 enligt förordning SFS 1998:80. Föreskrifter rörande forskarutbildning återfinns i högskoleförordningen (SFS 1998:80) kapitlen 5, 9-10 och 13. Forskarutbildning ges i den omfattning tillgängliga resurser medger. 2. Mål för utbildningen

8 Utbildningen syftar till att ge den studerande dels en fördjupad vetenskaplig skolning genom utarbetandet av en avhandling dels vidgade kunskaper inom ämnesområdet. Innehållet och omfattningen bör vara så avpassade att utbildningen kan utgöra en lämplig grund för självständig vetenskaplig forskning, för samarbete med andra forskare samt för under-visning inom filosofisk grundexamen och handledning av doktorander. Utbildningen skall också göra den studerande väl förberedd för andra uppgifter i samhället där krav ställs på djupgående insikter i biokemi och biokemiska forskningsmetoder. För de studenter som antagits med inriktning mot Teoretisk Kemi läggs särskild vikt vid teoretisk analys av biokemiska och molekylärbiologiska problemställningar. Utbildningen avslutas med licentiat- eller doktorsexamen. 3. Behörighetsvillkor och förkunskapskrav För behörighet att antas till forskarutbildningen krävs att den sökande uppfyller dels villkor för grundläggande behörighet, dels villkor för särskild behörighet, och har sådan förmåga i övrigt som behövs för att gå igenom utbildningen. 3.1 Grundläggande behörighet Grundläggande behörighet att antas till forskarutbildning har den som på ett tillfredsställande sätt genomgått allmän, lokal eller individuell utbildningslinje inom grundläggande högskoleutbildning om minst 120 poäng. Detta krav skall anses vara uppfyllt även av den som i annan ordning inom eller utom landet har förvärvat motsvarande kunskaper. Om särskilda skäl föreligger får fakultetsnämnden för en enskild sökande medge undantag från villkor för grundläggande behörighet. 3.2 Särskild behörighet För särskild behörighet att antas till forskarutbildning i Biokemi krävs att den sökande inom grundutbildningen har godkänt resultat på kurser om minst 80 poäng i kemi/molekylära livsvetenskaper (Life Science) inklusive godkänd påbyggnadskurs i biokemi och godkänt examens-/projektarbete, 20 poäng, med biokemisk inriktning. Särskild behörighet att antas till forskarutbildningen i Biokemi med inriktning mot Teoretisk Kemi har den som har godkänt resultat på kurser om minst 80 poäng i antingen a. kemi och därvid med godkänt resultat genomgått påbyggnadskurs i biokemi eller b. datalogi eller matematik/matematisk fysik. För både a. och b. gäller krav på godkänt examens/ projektarbete i biokemi eller teoretisk kemi. Särskild behörighet har också den som i annan ordning inom eller utom landet förvärvat i huvudsak motsvarande kunskaper, vilket bedöms av examinator och/eller studierektor för forskarutbildningen. 4. Antagning; urval Beslut om antagning av studerande till forskarutbildning i biokemi fattas av institutions-styrelsen, - eller - om styrelsen så beslutar - av prefekten eller av en särskild, av styrelsen inrättad/godkänd antagningsnämnd. Lämnas uppdraget till prefekten, skall denne, innan beslut fattas ha samrått med de lärare som tjänstgör som handledare inom forskar-utbildningen. Till forskarutbildningen får antas endast så många doktorander som kan erbjudas handledning och godtagbara studievillkor i övrigt och som har studiefinansiering. Institutionsstyrelsen får till forskarutbildningen anta bara sökande som anställs som doktorand eller som beviljas utbildningsbidrag för doktorander. Institutionsstyrelsen får anta sökande som har någon annan form av studiefinansiering, om institutionsstyrelsen bedömer att finansieringen kan säkras under hela utbildningen och att den sökande kan ägna så stor del av sin tid åt utbildningen att den kan slutföras inom åtta år. Urval bland behöriga sökande ska göras med hänsyn till deras förmåga att tillgodogöra sig utbildningen. 5. Utbildning för doktorsexamen 5.1 Allmänt Utbildningen för doktorsexamen kräver fyra års heltidsstudier. Utbildningen består av en kursdel, som omfattar 40 poäng, och en avhandlingsdel.

9 En individuell övergripande studieplan över utbildningsgången ska upprättas för varje forskar-studerande avseende såväl kursdelen som det vetenskapliga arbetet. Även om kursdelen föregår avhandlingsdelen rekommenderas den studerande att på ett tidigt stadium diskutera avhandlingsämne. 5.2 Individuell studieplan För varje doktorand ska det upprättas en individuell studieplan. Den ska fastställas av institutionsstyrelsen efter samråd med doktoranden och hans/hennes handledare. Den individuella studieplanen ska innehålla en tidsplan för doktorandens forskarutbildning, en beskrivning av de åtaganden som doktoranden och institutionen har under utbildningstiden samt vad som i övrigt behövs för att utbildningen hela tiden ska kunna bedrivas på ett effektivt sätt. Den individuella studieplanen ska följas upp av institutionen minst en gång varje år. Vid uppföljningen ska doktorand och handledare informera institutionsstyrelsen om hur utbildningen framskrider. Institutionsstyrelsen kan därvid eller när det annars är påkallat göra de ändringar i den individuella studieplanen som behövs. Innan en ändring görs ska doktorand och handledare ges möjlighet att yttra sig. Doktorand och handledare ska skriftligen intyga att de har tagit del av den individuella studieplanen och de ändringar som görs i den. 5.3 Kurser Den sammanlagda längden av den kursbundna undervisningen ska uppgå till 40 poäng. Poängsystemet anknyter till det system som används vid grundutbildningen vid filosofisk fakultet, dvs heltidsstudier under ett läsår ger 40 poäng. För studerande inom forskarutbildningen i Biokemi ska i den poängsatta delen av utbildningen ingå dels en skriftlig sammanfattning av litteraturen för avhandlingsområdet med en forskningplan dels en mer omfattande litteraturtentamen i biokemi om minst 15 poäng. Även andra litteraturstudier liksom studier i forskningsmetodik i anslutning till den studerandens forskningsprojekt kan inräknas med ca 1 poäng per vecka. Studerande antagna med inriktning mot Teoretisk Kemi kategori a. ska genomgå kurser med inriktning mot datalogi, statistik, fysik, biofysik eller bioinformatik. Studerande antagna under kategori b. ska genomgå kurser med inriktning mot biokemi/molekylärbiologi, kombinerade med ett laborativt projektarbete om minst 5 poäng. För båda kategorierna gäller att det i utbildningen ingår en mer omfattande litteraturtentamen i bioinformatik/ biocomputing om minst 10 poäng, vilken ersätter motsvarande tentamen i biokemi. 5.4 Avhandling Som ett led i utbildningen skall den studerande författa en vetenskaplig avhandling. Avhandlingen skall visa doktorandens förmåga att på ett vetenskapligt tillfredsställande sätt självständigt - inom eller utom ramen för ett lagarbete - lösa den valda forskningsupp-giften. Avhandlingen bör kvalitetsmässigt ligga på en sådan nivå att den kan bedömas uppfylla rimligt ställda krav för att antas till publicering i en vetenskaplig skriftserie. Doktorsavhandlingen skall utformas antingen som ett enhetligt, sammanhängande vetenskapligt verk (monografiavhandling) eller som en sammanläggning av vetenskapliga uppsatser med en kort sammanfattning av dessa. Uppsatserna får ha författats gemensamt med andra personer. Doktorandens insatser skall dock klart kunna urskiljas om arbetet utförts inom ramen för ett lagarbete. Avhandlingen skrivs företrädesvis på engelska. Till doktorsavhandling skall fogas ett kortfattat engelskspråkigt referat. 5.5 Undervisning Undervisning i samtliga ingående kurser ges inte varje läsår, vilket bör beaktas vid planläggningen av studierna. Även undervisning inom angränsande ämnen kan vara av intresse för doktoranden. Den studerande bör också delta aktivt i de gruppseminarier som regelbundet tar upp aktuella forskningsresultat till diskussion. Vissa kurser eller viss undervisning kan ges i samarbete med andra institutioner. Den studerande bör tillvarata de tillfällen som ges att bevista gästföreläsningar både inom det egna ämnet och inom angränsande ämnen. 5.6 Handledning Handledning kan ges av professor, adjungerad professor, universitetslektor och forskarassistent. För varje doktorand ska institutionsstyrelsen utse en eller flera handledare. Utses flera handledare ska en av dem utses till huvudhandledare.

10 Doktoranden har rätt till handledning under den tid som kan anses behövas för den föreskrivna utbildningen om 160 poäng, om inte fakultetsnämnden med stöd av högskoleförordningens 9 kap 10 beslutar något annat. Ämne för avhandlingen bör väljas i samråd med huvudhandledaren. En doktorand som begär det ska få byta handledare. 5.7 Kunskapsprov och disputation För examen erfordras att den studerande får betyget godkänd dels på de kurser som ingår i examen, dels på avhandlingen. Varje kurs avslutas i regel med skriftligt eller muntligt prov. I vissa fall kan kontinuerlig kunskapskontroll ske i samband med undervisning/laborationer. Prov bedöms med något av betygen underkänd eller godkänd. Studerande som vid en högskoleenhet har godkänts i prov som ingår i forskarutbildningen har rätt att tillgodoräkna sig detta även vid annan högskoleenhet. Studerande ska ca 6 månader före planerat disputationsdatum anmäla detta till prefekten, som i samråd med handledaren bestämmer datum för ett seminarium då studenten ska redovisa sitt avhandlingsarbete. Prefekten beslutar på grundval av studentens presentation, i samråd med två docentkompetenta lärare, som denne utser och handledaren, om studenten ske beredas tillfälle att disputera vid planerat tillfälle. Avhandlingen skall försvaras muntligen vid offentlig disputation. Avhandlingen bedöms med något av betygen underkänd eller godkänd. Betyget bestäms av en betygsnämnd, som utses av fakultetsnämnden, särskilt för varje avhandling. Doktorandens handledare och fakultetsopponenten får vara närvarande vid sammanträden med betygsnämnden och delta i överläggningarna men inte i besluten; har flera handledare utsetts skall detta gälla för den som de facto varit handledare. Endast om det finns särskilda skäl för detta får handledaren utses till ledamot i betygsnämnden. Vid betygssättning av avhandling skall hänsyn tas till såväl innehållet som till försvaret. 6. Utbildning för licentiatexamen 6.1 Allmänt Utbildning för licentiatexamen skall motsvara två års heltidsstudier (80 poäng). Utbildningen består av en vetenskaplig uppsats om minst 40 poäng och en kursdel om minst 30 poäng. 6.2 Kurser De kurser som kan inräknas i kursdelen väljes i samråd med handledaren. I kursdelen ingår en mer omfattande litteraturexamen enligt 5.2 om minst 10 poäng. 6.3 Uppsats Som ett led i utbildningen skall den studerande författa en vetenskaplig uppsats. Kvalitetsmässigt bör uppsatsen ligga på en sådan nivå att den bedöms uppfylla rimligt ställda krav för att antas till publicering i en vetenskaplig skriftserie. 6.4 Undervisning Undervisningen bedrivs på samma sätt som för doktorsexamen, se 5.5. 6.5 Handledning Studerande för licentiatexamen har rätt till handledning under sammanlagt den tid som kan anses behövas för den föreskrivna utbildningen om 80 poäng, i övrigt se 5.6. 6.6 Prov De tre första styckena i 5.7 är tillämpliga även för licentiatexamen. För betygssättning av uppsatsen ska institutionsstyrelsen utse särskild sakkunnig, som också fungerar som opponent. Betyg på uppsatsen sätts i den ordning institutionsstyrelsen bestämmer.

11 En representant från en annan institution inom sektionen/fakulteten, utsedd av institutionsstyrelsen, skall vara närvarande vid licentiatseminariet. Innan betyg sätts skall uppsatsen ha lagts fram vid ett av institutionen anordnat seminarium. Minst två veckor innan betyg sätts skall seminariet och uppsatsen anslås på institutionen, seminariekallelsen sändas till övriga institutioner inom den kemiska sektionen, samt kallelse och uppsats sändas till övriga högskoleenheters institutioner för biokemi. 7. Övriga anvisningar Den vetenskapliga litteraturen inom ämnesområdet är till stor del skriven på engelska och ofta presenterad i former som ställer höga krav på läsarens kunskaper i engelska. En förutsättning för att forskarutbildningen skall kunna genomföras inom avsedd tid är därför att den studerande har goda kunskaper på detta område. Beslut om kurslitteratur i de olika kurserna fattas på sätt institutionsstyrelsen bestämmer. Instructions Instructions for the PhD programs at the Department of Biochemistry and Biophysics, Stockholm University The following instructions mainly concern the theoretical part of the PhD programs and are meant to complement the study plans. General A. Items that in general are obligatory in the theoretical part of the requirements for the PhD degree. 1. Participation during the first year of the PhD program in the PhD course arranged by the Chemistry Section (5 credits). 2. Writing a reseacrh plan for the thesis project as it has been planned. The plan should include Introduction with background and aim of the project, results during the first year, planned future experiments and a reference list. The plan, which should be signed and passed by the supervisor, should be given to the Director of the PhD programs within a year from the start of the PhD program. The plan will give 5 credits when passed by the Director of the PhD programs. 3. Oral exam as specified below.. 4. Participation in the Department of Biochemistry and Biophysics seminars, PhD student seminars, pre-dissertation seminars and dissertations at the Department. 5. Participation in seminars in your research group. 6. Check-points etc according to the individual studyplan. B. Items that can be included in the theoretical part of the requirements for the PhD degree.

1. PhD courses arranged by the Department or at other departments and universities. 12 2. Undergraduate courses at the advanced level or higher. Courses taken before acceptance to the PhD program that are not included in the undergraduate degree or part of the requirements for acceptance to the PhD program, can be included and given credits for in the PhD program at a maximum of 10 credits, after agreement with the supervisor and the Director of the PhD program. 3. Participation in international PhD courses arranged by e.g. EMBO, FEBS, etc. These courses are excellent and can be highly recommended. The number of credits given for theses courses is determined by the Director of the PhD program. 4. Books etc relevant to the thesis work can be used for exams after discussions with the supervisor and the Director of the PhD program, who also will decide on the number of credits given (Rule of thumb: 1 credit = 50-100 pages). In general courses that do not include some kind of examination will not give more than 3 credits. Credits given will be registered in LADOK by the Director of the PhD program based on documents verifying that the course has been taken. C. Pre-disseration seminar as a requirement for the PhD degree About 6 months ahead the PhD student shall inform the Head of the Department about the planned dissertation date, who in discussions with the supervisor decides on a date for the seminar in which the PhD student presents the thesis work. After the seminar the Head of the Department decides after discussions with the supervisor and the evaluators if the student can be recommended to defend her/his thesis as planned. D. Items in the theoretical requirements for the licenciat degree All items in A and B for the PhD degree are mandatory. The oral exam does not have to include TIBS and thus gives only 10 credits. The PhD program in Biophysics All items in A - D are included, the oral exam (A2) should be on literature decided by the professor in Biophysics ( ämnesansvarige ) and gives 10 credits. In addition there are specific requirements for the courses to be included as specified in the study plan for Biophysics. The PhD program in Biochemistry The oral exam in biochemistry consists of two parts: one on genral biochemistry based on any of the modern extensive text books available e.g. those with Stryer, Lehninger, Nelson & Cox, Voet & Voet, and Matthews & van Holde as authors (10 credits), and one based on the most recent 12 issues of TIBS (5 credits). The first part will be with ämnesansvarige in Biochemistry together with two other teachers (docents) at the Department and the second part will be with ämnesansvarige in Biochemistry together

13 with one other teacher (docent). PhD students accepted before 2002 can choose to take the 15 credit exam, i.e. the general part and TIBS at the same time. The PhD program in Biochemistry/Theoretical Chemistry All items in A - D are included, the oral exam (A2) should be on bioinformatics/ biocomputing, the literature will be decided by the professor in Theoretical Chemistry ( ämnesansvarige ) and gives 10 credits. In addition there are specific requirements for the courses to be included as specified in the study plan for Biochemistry/Theoretical Chemistry. The oral exam in Biophysics and Theoretical Chemistryrespectively, will be done as decided by the ämnesansvarige for each individual student. Rules Rules for the accomplishment and evaluation of the PhD programs at DBB The normal PhD program for a PhD student consists of the following events: 1. Before being accepted by the Deparment Board the Head of the Department has a meeting with the PhD student to be, the supervisor and the assistant supervisor. The latter should have some scientific competence in the thesis project and should also serve as a general discussion partner. In addition the head of the Department will assign an evaluator/mentor that will be carrying out the evaluations during the PhD program. At the meeting the Head of the Department informs about the rights and responsibilities of a PhD student and also what being a PhD student means. In addition the thesis project should be discussed and it should be clarified how the student will be financed. Information will also be given about the PhD program in general. 2. The Board will decide on both supervisor and assistant supervisor. Before the acceptance to the PhD program is in effect, the student, the supervisors and the Head of the Department should have signed the individual study plan. This can be regarded as a contract between the PhD student, the supervisors and the Department. 3. During year 1 the PhD student should take the PhD course organized by the Chemistry Section. 4. About 1 year after being accepted to the PhD program, the student should submit a research plan to the Director of the PhD programs, who also will decide if it is passable. The plan should contain an introduction accounting for the literature background of the thesis project, the aim of the project, results during the first year wit ha discussion, planned experiments and a reference list according to an accepted format.

14 The plan should be accepted and signed by the supervisor before it is submitted to the Director. 5. Directly after the Research plan has been accepted by the Director, the supervisor should arrange the first evaluation/check-point. The evaluator should get a copy of the research plan well before the evaluation. The evaluator should hand in a report (a specific form will be available) on the evaluation, signed by the supervisors and the PhD student, to the Head of the Department. 6. At the middle of year 3, the PhD student gives a PhD student seminar, directly after which the second evaluation/check-point is done and a report issued as at the first evaluation. If the PhD student decides to take the licenciat degree, the licenciat seminar replaces the PhD student seminar. 7. 30 45 months after acceptance to the PhD program the oral exam should be taken: in Biophysics (10 credits), in Biochemistry (10 + 5 credits, alt 15 credits for students accepted before 2002) and in Biochemistry/Theoretical Chemistry (10 credits). 8. About 1 year before the dissertation the student submitts a short (~1 A4) report of the thesis work and the theoretical part. This should include publications to be included in the thesis and their status (published, accepted, submitted, draft, still on the bench ) and number of credits obtained. The PhD student and the supervisor should sign the report. This report and the oral exam passed are required before the student is allowed to give the pre-dissertation seminar. 9. 3-6 months before the dissertation the PhD student gives the pre-dissertation seminar. This time schedule is based on the assumption that the PhD student has 20% teaching as assistent" during the full PhD program. In other cases the time schedule will be modified accordingly. Schematic summary Year* Student Evaluation PhD course 1 Arranged by the Section 2 of Chemistry Project plan (5p) Evaluation based on project plan 3 PhD seminar Oral exam Evaluation

15 4 (10 + 5 p) Pre-dissertation 5 seminar Status description Dissertation * (The time schedule is based on 80% PhD study time) The evaluations The purpose of the evaluations is to make sure that the PhD program is coming along well for the student, both scientifically and socially. The evaluations are chaired by the evaluator and should in the normal case be done with the PhD student and the supervisor, preferably also the assistant supervisor, at the same time. Oral Exam in Biochemistry 1. Exam The Oral Exam, one of the obligatory requirements for a PhD degree in Biochemistry, is devided in two parts taking place at two different times. The first covers general biochemistry ( A textbook ) and the second covering one year of TIBS, giving 10 and 5 credits respectively. At the first examination ( A textbook ) there will be three examiners at the second (TIBS) two. A second examination (if you don t pass the first) must wait until the next period. The first part ( A textbook ) must be done before the second (TIBS). The exam should be done 30-45 months after the date of acceptance as PhD student. Book exam date with ämnesansvarige presently Stefan Nordlund. 2. Examination periods. 15 September 15 October, 15 January 15 February, May PhD students accepted before 2002 can choose to do the exam according to these rules or the old. The periods are the same though.

16 Time schedule from pre-dissertation to dissertation ( as in effect 2004) The following schedule is meant to be of assistance when a dissertation is planned, so that no obstacles or delays will occur. Note that some of the dead-lines are not negotiable! 1. Pre-dissertation seminar Should be given 5-6 months before the dissertation. Time for this seminar should be booked well in advance with Stefan Nordlund. After the seminar there will be an evaluation of the student in which the supervisor and the appointed experts participate. At this meeting the supervisor must present the planned date for the dissertation, and a suggestion for opponent and examination committee ( 1 from DBB, 1 from SU) including a reserve (not SU). Usually Stefan Nordlund should be the member from DBB. Preferably the opponent should already have agreed on the date planned. Note! In general there should not have been any collaboration between the supervisor/student and the opponent/examination committee during the time period starting the date the PhD student was accepted. The supervisor should inform the opponent about the procedure at the dissertation. The supervisor should make travel arrangements with the opponent and ask Kicki to book hotel room. The supervisor should ask the opponent if he/she would like to give a DBB seminar. If yes, inform Stefan Nordlund. The supervisor shall inform the student about the decision. The student shall book the dissertation date at studentbyrån (presently Mikael Stenberg, extn. 2034) and thereafter the Magneli Hall (Kicki). A preliminary booking can be made earlier. The dissertation should begin at 10 am or at 2 pm. Note that the end of the spring semester is very popular for dissertations. There can only be one dissertation in Chemistry at a given time, but one in the morning and one in the afternoon is OK. You should also get the ISBN number for your thesis from Studentbyrån. The student should contact a printer. The most commonly used at the DBB have been DocuSys and Akademitryck. The student should not be made responsible for contacts with the opponent or the examination committee!!!!! In fact such contacts should be kept at a minimum before the dissertation, it is for example not advisable that the student participates in a dinner with the opponent the day before the dissertation.

17 2. 10 weeks before D-day The supervisor emails names and the addresses (including email) of the opponent and examination committee members, who all should have agreed on the date, to Stefan Nordlund, who will submit the proposal to the Faculty for approval. There should also be a short (two lines) description of the scientific expertise of each of the persons. All should be docents or be at a comparable scientific level. 3. 7.5 weeks before D-day The student sends the almost final version of the thesis to the opponent and the examination committee. One copy should always be given to Stefan Nordlund. When sending the thesis you should include a letter that you will get from Kicki. Note that this can not be done until the opponent and the examination committee have been approved by the Faculty. 4. 4-6 weeks before D-day The student gives the final version of the thesis to the printer. You may not do this before the coordinator, samordnare (usually Stefan Nordlund) has given the permission. Usually the printer wants to have a preliminary version earlier and you should always make clear when the dead-line is for handing over the final version to the printer. 5. 3 weeks before D-day Spikdag, the day that the student has to hand in a specified number of copies to Studentbyrån. You will get information about this from Studentbyrån when you have booked the date for the dissertation. This is a very important date an can not be changed, except under very specific circumstances! The student should also distribute copies of the thesis to all teachers at DBB, 4 copies to Kicki, and one to the Chemistry library. In addition one copy of the thesis should be nailed on the birch in the pantry floor 4 (Eddie will help) and one on the oak in the main entrance to the Arrhenius Laboratory (Hillevi the librarian will help). Copies should also be sent to a number of departments in Sweden, according to a list that Kicki has. It is also recommended that there are copies for everyone at DBB and that some are available at the dissertation. 6. 2 weeks before D-day Stefan Nordlund will send an email to the opponent informing about the procedure. It will then be taken for granted that the supervisor already has done this and also that all travel arrangements have been made.

18 7. The day before D-day The supervisor should contact the examination committee to make sure that they haven t forgotten! The supervisor must make sure that the PP projector, OH or whatever the opponent needs for her/his presentation is functioning in the Magnéli Hall. The student/supervisor should make sure that everything is in order in the Magneli Hall, e.g. the projector, pointer, drinking water. If you have questions don t hesitate to ask Stefan Nordlund, but do it early!!! Good Luck!!! The dissertation The dissertation is the grand finale of the PhD program at which the PhD student gets a chance to show that he/she has become a scientist. The dissertation normally in English, runs with the following schedule: The chairman of the dissertation, normally the Head of the Department, opens the dissertation. The student gets a chance to announce (important) errata. A list of errata should also be available. The opponent gives a ~20 min introduction to the thesis work The PhD student gives a 20 min summary of the most important conclusions from the thesis work. Discussion of the thesis work lead by the opponent Questions by the examiner committee Questions from the audience Chairman closes the dissertation The examiner committee together with the supervisor and the opponent discuss the thesis and the the defense of the thesis, in closed chambers. The examiner committee decides on whether the student should pass. The opponent and the supervisor are not present when the decision is taken. The chairman of the examiner committtee anounces the decision. Below you can find the formal rules for the dissertation etc as decided by the Faculty of Science (in Swedish)

19 DISPUTATIONSPROV INOM NATURVETENSKAPLIG FAKULTET Beslut Naturvetenskapliga fakultetsnämnden, 1999-10-22, senast ändrad 2004-03-26 Bd Bibi Pehrson Stockholms universitets föreskrifter för disputation för doktorsexamen (beslut 1993-06-17) Doktorsavhandling skall under minst tre terminsveckor omedelbart före disputationen finnas tillgänglig vid universitetsbiblioteket i det antal exemplar som behövs för att möjliggöra en tillfredsställande granskning av avhandlingen vid disputationen. Minst tre terminsveckor före disputationen skall doktorsavhandlingen dels genom vederbörande institutions försorg, sändas till varje sådan institution vid högskoleenhet inom vars verksamhetsområde ämnet för avhandlingen faller, dels genom universitetsbibliotekets försorg, sändas till bibliotek vid sådan högskoleenhet vid vilken forskarutbildningen i ämnet bedrivs. Om det föreligger särskilda skäl, får rektor medge att viss doktorsavhandling görs tillgänglig eller utsänds senare än som anges i första respektive andra stycket. Disputation skall äga rum under terminstid på tid och plats som rektor bestämmer. Tillkännagivande av rektors beslut skall anslås på universitetets anslagstavla minst tre veckor före disputationen. Om särskilda skäl föreligger får rektor medge att viss disputation får ske under annan tid än terminstid. I sådant medgivande får rektor även medge att doktorsavhandlingen får göras tillgänglig och utsändas under annan tid än terminstid. Tillkännagivande om tiden för sådan disputation skall anslås på universitetets anslagstavla minst tre veckor före disputationen. Naturvetenskapliga fakultetsnämndens riktlinjer rörande disputation 1. Bedömning på institutionsnivå När avhandlingsarbetet närmar sig sin fullbordan ska manuskriptet diskuteras bland institutionens handledare och, vid behov, av sakkunniga utanför institutionen. Närmast berörd professor är skyldig att i samråd med handledaren ta ställning till om disputation skall tillrådas. Avrådan ska ske skriftligen från prefekten. 2. Förslag till naturvetenskapliga fakultetsnämnden Ordförande vid disputationsakten, fakultetsopponent, betygsnämnd och samordnare utses av fakultetsnämnden efter förslag från prefekten. Förslaget ska inges på fakultetens blankett, (som finns på institutionen) dels i pappersform för diarieföringen, dels i elektronisk form till anna.riddarstrom@natkan.su.se. Av förslaget ska framgå - att opponenten är docentkompetent/motsvarande, - att opponenten/ledamot i betygsnämnden inte har samarbetat/sampublicerat med respondenten samt att ingen annan jävssituation föreligger, - att opponenten/ledamot i betygsnämnden inte nyligen har samarbetat/sampublicerat med handledaren. Om ovanstående punkter ej kan intygas, avges en motivering. Förslaget ska vara fakultetsnämnden tillhanda i så god tid att disputationen kan äga rum vid avsedd tidpunkt även om fakultetsnämnden finner det nödvändigt att återremittera förslaget. Förslaget ska därför vara nämnden tillhanda minst 7 veckor före avsedd disputationsdag. 3. Fakultetsopponent Fakultetsopponent bör ha docentkompetens (eller motsvarande - gäller opponenter från

20 utlandet) och bör ej vara verksam vid Stockholms universitet. Opponent ska stå obunden gentemot doktoranden och handledaren. 4. Betygsnämnd Sammansättningen av betygsnämnd regleras i högskoleförordningen (SFS 1998:80 8 kap, 20 och 21 ) - En betygsnämnd ska bestå av tre eller fem ledamöter, som alla bör ha docentkompetens. Fakultetsnämnden ska bestämma antalet ledamöter och utse dessa. Minst en av ledamöterna i betygsnämnden ska utses bland lärarna från en annan institution eller från en annan högskola. Den som varit handledare för doktoranden får inte ingå i nämnden annat än om det finns synnerliga skäl. Nämnden ska utse ordförande inom sig. (21 ). Därutöver gäller följande inom fakulteten. I en tremannanämnd får endast en ledamot företräda examensämnet vid berörd institution. I en femmannanämnd får två ledamöter företräda examensämnet vid berörd institution. Minst en ledamot ska utses från en annan fakultet eller annat universitet/högskola. Ledamotsreserv som kan ersätta samtliga ledamöter ska utses. Fakultetens policy är att ledamot av betygsnämnd ej bör vara emeritus. Om institutionen föreslår en emeritus ska förslaget motiveras. Opponenten har rätt att vara närvarande vid sammanträden med betygsnämnden och att delta i överläggningarna men inte i besluten. Detsamma gäller handledaren eller, i förekommande fall, huvudhandledaren, om handledaren inte är ledamot (22 ). Opponent och handledare får inte närvara när beslut ska fattas. 5. Rekommendation om uppskjutande Minst sex veckor före disputationsdag ska opponent och betygsnämnd få tillgång till en kopia av manuskriptet. Detta gör det möjligt för opponenten och betygsnämnden att rekommendera ett uppskjutande av disputationen redan innan den officiellt tillkännagivits. Vid utseende av betygsnämnd utses normalt ledamot från institutionen till samordnare, som vid rekommendation av uppskjutande, snarast tar kontakt med handledaren och prefekten. 6. Ordförande under disputationen Handledaren bör inte vara ordförande under disputationsakten. 7. Ersättning för kostnader: Opponentarvodet är fn 7.000 kronor exkl LKP. Arvodet till opponent och tryckningsbidraget är inkluderade i institutionernas budgetramar. Finances & social security Scholarships, utbildningsbidrag and doktorandanställning There are three means by which a PhD student can be financed during the PhD studies; scholarship, utbildningsbidrag and doktorandanställning. The total time that these can be held is 48 100% months, which normally means financing during 5 years as essentially all PhD students at the Department are engaged as assistenter at