Användning av terminologi i patientjournaler Mia Kvist

Transkript

1 Användning av terminologi i patientjournaler Mia Kvist Inst. för data- och systemvetenskap (DSV), Stockholms universitet, och Centrum för Hälsoinformatik, Karolinska Institutet maria.kvist@karolinska.se

2 Användning av termer i patientjournaler Mia Kvist Inst. för data- och systemvetenskap (DSV), Stockholms universitet, och Centrum för Hälsoinformatik, Karolinska Institutet maria.kvist@karolinska.se

3 Journalspråk Terminologi - Termer Jargong Terminologireformen till svenska

4 Terminologi i patientjournaler Fasta fält Strukturerat Färdiga formuleringar Är kopplat till koder. Kan användas för att skapa statistik. Fri text Ostrukturerat Helt vilt språk Borde kopplas till koder? 4

5 Hypertoni o DM, brtsm och ST lyft anteriort, PCI mot ockluderad proximal LAD med 2 stent. Cirk stabil.

6 Hypertoni o DM, brtsm och ST lyft anteriort, PCI mot ockluderad proximal LAD med 2 stent. Cirk stabil.

7 Hypertoni o DM, brtsm och ST lyft anteriort, PCI mot ockluderad proximal LAD med 2 stent. Cirk stabil.

8 Hypertoni o DM, brtsm och ST lyft anteriort, PCI mot ockluderad proximal LAD med 2 stent. Cirk stabil.

9 Hypertoni o DM, brtsm och ST lyft anteriort, PCI mot ockluderad proximal LAD med 2 stent. Cirk stabil.

10 Terminologi i patientjournaler Fasta fält Strukturerat Färdiga formuleringar Är/Kan kopplas till koder. Kan användas för att skapa statistik. Kan användas för att skapa ny text. Fri text Ostrukturerat Helt vilt språk Borde kopplas till koder? Borde användas för att skapa strukturerad information och statistik? 10

11 Proc. 13th Conf. on Artificial Intelligence in Medicine, pp

12 Hypertoni o DM, brtsm och ST lyft anteriort, PCI mot ockluderad proximal LAD med 2 stent. Cirk stabil.

13 Rule-based Entity Recognition and Coverage of SNOMED CT in Swedish Clinical Text Maria Skeppstedt, Maria Kvist and Hercules Dalianis LREC2012 Visar hur bra terminologin avspeglar det naturliga språket i journaler. Precision Recall Kroppsdelar Diagnoser Symtom+fynd Förkortningar hittades inte med matchning mot terminologier ( 14% av diagnoserna stod i förkortad form) Uttryck längre än 2 ord kändes inte igen 13

14 Machine learning with CRF++ Precision Recall Disorder Finding Disorder/Finding as one group

15 Stockholm EPR Corpus Karolinska Universitetssjukhuset patienter vårdenheter författare

16 Medicinskt journalspråk Journalstruktur Semi-strukturerad text Grammatik Ofullständiga meningar Saknar subjekt Verbformer 16

17 Medicinskt journalspråk Journalstruktur Semi-strukturerad text Grammatik Ofullständiga meningar Saknar subjekt Verbformer Passiva verb dubbelt så vanligt i röntgensvar som i vanlig svenska. 17

18 Medicinskt journalspråk Vanlig svenska Medicinsk terminologi Medicinsk jargong 18

19 Medicinskt journalspråk Vanlig svenska Sammansatta ord strålbehandlingsplaneringsdatortomografi 19

20 Medicinskt journalspråk Vanlig svenska Sammansatta ord Negationer Inga säkra kliniska hållpunkter för Lungemboli kan inte uteslutas. 20

21 Medicinskt journalspråk Vanlig svenska Sammansatta ord Negationer Använder olika termer vid affirmerad eller negerad diagnos. Pat har en fraktur i proximala humerus. Ingen skelettskada påvisas.

22 Annotations ischemia heart attack angina pectoris Certainly Probably Possibly Probably Possibly Certainly Pos Pos Pos Neg Neg Neg

23 Medicinskt journalspråk Vanlig svenska Sammansatta ord Negationer Läsa mellan raderna Står på insulin sedan 5 år. = Patienten har diabetes mellitus.

24 Medicinskt journalspråk Vanlig svenska Medicinsk terminologi latin, grekiska, engelska förkortningar Medicinsk jargong 24

25 Förkortningar akutjournal Autentisk journal: Pat med bruten hö arm. Rtgjour tar över. EKG för säkerhets skull. I övrigt u a. 25

26 Abbreviations X-ray All words sentences bigram trigram of the top 100 words were abbreviated 7 common abbreviations (tel = telephone, cm =centimeter), 10 domain specific (iv = intravenous) 1 ambiguous (ca = cancer or circa). 26

27 Förkortningar olika termer förkortas i olika specialiteter VAD FÖRKORTNINGARNA HANDLADE OM Med Akuten (12%) RTG (7%) Vanliga svenska förkortningar Diagnoser 5 1 medicinering 12 0 provtagning 12 0 storlek 1 15 metod/procedur 9 22 kroppsdelar/position 2 10 administration titlar/yrken 6 4 "pat" 23 0,5 27

28 Medicinskt journalspråk Vanlig svenska Medicinsk terminologi Medicinsk jargong ekonomiskt språk udda verbformer 28

29 Medicinsk jargong Jargong: Pat infarcerar på akuten, t. HIA med mellanjouren. Vanlig svenska: Patienten utvecklar en hjärtinfarkt under tiden på akutvårdsmottagningen, varför han skyndsamt förflyttas till Hjärtintensiven av den jourhavande specialistläkaren. 29

30 Medicinskt journalspråk Septisk pat, oklart fokus, rundodlas före Zinacef. Patienten har sepsis med oklart ursprung, bakterieodling tas från samtliga möjliga infektionsfokus, inklusive blododling, innan behandling med Zinacef inleds.

31 Varför jargong? Produktionsvillkor. Ingen tid att fundera på syftningsregler. Semantisk ekonomi. Vem man ser som mottagare av texten. Skriver för kollegor införstådda med syftet med texten samt produktionsvillkoren. Identitet. Insocialiseringsprocess

32 Medicinskt journalspråk Funktion: ekonomiskt, effektivt och exakt arbetsredskap. 32

33 Stava med c eller k? Cholecystitis -> kolecystit DAY RTG kolecystit colecystit 1 8 cholecystit DAY 0,1 milj daganteckningar, 4 milj ord RTG 0,43 milj röntgensvar, 20 milj ord 33

34 Stava med c eller k? DAY RTG DAY RTG kolit colit koloncancer 23 3 coloncancer kardiell cardiell kardiellt cardiellt 12 6 supraklavikulär 1 7 supraclavikulär 0 5 supraklavikulärt supraclavikulärt

35 DAY RTG esofagus oesofagus 4 35 oesophagus 7 77 esophagus torax thorax pharynx 0 10 farynx

36 FRÅGOR? 36