Cirkulerande tumör-dna för cancerdiagnostik

Storlek: px

Starta visningen från sidan:

Download "Cirkulerande tumör-dna för cancerdiagnostik"

Anna Arvidsson
för 6 år sedan
Visningar:

1 Cirkulerande tumör-dna för cancerdiagnostik -Behandlingsstyrande tester av EGFR hos patienter med icke småcellig lungcancer Gisela Helenius Laboratoriemedicinska kliniken Universitetssjukhuset Örebro

2 Sökning i Web of Science: Circulating tumor DNA Published Items in Each Year Citations in Each Year Last 20 years are shown

3 Mängden cfdna är högre och det är mer fragmenterat hos cancerpatienter jämfört mot friska Mouliere et al. High fragmentation characterizes tumor-derived circulating DNA. PLoS September

4 Mekanismer bakom ctdna? Apoptos Nekros Apoptos är den ledande hypotesen med anledning av den regelbundna storleken på fragmenten <300bp MEN! också lite omdiskuterat eftersom utebliven apoptos är karaktäristiskt för cancerceller Aktiv frisläppning Stödjer hypotes om genometastasis Mittra et al. Circulating nucleic acids damage DNA of healthy cells by integrating into their genomes. J. Biosci. 40(1), March 2015, ,

5 Olika cancertyper avger olika mängder ctdna Bettegwoda C et.al. Detection of Circulating Tumor DNA in Early- and Late-Stage Human Malignancies. Sci Transl Med Feb 19; 6(224)

6 Muterade fragment / 5 ml plasma Bettegwoda C et.al. Detection of Circulating Tumor DNA in Early- and Late-Stage Human Malignancies. Sci Transl Med Feb 19; 6(224)

7 Mutationer i olika tumörtyper (vävnad) Science (2013) 339,

8 lokal vs.metastaserande sjukdom Bettegwoda C et.al. Detection of Circulating Tumor DNA in Early- and Late-Stage Human Malignancies. Sci Transl Med Feb 19; 6(224)

9 Mängden ctdna ökar i mer avancerad sjukdom Bettegwoda C et.al. Detection of Circulating Tumor DNA in Early- and Late-Stage Human Malignancies. Sci Transl Med Feb 19; 6(224)

10 Hur kan ctdna användas kliniskt? Screening av cancer Cancerpatienter har högre mängd ctdna och mer fragmenterat men det finns ett överlapp med exempelvis inflammatoriska tillstånd. Avger benigna tumörer ctdna? Mer forskning krävs! Diagnos Standardiseradevårdförlopp, Allvarliga ospecifika symptom Behandlingsstyrande tester Prognos Mer forskning krävs. Behövs det? Monitorering under behandling

Lungcancer Incidens 2014, 40/100000 Femårsöverlevnad, 13,6% för män och 19,4% för kvinnor Överlevnaden har inte förbättrats de sista 25 åren Men nu!

11 Lungcancer Incidens 2014, 40/ Femårsöverlevnad, 13,6% för män och 19,4% för kvinnor Överlevnaden har inte förbättrats de sista 25 åren Men nu! TKIs mot EGFR och ALK (samt immunterapi) Icke-småcellig lungcancer (NSCLC), adenocarcinom Heterogena tumörer Nya läkemedel under utveckling mot flera av dessa avvikelser TKI mot resistensmutationen T790M

Är biopsin representativ för hela tumören eller tumörerna?

12 Svårigheter för behandlingsstyrande tester på vävnadsbiopsier/cytologi Finns det tillräckligt med tumörceller i biopsin? Är biopsin representativ för hela tumören eller tumörerna? Räcker materialet till efter övrig diagnostik? Vilket material ska vi analysera, primärtumör eller metastas? Uppföljning av behandling ny biopsi? STORT BEHOV AV EN ICKE-INVASIV PROVTAGNING

stadie FFPE/färsk frusen vävnad Olika analysmetoder

13 EGFR som behandlingsstyrande test Meta-analys baserad på 27 publikationer med parade data Plasma/serum Olika stadie FFPE/färsk frusen vävnad Olika analysmetoder Före och efter behandling Sensitivitet 0,620 Specificitet 0,959

14 Kommersiella tester finns, bl.a. från Qiagen Entrogen Roche Genomica Biocartis BioRad

15 Monitorering under behandling Marchetti et al. J Thorac Oncol. 2015;10:

16 Provmaterial för monitorering under behandling

17 Nya analysplattformar

18 LiBio -Detektering av biomarkörer i cirkulerande nukleinsyra hos patienter med lungcancer Diagnosprov Behandlingsstart, T0 Alla patienter som utreds för lungcancer får lämna samtycke och prov (blod och urin). 3-5 dagar 7-9 dagar Diagnosprover från patienter med NSCLC analyseras för EGFRmutationer. METODVALIDERING dagar 21 dagar EGFR-muterade patienter som behandlas med EGFR TKIs följs upp enligt forskningsprotokoll. BEHANDLINGSRESPONS 35 dagar 70 dagar

19 Frågeställningar Vilka karaktäristika har cfdna från lungcancerpatienter jämfört med friska kontrollindivider? Finns någon skillnad mellan ctdna i plasma och i urin? Har ctdna ett diagnostiskt värde i lungcancer? Kan man använda ctdna från plasma eller urins för att monitorera patienter under behandling med TKIs? Ska man använda ett riktat test eller en bred panel? Går det att detektera fusionsgener i ctdna eller ctrna?

20 Vad händer i projektet nu? Provinsamling pågår Verifiering av metod för extrahering av ctdna från plasma Optimering av metoder för att mäta mängd och fragmentering Koncentrering av urinprover och verifiering av extrahering Test av protokoll för NGS Riktad panel Sekvensering av allt ccfdna

21 Stor variation i mängd Prov id Diagnos pg/µl pg/µl Entrogen Qubit Tapestation D1000 Ct IC 1011 CRC , Kolon hyperplasi? , Adenomcarcinom, EGFR neg, KRAS neg, ALK neg Skivepitelcancer , Adenocarcinom, EGFR mut, Del exon , Småcellig cancer , Adenocarcinom, EGFR mut, L858R , NSCLC cancer uns, EGFR neg, KRAS neg, ALK neg , NSCLC Adenocarcinom, mol test ej möjlig , Ej malignt , Fibrom ,5 29, Metastas småcellig cancer, pat avliden , ej malignt , metastas adenocarcinom ,8

22 Tapestation High sensitivity D1000 och D5000

Fragmenterings-PCR https://upload.wikimedia.org/wikipedia/commo ns/e/e1/chromosome-dna-gene.

23 Fragmenterings-PCR ns/e/e1/chromosome-dna-gene.png Mouliere et al. High fragmentation characterizes tumorderived circulating DNA. PLoS September

24 Till sist ctdna för behandlingsstyrande test och monitorering under behandling är kliniskt användbart för patienter med lungcancer Kan monitorering av ctdna användas för att styra när bilddiagnostik ska användas? ctdna som prognostiskt markör fungerar nog bra men behövs det? ctdna för screening och diagnos kräver mer forskning

25 Frågor och tack

Relevanta dokument

Cirkulerande cellfritt DNA

Cirkulerande cellfritt DNA - en introduktion Anne Ricksten Equalismöte 2016-11-14 Vad är cirkulerande fritt DNA (cfdna)? Extracellulärt DNA som finns i cirkulationen Fragmenterat DNA, medelstorlek på ca