Schema för Mikrobiologi 4,5 hp inom Gener, celler och populationer 15 hp vt 09

Transkript

1 STOCKHOLMS UNIVERSITET Institutionen för biologisk grundutbildning/mikrobiologi Schema för Mikrobiologi 4,5 hp inom Gener, celler och populationer 15 hp vt 09 Kursen utgörs dels av schemalagd undervisning (föreläsningar och laborationer), dels av självstudier. Kursen startar måndagen den 19 januari kl med obligatoriskt upprop och introduktion samt föreläsning i sal 107 i Frescati backe (FB107). Föreläsningarna hålls av Margareta Ohné. Föreläsningarna är inte obligatoriska, men rekommenderas starkt, eftersom de i relativt stor utsträckning tar upp stoff som inte finns med i kursboken. Dessutom är syftet med föreläsningarna att du ska få hjälp att strukturera och förstå stoffet liksom möjlighet att ställa frågor och diskutera. föreläsningar hålls i FB107. Laborationerna utgörs av några grundläggande övningar i mikrobiologisk metodik, som också visar hur mycket mikroorganismer det finns i vår omgivning och hur man kan gå tillväga för att identifiera dem. Laborationerna är obligatoriska och utförs individuellt. Ni delas in i två grupper för laborationerna. utgörs av deltagare med efternamn som börjar på A-K och grupp B av deltagare med efternamn som börjar på L-Ö (preliminärt). De eftermiddagar som det är laborationer, laborerar bara den ena gruppen och den andra har i stället självstudier. Laborationerna hålls i lab D306. Assistenter på lab är Vicky Chatzakos och Karolina Eriksson Gonzales. Använd labrock och lämpliga inneskor när du laborerar (labrock kan lånas). Självstudierna utgörs av arbete med labredovisningen samt inläsning av kurslitteraturen. Kursbok är Carlson och Linder: Introduktion till mikrobiologi, Studentlitteratur Läsanvisningar delas ut vid kursstarten. I kurslitteraturen ingår också föreläsningsanteckningar, laborationsteorin och eventuellt utdelat material. Mer än halva kurstiden har avsatts för självstudier. Eftersom självstudietiden är spridd över hela kursen, är det viktigt att du utnyttjar den väl redan från första dagen. Kursen avslutas med skriftligt prov den 4 februari där inga hjälpmedel är tillåtna. Skriftliga betygskriterier delas ut vid kursstarten. Välkommen till kursen! Margareta Ohné Kursansvarig lärare, studierektor och lektor på Institutionen för genetik, mikrobiologi och toxikologi, rum F528 Tel E-post: ohne@gmt.su.se

2 Mån 19 jan Upprop till kursen och introduktion till mikrobiologimomentet. Föreläsning 1: Mikrobiologins historia. Bakteriecellers uppbyggnad och funktion. Introduktion till biologistudierna Registrering, fotografering, gruppindelning och information om datakonton mm (Sara Benediktsson och Per Cronholm) Rast Presentation av BIG och information om biologistudierna (Björn Birgersson) Tis 20 jan Föreläsning 2: Bakteriecellers uppbyggnad och funktion, fortsättning. Arkéer. Lab dag 1: Sterilteknik. Ons 21 jan Föreläsning 3: Odling av mikroorganismer och andra mikrobiologiska tekniker. Bakteriers näringskrav och tillväxt. Lab dag 2: Avläsningar, omstrykningar. Tors 22 jan Lab: Omstryk för Gramfärgning. Föreläsning 4: Bakteriers näringskrav och tillväxt, fortsättning. Miljöfaktorer som påverkar tillväxten. Sporbildning. Bakteriesystematik. Lab dag 3: Avläsningar, Gramfärgning, utstryk på minimal- och motilitetsplattor, ev sporfärgning och mikroskopering. Fre 23 jan Föreläsning 5: Virus uppbyggnad och förökning. Lab dag 4: Sporfärgning och mikroskopering (om det inte gjordes dag 3), avläsningar, inlämning av labredogörelse.

3 Mån 26 jan Föreläsning 6: Patogena bakterier. Lab dag 1: Sterilteknik. Tis 27 jan Lab dag 2: Avläsningar, omstrykningar. Ons 28 jan Lab: Omstryk för Gramfärgning. Föreläsning 7: Tillämpad mikrobiologi. Lab dag 3: Avläsningar, Gramfärgning, utstryk på minimal- och motilitetsplattor, ev sporfärgning och mikroskopering. Tors 29 jan Lab dag 4: Sporfärgning och mikroskopering (om det inte gjordes dag 3), avläsningar, inlämning av labredogörelse. Fre 30 jan Inläsning Mån 2 feb Tis 3 feb Inläsning Återlämning av labredovisningar och genomgång av resultaten (obligatoriskt!) Frågestund (ej obligatoriskt) Ons 4 feb Skriftligt prov

4 Betygskriterier för momentet Mikrobiologi 4,5 hp inom kursen Gener, celler och populationer 15 hp vt 09 För godkänt betyg på momentet Mikrobiologi 4,5 hp krävs lägst betyget E på teorin samt godkända laborationer. Teori (sjugradig betygsskala) För betyget A (utmärkt) skall du ha minst 95 % av max-poängen på det skriftliga provet. B (mycket god) 85 % C (god) 75 % D (tillfredsställande) 65% E (tillräcklig) 60% Fx (otillräcklig) 50% F (helt otillräcklig) mindre än 50% Laborationer (tvågradig betygsskala) För att bli godkänd på laborationerna skall du individuellt genomföra och redovisa alla laborationsmoment. Redovisningen skall skrivas på svenska, helst på dator, annars med prydlig och lättläst handstil. Skriv redovisningen som löpande text med fullständiga meningar och vinnlägg dig om ett klart, korrekt och objektivt språk. Du ska beskriva syftet med de olika momenten i laborationsövningarna, metoderna du använt, vilka resultat du fått samt hur du tolkat resultaten och varför.

5 STOCKHOLMS UNIVERSITET BIG/Mikrobiologi Läsanvisningar i mikrobiologi inom kursen Gener, celler och populationer 15 hp vt 09 Kursbok är Carlson och Linder: Introduktion till mikrobiologi, Studentlitteratur Kapitel Handlar om Kommentar 1 Vad är mikrobiologi? Syftet med kapitlet är främst att väcka intresse för ämnet. Men exemplen är viktiga att läsa och de flesta återkommer senare i boken. 2 Mikrobiologisk Kapitlet ger en viktig bakgrund till steriltekniksövningarna på lab. arbetsmetodik 3 Bakteriecellen Ett centralt kapitel där i stort sett allt är viktigt. 4 Metabolism och tillväxt Viktigt att lära sig: Begrepp och termer i avsnittet Näringskrav Exempel på vilka olika energikällor bakterier kan använda (men inga detaljer om hur de används) Hur olika miljöfaktorer som syrgas, ph, osmotiskt tryck mm påverkar bakterier i allmänhet samt hur vissa bakterier kan klara relativt extrema förhållanden På vilka olika sätt bakterier kan tillgodose sitt behov av kol, kväve, svavel, fosfor och järn (översiktligt, inga detaljer) Hur man odlar bakterier på olika typer av medier Hur man kan följa tillväxten av bakterier i en kultur och bestämma bakteriernas halt De olika tillväxtfaserna i en flytande kultur Bakteriers anpassningar till svält Uppbyggnaden och betydelsen av biofilmer 5 Genetik Viktigt att lära sig: Principerna för transformation, transduktion och konjugation (med tonvikt på huvuddragen i processerna och skillnaderna mellan dem) Vad som menas med mobilt DNA och dess betydelse för bakteriers evolution 6 Systematik och klassificering 7 Bakterier i naturliga miljöer Viktigt att lära sig: Skillnaden mellan fylogenetisk och fenetisk klassificering Olika grupper av bakterier (du bör kunna namnge och kort beskriva egenskaperna hos åtminstone några bakterier som ingår i grupperna Deinokocker, Firmicutes, Aktinobakterier, Cyanobakterier, Spiroketer samt γ-proteobakterier) Viktigt att lära sig: Principerna för användningen av stabila isotoper, molekylära sonder och metagenomik inom mikrobiell ekologi (hur gör man och vad får man veta?) Några exempel på betydelsen av bakteriers symbios (mutualism) med olika eukaryota organismer (encelliga och flercelliga, växter och djur)

6 Begreppet bioremediering och dess potential Olika bakteriers roll i kretsloppen av kol, kväve och svavel (översiktligt, inga detaljer) 8 Bakterieinfektioner Viktigt att lära sig: Kochs postulat Normalflorans betydelse hos människan Olika typer av försvarsmekanismer mot bakterieinfektioner Olika typer av virulensfaktorer hos bakterier samt exempel på sjukdomar eller bakterier där dessa virulensfaktorer är viktiga Endotoxiners och exotoxiners egenskaper samt exempel på olika exotoxiners verkningsmekanismer 9 Antibiotika Viktigt att lära sig: Begrepp och definitioner Huvudtyper av antibiotika och deras verkningsmekanismer med exempel inom de olika grupperna men inte detaljer om olika varianter (du ska t ex veta hur penicillin verkar men du behöver inte känna till skillnaden mellan penicillin G och penicillin V, du ska veta att sulfa hämmar det första steget i folsyrasyntesen men du behöver inte veta vad enzymet heter). Huvudsakliga mekanismer för antibiotikaresistens (men du behöver t ex inte veta om resistensen mot ett visst antibiotikum är kromosomal eller plasmidburen). 10 Bakterier i människans tjänst Viktigt att lära sig: Olika sätt (med exempel) att bevara livsmedel från att förstöras av bakterier och att förädla livsmedel med hjälp av bakterier Begreppen värd, vektor och insättning i gentekniska sammanhang samt den övergripande principen för framställning av t ex ett läkemedel med hjälp av bakterier 11 Arkéer Viktigt att lära sig: Skillnaderna mellan arkéer och bakterier och mellan arkéer och eukaryota organismer Levnadssätten hos huvudtyperna av organismer i fylum Euryarchaeota respektive Crenarchaeota 12 Eukaryota mikroorganismer (Ingår ej i kursen men läs gärna åtminstone inledningen som allmänbildning.) 13 Virus Viktigt att lära sig: Hur virus är uppbyggda och hur de skiljer sig från bakterier Hur de vanligaste typerna av bakteriofager ser ut De olika stegen vid lytisk förökning av en fag Begreppen virulenta och temperata fager, lysogeni, induktion av profager och fagkonversion Fagers roll i naturliga miljöer Fagterapins möjliga fördelar jämfört med antibiotika Hur infektioner av djurceller med animalvirus skiljer sig från infektioner av bakterieceller med fager Olika grupper av animalvirus (du bör kunna namnge och kort beskriva egenskaperna hos åtminstone några virus som ingår i

7 grupperna Picornavirus, Calicivirus, Retrovirus, Ortomyxovirus samt Herpesvirus) Övergripande verkningsmekanismer (inga detaljer) hos olika grupper av antivirala medel samt exempel på sjukdomar som behandlas med dessa medel