PubMed. Susanne Gustafsson Lotta Mathiesen Klas Moberg Karolinska Institutets Universitetsbibliotek

Transkript

1 PubMed Susanne Gustafsson Lotta Mathiesen Klas Moberg Karolinska Institutets Universitetsbibliotek

2 Medline / PubMed PubMed - in process PubMed 21,3 miljoner Medicin, odontologi, omvårdnad etc Medline 19,2 miljoner PubMed - indexed for MEDLINE (1809)1947- PubMed - as supplied by publisher Ca tidskrifter från hela världen Antalet referenser ökar varje vecka med ca Produceras av National Library of Medicine (NLM) KIB

3 PubMed Länkar till artikeln i fulltext Related Citations MeSH Database Mappning till kontrollerad term Clinical Queries Clinical Queries Systematic Reviews Medical Genetic Searches Journals in NCBI Databases Förkortningar ISSN Elektroniska tidskrifter Single Citation Matcher Kontrollera ofullständiga referenser My NCBI Spara sökstrategier Registrering krävs KIB

4 MeSH Medical Subject Headings Rheumatoid Arthritis Reumatoid artrit (Sv) Arthritis, Rheumatoid Ledgångsreumatism (Sv) Rheuma (Ty) Revmatoid artritt (No) Polyarthrite rhumatoide (Fr) KIB

5 MeSH Medical Subject Headings > termer hierarkiskt ordnade aspektord (subheadings) Finns översatt till flera andra språk Svensk MeSH KIB

6 MeSH Hierarkiskt ordnade Explode = inkluderar alla underordnade termer i sökningen KIB

7 * = Major Topic (Tyngdpunkten i artikeln) / = subheading, t ex diagnosis, drug therapy, etiology, methods, prevention and control KIB

8 FIKA och PICO Frågeformulering Informationssökning Kritisk granskning Applikation av resultatet Patient Intervention Control Outcome KIB

9 PICO Efter avslutad bröstcancerbehandling, kan en graviditet öka risken för recidiv/återfall? PICO P kvinnor i fertil ålder med tidigare bröstcancer I graviditet C icke graviditet O återfall KIB

10 Sök i PubMed Ledgångsreumatism förekomst i Sverige. Vård i livets slutskede på intensivvårdsavdelningar. Sök fram artiklar om utbrott av mässling. KIB

11 Smått & gott MeSH med tidigare indexering Medline - subsets KIB

12 Humans och Animals Begränsa till Humans Begränsa med NOT Animals Konsekvenser, vad säger NLMs indexeringsavd? KIB

13 Tutorials och nyheter PubMed Tutorials och Quick Tours New and Noteworthy PubMed Technical Bulletin KIB

14 Reference Formats Sign in to your My NCBI account Click NCBI Site Preferences Click Abstract Supplemental Data under PubMed Preferences Click the checkbox next to the word Open. Click Save Now click on Result Display Settings Click Abstract Click Save Do a search in PubMed Your results will appear in the Abstract display with the MeSH terms expandable list open. KIB

15 Qualifier Hierarchy KIB

16 Om BioNOT Negativa forskningsresultat publiceras sällan. Men om det görs kan de vara svåra att hitta kolla BioNOT. ca 32 miljoner meningar med negationer från 2 miljoner fulltext-artiklar Elsevier, PubMed Central 20 miljoner abstracts från PubMed artikeln KIB

17 Growth of PubMed citations from 1986 to Over the past 20 years, the total number of citations in PubMed has increased at a _4% growth rate. There are currently over 20-million citations in PubMed is partial data (through December 1). (Lu, 2011) Namn Efternamn 10 november

18 Alternativa gränssnitt till PubMed Andra gränssnitt som söker i PubMed Vill förenkla sökprocessen Erbjuder alternativa sätt att organisera Kan delas in i fyra grupper (Lu Z, 2011) De som rankar De som klustrar De som erbjuder semantisk sökning och visualisering De som förbättrar sökgränssnitt och förenklar åtkomst till fulltexter Namn Efternamn 10 november

19 Alternativa sätt att söka i PubMed

20 GoPubMed Varierade sökmöjligheter på bland annat MeSH-termer, gener och proteiner Går att söka i på samma sätt som i PubMed Klustrar sökresultaten och delar upp i kategorier Omfattande statistikdel Tabeller, diagram, grafer Dras med små buggar 20

21 Quertle Semantisk sökmotor Uppmuntrar frassökning, subjekt-verb-objektsökningar what treats headaches Söker även i fulltexter (PubMed Central) Power Terms täcker in olika ämnesområden Ingen Booelsk logik Mer googlifierad och intuitiv(?) sökning Namn Efternamn 10 november

22 LigerCat MeSH tagg-moln Grafisk representation av de MeSH-termer som oftast förekommer i referenser som sökfrågan genererat Tre sökmöjligheter Journals Articles Genes Sökstrategiverktyg Förutsätter viss MeSH-kunskap Namn Efternamn 10 november

23 HubMed Omvandlar källförteckningar till fullständiga referenslistor Visualisering av PubMeds related articles Dras i övrigt med flera buggar

24 Testa själva! GoPubMed Quertle LigerCat HubMed Namn Efternamn 10 november

25 Diskussion Namn Efternamn 10 november

26 Sammanfattning Vad har vi på KIB gjort med dessa alternativa gränssnitt? Vad tycker vi om dem? Skulle vi rekommendera användning?

27 A diverse set of use cases in which different tools may be used. (Lu, 2011) Namn Efternamn 10 november

28 Librarians may want to wait until all of the wrinkles are ironed out of the system before actively promoting the product (Featherstone & Hersey, 2010) Hitta ett alternativt gränssnitt till PubMed som passar dig: Läs mer: Lu Z. PubMed and beyond: a survey of web tools for searching biomedical literature. Database (Oxford) Jan 18;2011. (PMID: ) Namn Efternamn 10 november

29 Mer läsning Coppernoll-Blach P. Quertle: The Conceptual Relationships Alternative Search Engine for PubMed. J Med Libr Assoc. 2011;99(2): Doms A, Schroeder M. GoPubMed: exploring PubMed with the Gene Ontology. Nucleic Acids Research. 2005;33(Web Server):W783-W6. Eaton AD. HubMed: a web-based biomedical literature search interface. Nucleic Acids Research. 2006;34(Web Server):W745- W7. Featherstone R, Hersey D. The Quest for Full Text: An In-Depth Examination of Pubget for Medical Searchers. Medical Reference Services Quarterly. 2010;29(4): Kim Jj, Rebholz-Schuhmann D. Categorization of services for seeking information in biomedical literature: a typology for improvement of practice. Briefings in Bioinformatics. 2008;9(6): Sarkar IN, Schenk R, Miller H, Norton CN. LigerCat: using "MeSH Clouds" from journal, article, or gene citations to facilitate the identification of relevant biomedical literature. AMIA Annu Symp Proc. 2009;2009: I Juni 2011 hölls en workshop, "New technologies - Web 2.0 for libraries", i Petrozavodsk där bland annat alternativa gränssnitt till PubMed diskuterades. Detta resulterade bl a i en blogg Namn Efternamn 10 november

30 Utvärdering Namn Efternamn 10 november