DNA-sekvenserings utskick Carola Andersson KMP-lab Sahlgrenska Universitetssjukhuset

Transkript

1 DNA-sekvenserings utskick 2012 Carola Andersson KMP-lab Sahlgrenska Universitetssjukhuset

2 Meningen med utskicket Kvalitets kontroll av: Längd läsbar sekvens Detektion av mutationer/variationer Namngivning med rätt nomenklatur 2

3 Utskickat material A B Prov Forward Reverse 10µl 32pmol 32pmol Prov Forward Reverse 10µl 32pmol 32pmol 3

4 Efterfrågas Editerad raw data Presentera längsta läsbar editerad sekvens Identifiera analyserad sekvens Rapportera variationer i kodande DNA sekvens enligt: c.76a>t och p.lys25ala 4

5 Prov A 246bp långt fragment del av KIT-genen (exon 11) Heterozygot deletion av 8 aminosyror: c.1699_1722del p.n567_t574del känd aktiverande mutation som förekommer i olika maligniteter, t ex GIST. GIST patienter med denna mutation svarar på behandling med Glivec. 5

6 Prov A 6

7 Prov A 7

8 Prov A 8

9 Lab Length of seq (%) Variation detected in the edited seq Prov A - Have not been evaluated # Did not use the form x Have not been reported from the lab Correct Nomenclature Variation described as a coding DNA a Protein 1 - Yes No/Yes c.1786_1809del p.n567_t574del 2 - Yes Yes/Yes c.1699_1722del p.n567_t574del 3 x x x x x 4 - Yes Yes/No c.1699_1722del* x 5 - Yes Yes/No c.1699_1722del* p.567_574delnyvyidpt 6 - Yes Yes/No c.1699_1722del p.asp567_thr573del 7# - Yes Yes/No c.1699_1722del p.567_574del 8 - Yes No/No c.1699_1719del21 p.n567_p573del * [AATTATGTTTACATAGACCCAACA] 9

10 Lab Length of seq (%) Variation detected in the edited seq Prov A - Have not been evaluated # Did not use the form x Have not been reported from the lab Correct Nomenclature Variation described as a coding DNA a Protein 1 - Yes No/Yes c.1786_1809del p.n567_t574del 2 - Yes Yes/Yes c.1699_1722del p.n567_t574del 3 x x x x x 4 - Yes Yes/No c.1699_1722del* x 5 - Yes Yes/No c.1699_1722del* p.567_574delnyvyidpt 6 - Yes Yes/No c.1699_1722del p.asp567_thr573del 7# - Yes Yes/No c.1699_1722del p.567_574del 8 - Yes No/No c.1699_1719del21 p.n567_p573del * [AATTATGTTTACATAGACCCAACA] 10

11 Prov B 248bp långt fragment del av EGFR -genen (exon 20) 1st heterozygot variation: c.2361g>a (G/A) p.q787q EGFR och dess ligand är cellsignalerings molekyler som är involverade i diverse cellulära funktioner. Mutationer som leder till överuttryck eller överaktivitet förekommer i olika maligniteter, t ex lungcancer. Variationen, Q787Q, är rapporterad som en SNP 11

12 Prov B 12

13 Prov B Lab Length of seq Variation detected Correct Variation described as (%) in the edited seq Nomenclature a coding DNA a Protein Yes No/Yes c.2527 G>A p.q787q 2 99 Yes Yes/Yes c.2361 G>A p.q787q Yes x x x Yes Yes/Yes c.2361 G>A p.q787q 5 86 Yes No/No c.2361 g>r Silent 6 73 Yes Yes/Yes c.2361 G>A p.gln787gln 7# 101 Yes Yes/No c.2361 G>A p.gln Yes Yes/Yes c.2361 G>A p.q787q x Have not been reported from the lab # Did not use the form 13

14 Prov B Lab Length of seq Variation detected Correct Variation described as (%) in the edited seq Nomenclature a coding DNA a Protein Yes No/Yes c.2527 G>A p.q787q 2 99 Yes Yes/Yes c.2361 G>A p.q787q Yes x x x Yes Yes/Yes c.2361 G>A p.q787q 5 86 Yes No/No c.2361 g>r Silent 6 73 Yes Yes/Yes c.2361 G>A p.gln787gln 7# 101 Yes Yes/No c.2361 G>A p.gln Yes Yes/Yes c.2361 G>A p.q787q x Have not been reported from the lab # Did not use the form 14

15 Frågor på detta?

16 Förändringar inför DNA-sekvenserings utskicket 2013

17 Formella krav Sista svarsdatum gäller Underkänt om försenad eller inte skickar in data! Ifyllt formulär, e-svar, bilagor, labkoder Underkänt om något av ovan saknas! 17

18 Nytt upplägg Två delar i utskicket (2 prov): 1) Läslängds bedömning (ca 700 bp långt) 2) Mutations detektion, nomenklatur Poängbedömingssystem 18

19 Poängsystem - Läslängd F-PRIMER R-PRIMER < 60%= 0p 60-80%=1p MAX 2 p på sekvensläslängd %= 2p 19

20 Poängsystem - Mutationsdetektion MAX 5 p på mutationsdetektion 20

21 Total bedömning 7-5p = Grönt ljus -> GODKÄNT 4p= Orange ljus -> GODKÄNT MED FÖRBEHÅLL Två orange efter varandra t ex 2013/14 -> UNDERKÄNT 0-3 = Rött ljus -> UNDERKÄNT (Även om missat grundkraven; svarsformulär, datum, e-svar) 21

22 Test bedömning av 2012 års resultat 10 anmälda lab 8 skickade in svar 6/10 godkända 22

23 Varför förändringar? Möter Europeiska krav och harmoniserar med andra utskick Tillför en högre standard på utskicket mer kvalificerat Lättare att bedöma/administrera 23

24 Frågor på detta?