DNA-LABORATION Southern blot / PCR

Save this PDF as:
 WORD  PNG  TXT  JPG

Storlek: px
Starta visningen från sidan:

Download "DNA-LABORATION Southern blot / PCR"

Transkript

1 Författare: xxx, yyy, zzzz, nnn Grupp: NR, DFM1, termin??? Namn och OBS student för de medlemmar i gruppen som godkänt rapporten skall stå på framsidan. DNA-LABORATION Southern blot / PCR Stockholm 2008 ABSTRAKT PCR (Polymerase Chain Reaction) och Southern Blot är två vanliga DNA-tekniker. I denna labb används PCR för att detektera eventuella mutationer i det läkemeteboliserande enzymet CYP2D6 hos en försöksperson. Southern Blot användes för att urskilja två olika allela former ( 1 och 2 ) av det vanliga leverenzymet (klass 1 ADH), som är en alkoholdehydrogenas som spjälkar alkohol. Det visade sig att försökspersonen hade både av de möjliga mutationerna samtidigt som han hade friska alleler (vildtyper) och därför var det omöjligt att bestämma om han var snabb hydroxylerare eller inte. Southern Blot resultatet visade att det gröna provröret innehöll en 2 -allel medan det gula innehöll en 1 -allel. 1

2 INNEHÅLLSFÖRTECKNING 1. SYFTE s.1 2. BAKGRUND s CYP2D6 s ADH s METOD OCH MATERIAL s PCR s Dag 1 s Dag 2 s Dag 3 s Southern Blot s Dag 1 s Dag 2 s Dag 3 s PCR / Southern Blot s RESULTAT OCH DISKUSSION s PCR s Southern Bloth s Felkällor s SLUTSATS s. 9 Innehållsförteckningen felaktigt gjord skall göras med funktionen I Word så att den uppdateras automatiskt 2

3 1. SYFTE Att teoretiskt och praktiskt utöka vårt kunnande inom två vanliga DNA-tekniker; PCR (polymerase chain reaction) och Southern Blot. Samt skapa en förståelse om varför dessa två tekniker är viktigt för en läkare 2. BAKGRUND I den här labben används PCR för att detektera eventuella mutationer (typ A och B) på det läkemedelsmetaboliserande enzymet CYP2D6. Southern Blot används för att detektera två olika humana allela varianter som kodar för att alkolholdehydrogenas (ADH). De här metoderna kan vara av betydelse för en läkare vid t.ex. dosordinering av olika mediciner. Southern Blot - resultatet i denna laboration skulle kunna underlätta förståelsen för varför en patient svarar på alkohol som denne gör vilket kan vara relevant vid t.ex. leverskador pga. alkohol. Den specifika mutation som PCR-metoden påvisade är viktig för att läkare ska veta hur mycket av ett läkemedel som bör ordineras, p.g.a. hur snabbt personen i fråga kan bryta ner läkemedlet, snabb respektive långsam hydroxylerare. Anna Stenqvist Borttagen: 2.1. CYP2D6 Varför det kan vara intressant att analysera CYP2D6-genen, (vars enzym har samma namn) är för att om båda allelerna är defekta kommer enzymet inte att ha någon funktion. Det är alltså ett recessivt arv d.v.s. defekten måste finnas på båda allelerna. Alleler är två olika variationer av en gen med samma lokus (samma plats på de två olika kromosomerna). Genotypen som uttrycks m.h.a. båda allelerna kommer ge upphov till en specifik fenotyp, karaktär, hos försökspersonen. För att återgå till enzymerna, deras uppgift är att metabolisera flera olika läkemedel. Genom att enzymaktiviteten t.ex. är nedsatt kan inte läkemedlet brytas ner och utsöndras med urinen, utan kommer istället att ansamlas i blodet. Det kan alltså vara av mycket stor betydelse för en läkare för att han/hon ska dosera lämpligt vid en längre tids behandlig beroende på om patienten har en defekt gen eller inte. Anna Stenqvist Borttagen: det att ge upphov till nedsatt funktion hos enzymerna Det finns två typer av genetiska defekter hos långsamma hydroxylerare: Typ A: De har sex procent av defekta alleler där en adenin i exon fem är borttagen, s.k. basdelation. Vid syntetisering av enzymet CYP2D6 kommer en förskjutning att ske, s.k. frameshift. Vilket i sin tur leder till att avläsningen inte blir exakt eftersom kvävebasen adenin är borttagen. Typ B: Där har det skett ett basutbyte av guanin till adenin vilket leder till att splitsningen av mrnat blir felaktig. Laborationen med PCR-teknik kan användas för att avgöra vilken CYP2D6-genotyp (genetisk uppsättningen hos en individ) som finns hos försökspersonen för att sedan kunna avgöra om denna är en snabb eller långsam hydroxylerare, d.v.s. fenotypen. Anna Stenqvist Borttagen: Anna Stenqvist Borttagen: 3

4 2.2. ADH ADH (Alkoholdehydrogenas) är en human enzymfamilj som består av olika enzym som oxiderar alkoholer (blir aldehyder). Enzymerna inom familjen liknar varandra, men deras primärstruktur och substratspecificitet (alkoholen som de oxiderar) skiljer sig något. I kroppen sker den största delen av alkoholmetabolismen i levern och därför finns det en hel del ADH där. Det vanligaste leverenzymet (klass 1 ADH) är en dimer som består av subenheterna, eller. Dessa subenheter kan kombineras på olika sätt och det finns en gen som kodar för var och en av dem. Dessutom finns det allela former (samma locus men något skiljd uppbyggnad) och det är just det som ska undersökas i denna labb. Närmare bestämt ska de allela formerna av ( 1 och 2 ) undersökas. Inom ett visst DNA-område klyver speciella restriktionsenzymer (både området och enzymerna är valda på förhand) i ett känt mönster. Då det är en 2 -allel klyver enzymet med ett 400 baspar mellanrum och då det är en 1 -allel klyver den två gånger med ett mellanrum på 275 respektive 125 baspar. Detta faktum kommer att användas i slutet av denna labb för att bestämma vilken allel det är i respektive provrör (se resultat nedan). Anna Stenqvist Borttagen: På 3. METOD OCH MATERIAL 3.1. PCR Dag 1 En person ur gruppen gurglade i 30 sekunder med saltlösning (0,9 procent) för att få ett prov av de epitelceller som finns i munnens slemhinnor. Saltlösningens koncentrationen var anpassad så att cellerna skulle överleva och inte förstöras, d.v.s. en fysiologisk lösning. Lösningen spottades i en steril bägare och därefter överfördes den till ett eppendorf-rör som centrifugerades för att skilja celler från natriumkloridlösningen. En pellet och en supernatan centrifugerades fram, där endast pelleten kom att användas och supernatanten hälldes bort. Till pelleten tillsattes (100μl) uppslammad InstaGene Matrix (denna innehöll Chelex-kulor som adsorberar produkter som frigörs då cellerna förstörs). Lösning inkuberades i 30 minuter vid 56 C i värmebad, för att Chelex-kulorna skulle bli aktiva. Hur denna process går till väga och annan intressant information har företaget som syntetiserar kulorna patent på och det fick vi inte ta del av. DNA-lösningen måste blandas väl med matrixen för annars kan det sedimentera och lägga sig på botten. Efter att lösningen vortexats (blandats) kokades provet för att cellerna skulle lysera och DNA extraheras ur provet. Men före extraktionen av DNAt centrifugerades provet ytterligare en gång för att kulorna som har absorberat produkter som frigjorts vid cellyseringen, som inte är intressanta för laborationen, ska trilla till botten. Supernatanten kommer alltså att innehålla det som är intressant, bland annat DNAt. En del av denna supernatant (30 μl) överfördes till ett eppendorf-rör. Genen som vi är intresserade av CYP2D6, är mycket lik två pseudogener (gener som p.g.a mutationer inte kan koda för proteiner). För att inte blanda ihop dem med den riktiga genen användes två primerpar (A, A och B, B ) som masskopierar just de två regioner i CYP2D6 som vi är intresserade av, d.v.s. regionerna med exonerna 3, 4 (samlades i ett endorfrör A) och regionen med exonerna 5,6 (samlades i endorfrör B). Eftersom ett polymeras inte kan syntetisera på ett naket DNA utan behöver en startplats, en primer, dv.s en kort sekvens 4

5 som redan basparar till DNAt. Med hjälp av primer kan man på detta sätt styra var syntetiseringen startar. Kopieringen skedde i 35 PCR-cykler. En cykel innebär tre steg: 1. Denaturering. Detta innebär att DNA strängarna smälts isär genom att temperaturen höjs till 95 C. 2. Hybridisering. Under denna process binder primrarna (m.h.a. vätebindningar) specifikt till DNAt. Detta sker optimalt vid 55 C. 3. Syntes. Vid 72 C syntetiserar polymeraset en komplementär sträng, vilket innebär att för varje ny cykel kommer antalet sekvenser att dubbleras. Nu har alltså att pseudogener sållats bort (ependorfrör A innehåller regionen av genen med exonerna 3 och 4 samt ependorfrör B innehåller regionen av genen med exonerna 5 och 6) och proverna innehåller endast det DNA som vi är intresserade av. Pseudogenernas DNA finns kvar men har inte duplicerats vilket betyder att de sekvenserna är obefintliga Dag 2 Efter PCR I innehöll våra prover masskopierade sekvenser av exonerna 3, 4 (endorfrör A) och 5, 6 (endorfrör B). Vi hade alltså förstärkt de sekvenser vi är intresserade av. Pseudogenerna masskopierades inte av primrarna A, A och B, B. Man kan sammanfattningsvis säga att PCR I var nödvändig för att utesluta masskopiering av pseudogenerna. Nu när vi har masskopierat sekvenserna är det utan vetskap om de är muterade eller inte. Som tidigare nämnts är de muterade då guanin blir till adenin på exon nr. 4 (Typ B) eller då adenin försvinner genom deletion i exon nr. 5 (Typ A). Än så länge kan inte någon mutation detekteras p.g.a att primerna A, A, B och B masskopierar både den vilda och muterade sekvenser. Därför pipetterade vi under dag 2 med primers för masskopiering av både vildtyp och muterade sekvenser, se figur 1. Kopieringen skedde i 15 PCR-cykler som ovan beskrivits under dag 1, med den lilla skillnad att under dag 2 användes en hybridisering temperatur på 52 C. Anna Stenqvist Borttagen: G Anna Stenqvist Borttagen: Adenin Anna Stenqvist Borttagen: Adenin Anna Stenqvist Borttagen: både Anna Stenqvist Borttagen: regioner 5

6 Figur 1: Pipettering från endorfrör A och B till rör med de olika primrarna som masskopierar för de olika regioner Mutation typ A på båda allelerna, leder till att vi få en masskopiering i det gula röret och inte i det rosa. Mutation typ A på en allel och ingen mutation på den andra, leder till att vi får en masskopiering i både det gula och det rosa rören. Mutation typ B på båda allelerna ger masskopiering i det gröna röret och inget i det blåa. Mutation på typ B på en allel och inte på den andra ger masskopiering i både det gröna och blåa röret Dag 3 Det första som förbereddes under dag tre var gelen som ska användas vid elektroforesen. Elektrofores innebär en separation av DNA-molekyler med avseende på storlek m.h.a. att en spänning läggs på en gel och fragmenten vandrar olika snabbt beroende på storlek mot anoden, stora långsamt och små snabbt. Anna Stenqvist Borttagen: é Därefter pipetterade vi 4 μl av en färglösning (som innehöll glycerol för att öka densiteten, så att lösningen kunde sjunka ner i gelens brunnar) till vardera PCR-produkt och 2 μl till storleksmarkören. När proverna blandats pipetterade vi ner dem i gelen. Sedan lades en spänning över gelen och de större molekyler vandrade långsammare än mindre. På så sätt får man en separation i storlek. Utifrån denna separation kan man sedan se vilken/a utav proverna 1 4 som har masskopierats. Fragmenten för alla kombinationerna för ependorf-rören i figur 1 (blå, grön, rosa och gul) bör vara 564 baspar långa SOUTHERN BLOT Dag 1 vad hände dag 0? Till att börja med gjöts en gel som skulle kunna användas senare i elektroforesapparaten. Tre stycker rör erhölls från amanuens där två innehöll DNA-prover av olika sammansättning ( 2 och 1) och det tredje en storleksmarkör. Till 1 och 2 tillsattes 2 l färglösning och till markören 3 l. Geltråget sänktes ned i elektroforesapparaten varvid polariteten kontrollerades så att DNAts negativt laddade fosfatgrupper skulle kunna vandra mot pluspolen. De tre proverna laddades i gelen med automatpipett varvid strömmen slogs på (100 V) och proverna fick möjlighet att vandra under en timme. Då tiden var ute behandlades gelen med etidiumbromid i ett bad under 5min. Efter det avfärgades gelen med vatten i 10 minuter varefter den fotograferades på ett UV-bord och efter det kapades kammen. En markering i övre högra hörnet, som skars bort, gjordes också för att under resterande tid av laborationen kunna hålla reda på rikting. Steget som följde var denatureringen där man gör DNA:t enkelsträngat för att det ska kunna komplettera??? den komplementära sekvensen på filtret????. Vi täckte gelen med 40 ml 0,5M NaOH+1,5M NaCl i 15 minuter. Innehållet skakades lätt på ibland för att vätskan skulle fördelas jämt över gelen innan vi senare sköljde denna tre gånger i vatten. För neutralisering användes 40 ml 0,5M Tris-Cl ph7,5+1,5m NaCl i 15 minuter. Vi byggde därefter upp en blottningspacke med 250 ml 20xSSC (20xSSC=3M NaCl+0,3M natriumcitrat) i en plastbytta. Packen bestod (nerifrån och upp) av wettexduk på plastbytta (i kontakt med bufferten), 3MM papper, gelen, nylonfilter (luftbubblor stryktes ut), remsor avc plastfilm (ram ovanför gelen), två 3MM-papper, 20 stycken vikta papperhandukar och Anna Stenqvist Borttagen: ett Anna Stenqvist Borttagen: tråg 6

7 slutligen en 1-literskolv fylld med vatten (stabiliserad med hjälp av ett stativ). Denna packe fick sedan stå över natten så att DNA:an med hjälp av kapillärkrafter (uppstår från tyngder på gelen) kan vandra upp till nylonfiltret Dag 2 Blottpacken från gårdagen monterades ner och nylonfiltret fick torka på en pappershandduk. Efter det belystes nylonfiltret med UV-ljus för att korslänka ( fixera ) DNA:t. Nästa steg var att prehybridisera nylonfiltret. En prehybrediseringsmix (10ml) tillsattes och detta fick sedan inkubera i rumstemperatur i en timme. Anledningen till prehybrediseringen är att komma ifrån störande bakgrund. Filtret är något positivt laddat medan DNA:at är något negativt laddat. Proben (definieras nedan) som ska tillsättas i nästa steg (hybridiseringen) är något negativt laddad och skulle binda ospecifikt till den positivt laddade filtret om den skulle tillsättas redan nu (detta skulle i slutändan leda till svårighet att i slutskedet av labben urskilja DNA:at från bakgrunden). I prehybrediseringsmixen fanns trna-molekyler (precis som proben negativt laddade) som kan binda till den positivt laddade gelen och på så sätt neutralisera den. Nästa steg är själva hybrediseringen. För att kunna göra det behövs en så kallad prob som är komplementär (bestämt??? och modifierat på förhand) till de DNA-strängar som är aktuella i denna labb, alltså DNA-området där restriktionsenzymet klyver antingen med 400bp (baspar), 275 bp eller 125 bp mellanrum. Proben som användes var kemiskt modifierad band molekylen dioxigenin (DIG) som kan katalysera fel!!! en färgreaktion i labbens slutskede och på så sätt bli synlig (se nedan). Den var 400bp och kan binda till både den 400bp, 275bp och 125bp-långa stängarna som restriktionsenzymet gett upphov till. Det första som gjordes var att proben denaturerades (från dubbelsträngad till enkelsträngad) så att den kan binda till den aktuella DNA-strängen. Detta gjordes genom att två rör som innehöll proben värmdes på ett värmeblock 95 C i 10 min. Efter det placerades den omedelbart på is för att snabbkylas. Sedan hälldes prehybrediseringsmixen av från nylonfiltret och proben tillsattes. Detta fick sedan inkubera över natten. Anna Stenqvist Borttagen: gelen Anna Stenqvist Borttagen: :a Anna Stenqvist Borttagen: :a Anna Stenqvist Borttagen: så att att skulle binda til Anna Stenqvist Borttagen: l Anna Stenqvist Borttagen: :a Dag 3 Idag ska proben (som nu kan binda specifikt till det vi söker) och dess DIG-molekyler detekteras med hjälpa av antikroppar och färgämnen. Första steget för att komma dit var att tvätta av filtret med hjälp av två tvättlösningar. Först med tvättlösning 1 i rumstemperatur och sedan med tvättlösning 2 i ett värmeskåp 68 C i 30 min. Detta gjordes för att få bort prob som ej bundit till DNA:a strängar. Denna prob skulle annars bli störande bakgrund senare. Proben och dess DIG-molekyler kan i slutändan detekteras tack vare att en sorts antikroppar binder till DIG-molekylerna (som fungerar som antigener till antikropparna). För att optimera detta genomförs ett moment som påminner om prehybrediseringen dag 2. Två olika buffertar (buffert 1 och 2) tillsattes (25 ml av varje i 5 respektive 25 min) som skulle få bort elektrostatiska krafter som skulle kunna få antikropparna att binda ospecifikt. Buffert 1 var maleinsyrabuffert (ph 7,5) och buffert 2 var blockningsreagens samt anti-dig fel!!! Vad vore meningen med detta? kunjugerad till alkaliskt fosfatas i maleinsyrabufferten. Efter det hälldes bufferten av och 10 ml av antikropparna (Fab) tillsattes och detta fick sedan inkuberas i rumtemperatur i 30 min. Sista steget innan färgreaktionen (som gör DNA:a längderna åskådliga) var att tillsätta 15 ml av en tredje buffert varför då?... och denna blandning fick inkuberas i rumstemperatur i 5 min. Sedan hälldes bufferten av och 10 ml grön färglösning (X-fosfat + NBT i tris buffert) tillsattes för reagera med antikropparna. Detta fick inkubera i 30 och då bufferten är Anna Stenqvist Borttagen: buffert Anna Stenqvist Borttagen: s 7

8 ljuskänslig fick det stå i ett ljusskyddat utrymme. Reaktionen stoppades genom att sänka filtret i avjonat vatten. Slutligen fick filtret torka och resultatet kunde åskådas PCR / Southern Blot Ett sätt att få en djupare förståelse för de här två DNA-teknikerna är att göra en kortare jämförelse mellan dem. Den stora och uppenbara likheten mellan dem är att de båda används för att detektera mindre fragment av DNA:t. Vad exakt vill vi detektera? I båda fallen denatureras DNA:t i fråga för att bli enkelsträngat. Dock skiljer sig denatureringsmetoderna i de två experimenten åt. I Southern Blot experimentet användes NaOH (högt ph) medan det i PCR experimentet användes hög temperatur för att denaturera DNA:t. Att denaturera är viktigt för att en komplementerande sekvens ska kunna binda till DNA:t. I Sothern Blot försöket var det en märkt probe som band, medan det i PCR försöket var ett primerpar som band till den enkelsträngade mallen. Vad proben och primerparet har gemensamt är att de båda gör det möjligt att detektera den sökta sekvensen. Till skillnad från proben (som komplementerar till hela den sökta sekvensen) märker primerparet bara ut var DNA-polymeraset ska börja och behöver därför en mängd fria nukleotidtrifosfater (som blir nukleotider då de binder till den växande strängen). En annan gemensam nämnare för de båda metodernas är att gelelektrofores användes för att detektera de sökta sekvenserna. Detta gjordes i båda fallen genom att tillsätta färglösning med glycerol (höjer densiteten) och etidiumbromid (som gör DNA:t synligt vid UV-belysning). 4. RESULTAT OCH DISKUSSION 4.1. PCR Som tidigare nämnts borde fragmenten för alla kombinationerna vara ca 564 baspar långa vilket de även visade sig vara, se figur 2. Resultatet visade att försökspersonen hade mutationer på alla fragmenten, alltså både A heterozygot och B heterozygot. I Figur 2 kan man alltså se att det skett en masskopiering i alla de fyra olika provrören med de olika primers (se figur 1 för ytterligare information om provrörsubstans). Försökspersonen har alltså segmenten med B wt, B mut, A wt och A mut. Denna metod klargör dock inte på vilka alleler respektive sitter vilket leder till att ingen slutsats kan dras gällande om försökspersonen är snabb eller långsam hydroxylerare. Alltså eftersom vi inte vet hur de olika fragmenten förhåller sig till varandra, vet vi inte heller om det är ett recessivt anlag. Fenotypen kan vara normal, men också tvärtom. Vi kan alltså inte säga om personen i fråga är en snabb eller långsam hydroxylerare, men statistik (från laborationsinstruktionshäftet) har visat att det är större sannolikhet att försökspersonen är långsam hydroxylerare. En metod för att klargöra om personen är långsam eller snabb hydroxylerare innebär att DNA-prover tas från mamman och pappan. Om det sedan visar sig att någon av föräldrarna är snabba kan slutsatsen dras att försökspersonen är snabb och har således ärvt en icke muterad allel. 8

9 Figur 2: Brunnarna som de olika lösningarna fylldes i befinner sig högst upp på bilden. Längst ner på bilden fanns den positiva anoden. Lösningarna vandrade alltså uppifrån och ner. Ju mindre segmenten var desto längre ner mot anoden kom de. Längst till vänster ser vi storleksmarkören. Den tjockare av markörerna på storleksmarkören har storleken 501/489 baspar och ovanför denna finns 692 baspar. Man ser att fragmenten från de masskopierade segmenten (från försökspersonen) har storleksordningen mellan dessa markörer och detta stämmer väl eftersom vi vet att dess storlek ska vara 564 baspar SOUTHERN BLOT De erhållna resultaten var både tydliga och önskade. Efter elektroforesen, tillsättningen av etidiumbromid och UV-belysning dag 1, uppstod tre tydliga bandmönster i var av de tre kolumnerna. Detta var alltså DNA med olika basparlängd från respektive provrör (rosa, grönt och gult) som hade vandrat i gelen. Dessa band fotograferades och det erhållna fotot kan ses nedan till vänster (fig. 3). Detta foto visar att det finns DNA i de olika provrören och att dessa har klyvts av restriktionsenzymet. Slutresultatet efter färgreaktionen dag 3 var även det tydligt och önskat. Det uppstod tre kolumner med band som kan ses på fotot nedan till höger (fig. 4). Den första kolumnen från vänster (rosa provrör) var som tidigare nämnt markören. Basparlängden (som restriktionsenzymet i ett visst DNA-område gett upphov till) för DNA:t i de två övriga kolumnerna (grönt- respektive gult provrör) var det som skulle bestämmas i denna labb. Med hjälp av markören kan man se att det gröna provröret innehöll en DNA-sträng och detta var ungefär 400 baspar långt medan det gula innehöll två DNA-stränger som ser ut att vara knappt 300 baspar respektive 100 baspar långt. Utifrån detta kan vi dra slutsatsen att det gröna provröret innehöll en 2 -allel, medan det gula innehöll en 1 -allel. 9

10 Figur 3. Brunnarna syns högst upp på bilden. De tre lösningarna har vandrat från brunnarna mot anoden (längst ner på bilden). Att det finns olika långa basparlängder visar att restriktionsenzymerna har verkar. Figur 4. Bilden visar att lösningen från det gröna provröret innehåller en DNA-sträng medan lösningen från det gula innehåller två. Lösningen i det rosa provröret fick fungera som markör. Utifrån detta kan man se att DNA-strängen från det gröna provröret är ungefär 400 baspar långt och att strängarna från det gula var ungefär 100 respektive 300 baspar långt FELKÄLLOR Slutligen kan något sägas om felkällorna. Exempel på felkällor som skulle kunna uppkomma under laborationen är att andra celler kommer in i provet och kontaminerar det. Eftersom även dessa celler i lösningen kan tänkas dupliceras senare under PCR, vilket skulle ge ett felaktigt resultat av laborationen. Båda laborationerna innehöll ett stort antal moment och således kan den mänskliga faktorn inte uteslutas. Pipettering, injicering i gelen vid elektroforesen och felaktigt uppbyggd blottningspacke är några exempel när detta kan ha haft betydelse. 5. SLUTSATS På det stora hela gick experimenten väldigt bra. Det visade sig att det inte gick att bestämma huruvida försökspersonen var snabb hydroxylerare eller inte och att det gröna provröret innehöll en 2 -allel, medan det gula innehöll en 1 -allel. 10

Laboration DNA. Datum:16/11 20/ Labgrupp: 11 Laboranter: Johanna Olsson & Kent Johansson

Laboration DNA. Datum:16/11 20/ Labgrupp: 11 Laboranter: Johanna Olsson & Kent Johansson Laboration DNA Datum:16/11 20/11 2015 Labgrupp: 11 Laboranter: Johanna Olsson & Kent Johansson Material och metod Materiallista hänvisas till labhandledning s.3 (BIMA15 ht 2015, Lab III: DNA.) Uppsamling

Läs mer

DNA-labb / Plasmidlabb

DNA-labb / Plasmidlabb Översikt DNA-labb Plasmidlabb Preparation och analys av -DNA från Escherichia coli Varför är vi här idag? Kort introduktion till biokemi och rekombinant DNA- teknologi Vad skall vi göra idag? Genomgång

Läs mer

Polymerase Chain Reaction

Polymerase Chain Reaction Polymerase Chain Reaction The Polymerase Chain Reaction Molekylärbiologisk metodik T3 ht 11 Märit Karls Kunskapsmål för detta avsnitt Från kursplan: Studenten skall kunna: förklara grundläggande principer

Läs mer

/LGM. Amplifiering och analys av humant mitokondrie-dna med hjälp av PCR teknik och agarosgelelektrofores

/LGM. Amplifiering och analys av humant mitokondrie-dna med hjälp av PCR teknik och agarosgelelektrofores 2008-01-18/LGM Amplifiering och analys av humant mitokondrie-dna med hjälp av PCR teknik och agarosgelelektrofores Syfte: Med två olika DNA extraktionsmetoder försöka få fram tillräckligt mycket celler

Läs mer

Kopiera DNA med hjälp av PCR-metoden. Niklas Dahrén

Kopiera DNA med hjälp av PCR-metoden. Niklas Dahrén Kopiera DNA med hjälp av PCR-metoden Niklas Dahrén Först lite allmän kunskap om kromosomer, DNA, gener etc. Varje kromosom består av en lång DNAmolekyl som är lindad runt histoner En gen är en liten del

Läs mer

Tillämpning av olika molekylärbiologiska verktyg för kloning av en gen

Tillämpning av olika molekylärbiologiska verktyg för kloning av en gen IFM/Kemi Linköpings Universitet September 2011/LGM Projektlaboration i genteknik Tillämpning av olika molekylärbiologiska verktyg för kloning av en gen Innehållsförteckning Inledning... 3 Amplifiering

Läs mer

NUKLEINSYRORNAS UPPBYGGNAD: Två olika nukleinsyror: DNA deoxyribonukleinsyra RNA ribonukleinsyra

NUKLEINSYRORNAS UPPBYGGNAD: Två olika nukleinsyror: DNA deoxyribonukleinsyra RNA ribonukleinsyra NUKLEINSYRORNAS UPPBYGGNAD: Två olika nukleinsyror: DNA deoxyribonukleinsyra RNA ribonukleinsyra Monomererna som bygger upp nukleinsyrorna kallas NUKLEOTIDER. En nukleotid består av tre delar: en kvävebas

Läs mer

JANINA WARENHOLT Molekylär patologi LUND

JANINA WARENHOLT Molekylär patologi LUND MPCR Multiplex Polymerase Chain Reaktion JANINA WARENHOLT Molekylär patologi LUND Vad är multiplex PCR Variant av PCR Möjliggör samtidigt att amplifiera (masskopiera) många målsekvenser i en enda reaktion.

Läs mer

LAB 12. Preparation och analys av plasmid-dna från E.coli

LAB 12. Preparation och analys av plasmid-dna från E.coli Institutionen för biokemi och biofysik LAB 12 Preparation och analys av plasmid-dna från E.coli Basåret 2012 (finns på basårshemsida: www.kemi.su.se, välj Basår) INTRODUKTION I denna laboration ska vi

Läs mer

Linköpings Universitet. Laboration i genteknik

Linköpings Universitet. Laboration i genteknik IFM/Kemi Linköpings Universitet Maj 2008/LGM Laboration i genteknik Restriktionskarta av pcantab Restriktionsklyvning samt separation av DNA-fragment mha agarosgelelektrofores Material: pcantab (minst

Läs mer

Laboration v.40 Detektion av Legionella pneumophilia med nestad PCR

Laboration v.40 Detektion av Legionella pneumophilia med nestad PCR Avdelningen för kemi och biomedicin Karlstads universitet Laboration v.40 Detektion av Legionella pneumophilia med nestad PCR Frågeställning: Vattenlednings system med tillväxt av Legionella pneumophilia

Läs mer

Diagnosticera sicklecellsanemi med DNA-analys. Niklas Dahrén

Diagnosticera sicklecellsanemi med DNA-analys. Niklas Dahrén Diagnosticera sicklecellsanemi med DNA-analys Niklas Dahrén Sicklecellsanemi Erytrocyterna ser ut som skäror : Sjukdomen innebär a0 de röda blodkropparna (erytrocyterna) ser ut som skäror (eng. sickle)

Läs mer

Genkloning och PCR av tetracyklinresistensgen. från pacyc184 till puc19

Genkloning och PCR av tetracyklinresistensgen. från pacyc184 till puc19 Umeå Universitet Biomedicinska analytikerprogrammet Genkloning och PCR av tetracyklinresistensgen från pacyc184 till puc19 Årskull: Laborationsrapport i Molekylärbiologisk laboratoriemetodik, termin 3

Läs mer

Mångfaldigande av mänskligt mitokondrie-dna

Mångfaldigande av mänskligt mitokondrie-dna John Schollar och Andy Harrison NCBE, The University of Reading Mångfaldigande av mänskligt mitokondrie-dna Syfte Med denna procedur kan du mångfaldiga ett 460 baspar långt stycke DNA, som finns i kontrollregion

Läs mer

Tidiga erfarenheter av arvets mysterier

Tidiga erfarenheter av arvets mysterier Cellens genetik Cellen Växtcellen Växtcellen Tidiga erfarenheter av arvets mysterier Artförädling genom riktad avel Religiösa förbud mot syskongiftemål Redan de gamla grekerna.. Aristoteles ~350 år före

Läs mer

Institutionen för laboratoriemedicin Bilaga 2 Biomedicinska analytikerprogrammet Analytisk Kemi och Biokemisk metodik Ht 2010, Termin 3

Institutionen för laboratoriemedicin Bilaga 2 Biomedicinska analytikerprogrammet Analytisk Kemi och Biokemisk metodik Ht 2010, Termin 3 Institutionen för laboratoriemedicin Bilaga 2 Biomedicinska analytikerprogrammet Analytisk Kemi och Biokemisk metodik Ht 2010, Termin 3 Laborationsdatum: 17 22 november 2010 Grupp: 2 Projekt: Rening och

Läs mer

DNA-molekylen. 1869 upptäcktes DNA - varken protein, kolhydrat eller lipid.

DNA-molekylen. 1869 upptäcktes DNA - varken protein, kolhydrat eller lipid. Genetik Ärftlighetslära - hur går det till när egenskaper går i arv? Molekylär genetik - information i DNA och RNA Klassisk genetik - hur olika egenskaper ärvs Bioteknik - Hur DNA flyttas mellan olika

Läs mer

Genetik. - cellens genetik - individens genetik. Kap 6

Genetik. - cellens genetik - individens genetik. Kap 6 Genetik - cellens genetik - individens genetik Kap 6 Vad bestämmer hur en organism (cell) ser ut och fungerar? Generna (arvsanlagen) och miljön Hur går det till? En gen är en ritning för hur ett protein

Läs mer

Syfte? Naturliga populationer i Trollsvattnen. Otoliter för åldersbestämning. Vävnadsprover för genetisk analys

Syfte? Naturliga populationer i Trollsvattnen. Otoliter för åldersbestämning. Vävnadsprover för genetisk analys Syfte? Inblick i vanlig genotypbestämningsmetod Allozymer har ofta använts som genetisk markör vid populationsgenetiska studier Studera genetisk variation inom och mellan populationer används inom bevarandebiologin

Läs mer

Analys av nukleinsyra. Molekylärbiologisk metodik T3 ht 11 Märit Karls

Analys av nukleinsyra. Molekylärbiologisk metodik T3 ht 11 Märit Karls Analys av nukleinsyra Molekylärbiologisk metodik T3 ht 11 Märit Karls Studietips Detta kompendium är INTE en lärobok. Det är inte meningen att man skall kunna läsa kompendiet och förstå innehållet. Ni

Läs mer

Linköpings Universitet. Lägesspecifik Mutagenes av proteiner

Linköpings Universitet. Lägesspecifik Mutagenes av proteiner IFM/Kemi Linköpings Universitet Augusti 2007/LGM Lägesspecifik Mutagenes av proteiner Lägesspecifik mutagenes Introduktion In vitro lägesspecifik mutagenes är en ovärderlig teknik för att t.ex. studera

Läs mer

TFKE32/TFKI09/9KEA21. Laboration i Genteknik

TFKE32/TFKI09/9KEA21. Laboration i Genteknik TFKE32/TFKI09/9KEA21 Laboration i Genteknik Denna laboration består av tre delar: A. Restriktionsklyvning av plasmiden pcantab samt konstruering av restriktionskarta. B. Preparation av plasmiden pcantab

Läs mer

Molekylärbiologins centrala dogma

Molekylärbiologins centrala dogma Molekylärbiologins centrala dogma m Replikation:Bassekvensen i DNA står för den genetiska informationen. När en cell ska delas måste DNA:tdupliceras man måste få nytt DNA med exakt samma bassekvens som

Läs mer

Cellcykel/Celldöd. Laborationsrapport 20/2-14. Basgrupp 1

Cellcykel/Celldöd. Laborationsrapport 20/2-14. Basgrupp 1 Cellcykel/Celldöd Laborationsrapport 20/2-14 Basgrupp 1 Louise Andersson Alexander Barhebreus Pontus Boberg Amanda Dahl Simon Ingves Christina Larsson Kajsa Lethin Thea Wennman Syfte Se skillnad på hur

Läs mer

Laboration: cellskada/celldöd

Laboration: cellskada/celldöd Laboration: cellskada/celldöd Läkarprogrammet termin 3 Basgrupp 2 Therese Enenge Amanda Amanda Karlsson Erik Andersson Johansson Niklas Åkesson Ebba Gabrielson Emil Saghamre Salik Hamid 2014-02-06 1 Inledning;

Läs mer

RNA-syntes och Proteinsyntes

RNA-syntes och Proteinsyntes RNA-syntes och Proteinsyntes Jenny Flygare (jenny.flygare@ki.se) Genexpression - översikt 5 (p) A T G T C A G A G G A A T G A 3 (OH) T A C A G T C T C C T T A C T 3 (OH) 5 (p) VAD TRANSLATERAS DEN HÄR

Läs mer

CSI - Katte DNA-fingerprinting Välkänt från polisarbete. Metoden föddes 1985 i England. Från början krävdes stora mängder DNA, men nu funkar även mycket små mängder. DNA-sekvens Användning Metoden

Läs mer

DNA-ordlista. 16S: Egentligen 16S rrna. Mitokondriell gen med förhållandevis liten variation som ofta används för att artbestämma DNA från däggdjur.

DNA-ordlista. 16S: Egentligen 16S rrna. Mitokondriell gen med förhållandevis liten variation som ofta används för att artbestämma DNA från däggdjur. DNA-ordlista 16S: Egentligen 16S rrna. Mitokondriell gen med förhållandevis liten variation som ofta används för att artbestämma DNA från däggdjur. Alignment: Att placera DNA-sekvenser intill varandra.

Läs mer

Tillämpning av olika molekylärbiologiska verktyg för kloning av en gen

Tillämpning av olika molekylärbiologiska verktyg för kloning av en gen IFM/Kemi Linköpings Universitet September 2004/LGM Projektlaboration i genteknik Tillämpning av olika molekylärbiologiska verktyg för kloning av en gen Innehållsförteckning Inledning... 3 Amplifiering

Läs mer

Klipp-och-klistra DNA: fixa mutationen med gen editering DNA, RNA och Protein

Klipp-och-klistra DNA: fixa mutationen med gen editering DNA, RNA och Protein Huntingtons sjukdom forsknings nyheter. I klartext Skriven av forskare För de globala HS medlemmarna. Klipp-och-klistra DNA: fixa mutationen med gen editering Forskare gör exakta ändringar av DNA i ett

Läs mer

BASÅRET KEMI B BIOKEMI VT 2012. GENETISK INFORMATION 191-210 (sid. 157-177)

BASÅRET KEMI B BIOKEMI VT 2012. GENETISK INFORMATION 191-210 (sid. 157-177) BASÅRET KEMI B BIOKEMI GENETISK INFORMATION 191-210 (sid. 157-177) DNA/RNA, Transkription, Translation VAR I CELLEN SKER DETTA? Replikation - kopiering av DNA, sker i cellkärnan Transkription - avläsa

Läs mer

En bioinformatisk genjakt

En bioinformatisk genjakt En bioinformatisk genjakt Efter en ide från: CUSMOBIO, Milano, Italien. Hur man kan söka i databaser efter information om en gen som kan ge ökad risk för bröstcacer. Bakgrund Människor utan symptom men

Läs mer

GENETIK - Läran om arvet

GENETIK - Läran om arvet GENETIK - Läran om arvet Kroppens minsta levande enheter är cellerna I cellkärnorna finns vår arvsmassa - DNA (DNA - Deoxiribonukleinsyra) Proteiner Transportproteiner Strukturproteiner Enzymer Reglerande

Läs mer

UPPGIFT 1 TVÅPOTENSER. UPPGIFT 2 HISSEN I LUSTIGA HUSET.

UPPGIFT 1 TVÅPOTENSER. UPPGIFT 2 HISSEN I LUSTIGA HUSET. UPPGIFT 1 TVÅPOTENSER. 2 ½ ¾ = 5575186299632655785383929568162090376495104 n = 142 är det minsta värde på n för vilket 2 Ò inleds med siffrorna 55. Uppgiften består i att skriva ett program som tar emot

Läs mer

Genkloning och PCR av tetracyklinresistensgen från pacyc184

Genkloning och PCR av tetracyklinresistensgen från pacyc184 Umeå Universitet Biomedicinska analytikerprogrammet Genkloning och PCR av tetracyklinresistensgen från pacyc184 Årskull: Laborationsrapport i molekylärbiologisk labmetodik, termin 4 Laborationsdatum: Inlämnad:

Läs mer

Sammanfattning Arv och Evolution

Sammanfattning Arv och Evolution Sammanfattning Arv och Evolution Genetik Ärftlighetslära Gen Information om ärftliga egenskaper. Från föräldrar till av komma. Tillverkar proteiner. DNA (deoxiribonukleinsyra) - DNA kan liknas ett recept

Läs mer

Isolering och rening av proteinet tiopurinmetyltransferas

Isolering och rening av proteinet tiopurinmetyltransferas Isolering och rening av proteinet tiopurinmetyltransferas Inledning och syfte Proteinet tiopurinmetyltransferas (TPMT) är ett humant enzym vars naturliga funktion ännu är okänd. Proteinet katalyserar överföring

Läs mer

Instuderingsfrågor avsnitten Molekylär genetik och Rekombinant DNA tekniker, MCB

Instuderingsfrågor avsnitten Molekylär genetik och Rekombinant DNA tekniker, MCB Instuderingsfrågor avsnitten Molekylär genetik och Rekombinant DNA tekniker, MCB Molekylärgenetikdelen 1. Vad är DNA? 2. Vad heter byggstenarna i DNA? 3. Vad är RNA? 4. Vad är en bas, nukleosid, nukleotid

Läs mer

Från gen till protein. Niklas Dahrén

Från gen till protein. Niklas Dahrén Från gen till protein Niklas Dahrén Innehållet i denna undervisningsfilm: Vad är skillnaden mellan kromosom, DNA- molekyl, gen och protein? Hur kan vårt DNA avgöra hur vi ser ut och fungerar? Proteinernas

Läs mer

Preparation av hemoglobin med hjälp av gelfiltrering

Preparation av hemoglobin med hjälp av gelfiltrering Preparation av hemoglobin med hjälp av gelfiltrering Teori Vid preparation av ett protein används en rad olika metoder för att specifikt rena fram det önskade proteinet. I vårt fall ska hemoglobin från

Läs mer

Påvisande av Echinococcus multilocularis med specifikt fiske av mitokondrie-dna

Påvisande av Echinococcus multilocularis med specifikt fiske av mitokondrie-dna Påvisande av Echinococcus multilocularis med specifikt fiske av mitokondrie-dna Åsa Hagström Statens Veterinärmedicinska Anstalt Avdelning för virologi, immunbiologi och parasitologi Innehåll Bakgrund

Läs mer

Från DNA till protein, dvs den centrala dogmen

Från DNA till protein, dvs den centrala dogmen Från DNA till protein, dvs den centrala dogmen DNA RNA Protein Biochemistry, kapitel 1 5 samt kapitel 29 31. Kapitel 2 5 samt 29 31 berörs även i kommande föreläsningar. Transkription och translation Informationsflödet

Läs mer

RNA och den genetiska koden

RNA och den genetiska koden RNA och den genetiska koden Table of Contents Struktur... 1 DNA och RNA... 2 Puriner och Pyrimidiner... 2 Watson-Crick baspar... 2 RNA som molekyl... 2 Primär struktur... 2 Sekundära strukturer... 2 Typer

Läs mer

Transkriptionen. Niklas Dahrén

Transkriptionen. Niklas Dahrén Transkriptionen Niklas Dahrén Innehållet i denna undervisningsfilm: Översikt över proteinsyntesen Transkrip1onen Modifiering (bearbetning) av mrna Fler filmer på samma tema: Från gen 1ll protein Den gene1ska

Läs mer

Expression, produktion och rening av Fatty acid binding protein (FABP) från ökenmyran Cataglyphis fortis

Expression, produktion och rening av Fatty acid binding protein (FABP) från ökenmyran Cataglyphis fortis UNIVERSITETET I LINKÖPING Proteinkemi Kemiavdelningen 2011-02-04 Expression, produktion och rening av Fatty acid binding protein (FABP) från ökenmyran Cataglyphis fortis Produktion av FABP i E. coli bakterier

Läs mer

Laboratoriemetod för att manuellt rena DNA från ett prov på 0,5 ml

Laboratoriemetod för att manuellt rena DNA från ett prov på 0,5 ml Laboratoriemetod för att manuellt rena DNA från ett prov på 0,5 ml För att rena genomiskt DNA från insamlingssatser tillhörande Oragene och ORAcollect -familjerna. Besök vår hemsida, www.dnagenotek.com,

Läs mer

Molekylärgenetiskt verktyg för diagnos av T- resp. B-cellslymfom i vävnad/paraffin Diagnostik av Lymfom. Olika ingångar för B-, resp. T-cellslymfom Metodiker: - Morfologi (Mikroskopi) - Immunohistokemi

Läs mer

Grundläggande molekylära genetiska mekanismer Kap 4,

Grundläggande molekylära genetiska mekanismer Kap 4, Grundläggande molekylära genetiska mekanismer Kap 4, 4.1-4.6. DNA tinnehåller den genetiska informationen. I en prokaryotcell finns DNA ti cytosolen, i en eukaryotcell finns det i. För att DNA t ska kunna

Läs mer

Realtids-PCR. icycler BioRad, mikrotiterplattor. LightCycler Roche, kapillärer. ABI Prism 7000 Applied Biosystem mikrotiterplattor

Realtids-PCR. icycler BioRad, mikrotiterplattor. LightCycler Roche, kapillärer. ABI Prism 7000 Applied Biosystem mikrotiterplattor Realtids-PCR icycler BioRad, mikrotiterplattor LightCycler Roche, kapillärer ABI Prism 7000 Applied Biosystem mikrotiterplattor Molekylärbiologisk metodik T3 ht 2011 Märit Karls Kunskapsmål för detta avsnitt

Läs mer

Preparation och spektroskopisk karakterisering av Myoglobin

Preparation och spektroskopisk karakterisering av Myoglobin Datum på laborationen: 2010-11-16 Handledare: Alexander Engström Preparation och spektroskopisk karakterisering av Myoglobin Namn/Laborant: Jacob Blomkvist Medlaborant: Emmi Lindgren Antonia Alfredsson

Läs mer

Område: Ekologi. Innehåll: Examinationsform: Livets mångfald (sid. 14-31) I atomernas värld (sid.32-45) Ekologi (sid. 46-77)

Område: Ekologi. Innehåll: Examinationsform: Livets mångfald (sid. 14-31) I atomernas värld (sid.32-45) Ekologi (sid. 46-77) Område: Ekologi Innehåll: Livets mångfald (sid. 14-31) I atomernas värld (sid.32-45) Ekologi (sid. 46-77) Undervisningen i kursen ska behandla följande centrala innehåll: Frågor om hållbar utveckling:

Läs mer

Framtida tekniker MLPA (Multiplex Ligation Probe Amplification) med tillämpning inom Talassemi. Dick Nelson Klinisk kemi, Labmedicin Skåne

Framtida tekniker MLPA (Multiplex Ligation Probe Amplification) med tillämpning inom Talassemi. Dick Nelson Klinisk kemi, Labmedicin Skåne Framtida tekniker MLPA (Multiplex Ligation Probe Amplification) med tillämpning inom Talassemi. Dick Nelson Klinisk kemi, Labmedicin Skåne α-talassemi 4 genotyper Wild type αα / αα - - α + -talassemi α

Läs mer

Western blot. BMA-09, VT-11, Termin 4. Ylva Hedberg Fransson

Western blot. BMA-09, VT-11, Termin 4. Ylva Hedberg Fransson Western blot BMA-09, VT-11, Termin 4 Ylva Hedberg Fransson Laborationer I denna laboration ingår tre laborativa moment; 1) lösningsberedning 2) elektrofores med SDS-PAGE och transfer 3) immunodetektion

Läs mer

Tentamen. Lycka till! Medicin A, Molekylär cellbiologi. Kurskod: MC1004. Kursansvarig: Christina Karlsson. Datum 120512 Skrivtid 4h

Tentamen. Lycka till! Medicin A, Molekylär cellbiologi. Kurskod: MC1004. Kursansvarig: Christina Karlsson. Datum 120512 Skrivtid 4h Tentamen Medicin A, Molekylär cellbiologi Kurskod: MC1004 Kursansvarig: Christina Karlsson Datum 120512 Skrivtid 4h Totalpoäng: 88p Poängfördelning Johanna Sundin: fråga 1-10: 18p Ignacio Rangel: fråga

Läs mer

Tentamen. Kurskod: MC1004. Medicin A, Molekylär cellbiologi. Kursansvarig: Christina Karlsson. Datum 130814 Skrivtid 4h

Tentamen. Kurskod: MC1004. Medicin A, Molekylär cellbiologi. Kursansvarig: Christina Karlsson. Datum 130814 Skrivtid 4h Tentamen Medicin A, Molekylär cellbiologi Kurskod: MC1004 Kursansvarig: Christina Karlsson Datum 130814 Skrivtid 4h Totalpoäng: 86p Poängfördelning Johanna Sundin (fråga 1 8): 18p Ignacio Rangel (fråga

Läs mer

Från DNA till protein, dvs den centrala dogmen

Från DNA till protein, dvs den centrala dogmen Från DNA till protein, dvs den centrala dogmen DNA RNA Protein Biochemistry, kapitel 1 5 samt kapitel 29 31. Kapitel 2 5 samt 29 31 berörs även i kommande föreläsningar. ph, kapitel 1, gås igenom i separata

Läs mer

Genexpressions analys - RNA-uttryck

Genexpressions analys - RNA-uttryck Genexpressions analys - RNA-uttryck Alla gener som är aktiva transkriberas: det bildas ett RNA (transkript). Proteinkodande gener transkriberas till mrna, ribosomalrna gener till rrna osv. Man pratar ofta

Läs mer

Transkription och translation = Översättning av bassekvensen till aminosyrasekvens

Transkription och translation = Översättning av bassekvensen till aminosyrasekvens Transkription och translation = Översättning av bassekvensen till aminosyrasekvens OBS! Grova drag för prokaryota system! Mycket mer komplicerat i eukaryota system! RNA: Tre huvudtyper: trna transfer RNA

Läs mer

Skrivning för biolog- och molekylärbiologlinjen, genetik 5p.

Skrivning för biolog- och molekylärbiologlinjen, genetik 5p. Skrivning för biolog- och molekylärbiologlinjen, genetik 5p. Namn: Adress: Resultat: Betyg: Hjälpmedel: Miniräknare. Formelblad med tabell. Skrivtid: 9.00-13.00. Beräkningar och svar ska vara motiverade.

Läs mer

ELEMENTÄR - SVÅRARE FÄRGGENETIK. Del 3

ELEMENTÄR - SVÅRARE FÄRGGENETIK. Del 3 ELEMENTÄR - SVÅRARE FÄRGGENETIK Del 3 av Maria Grönkvist Efter det att jag i förra numret av HR skrev en lista på den genetiska koden för en del färgvarianter har jag fått en fråga som lyder: hur får man

Läs mer

Transkription och translation. DNA RNA Protein. Introduktion till biomedicin 2010-09-13. Jan-Olov Höög 1

Transkription och translation. DNA RNA Protein. Introduktion till biomedicin 2010-09-13. Jan-Olov Höög 1 Från DNA till protein, dvs den centrala dogmen DNA RNA Protein Biochemistry, kapitel 1 (delvis), kapitel 2 (ingående) samt kapitel 3 (delvis, kommer att behandlas mer) Transkription och translation Informationsflödet

Läs mer

Receptorfarmakologi trombocyter

Receptorfarmakologi trombocyter Receptorfarmakologi trombocyter Bakgrund: Många hormoner och signalsubstanser verkar genom att binda till receptorer för att utöva sin effekt. Kunskapen om detta utnyttjas vid läkemedelsframställning då

Läs mer

Gen Transkripterbar del. promotor exon intron exon intron exon Slut på transkription. av transkription, fixar rätt tid och rätt mängd.

Gen Transkripterbar del. promotor exon intron exon intron exon Slut på transkription. av transkription, fixar rätt tid och rätt mängd. Gener är viktiga i biologin och idag ett aktuellt ämne. Genetik = läran om arvbarhet. Startade på 1860-talet med munken Gregor Mendel, som påvisade det som vi kallar gener. Genetik = läran om gener. Gen

Läs mer

Provet kommer att räknas igenom under vt16 på torsdag eftermiddagar ca Meddelande om sal och exakt tid anslås på min kontorsdörr (rum419).

Provet kommer att räknas igenom under vt16 på torsdag eftermiddagar ca Meddelande om sal och exakt tid anslås på min kontorsdörr (rum419). Ke2. Komvux, Lund. Prov 2. Övning. Provet kommer att räknas igenom under vt16 på torsdag eftermiddagar ca 1330-1500. Meddelande om sal och exakt tid anslås på min kontorsdörr (rum419). Övningsprovet innehåller

Läs mer

Isolering av Eugenol

Isolering av Eugenol Isolering av Eugenol Läkemedelskemi 2011-04-07 Författare: Student x Student y Handledare: Z Karlstads Universitet Innehållsförteckning Sammanfattning... 3 Inledning... 4 Utförande... 5 Resultat och diskussion...

Läs mer

Bestämning av antalet aktiva CYP2D6 genkopior (CNV) med Pyrosequencing. Anna-Lena Zackrisson PhD. anna-lena.zackrisson@rmv.se

Bestämning av antalet aktiva CYP2D6 genkopior (CNV) med Pyrosequencing. Anna-Lena Zackrisson PhD. anna-lena.zackrisson@rmv.se Bestämning av antalet aktiva CYP2D6 genkopior (CNV) med Pyrosequencing Anna-Lena Zackrisson PhD INTRODUKTION LINKÖPINGSENHETEN RÄTTSMEDICIN RÄTTSKEMI RÄTTSGENETIK INTRODUKTION Sammanställa genetisk information

Läs mer

Kap 26 Nukleinsyror och proteinsyntes. Bilder från McMurry

Kap 26 Nukleinsyror och proteinsyntes. Bilder från McMurry Kap 26 Nukleinsyror och proteinsyntes Bilder från McMurry Namn Efternamn 26 februari 2011 2 Varje DNA molekyl är uppbyggd av många gener induviduella DNA segmant som innehåller instruktioner för syntes

Läs mer

Totalt finns det alltså 20 individer i denna population. Hälften, dvs 50%, av dem är svarta.

Totalt finns det alltså 20 individer i denna population. Hälften, dvs 50%, av dem är svarta. EVOLUTION Tänk dig att det på en liten ö i skärgården finns 10 st honor av den trevliga insekten långvingad muslus. Fem av dessa är gula med svarta fläckar och fem är helsvarta. Det är samma art, bara

Läs mer

Facit tds kapitel 18

Facit tds kapitel 18 Facit tds kapitel 18 Testa dig själv 18.1 1. Arvsanlagen finns i cellkärnan. Inför celldelningen samlas de i kromosomer. 2. Det kemiska ämne som bär på arvet kallas DNA. 3. Instruktionerna i DNA är ritningar,

Läs mer

Genetik II. Jessica Abbott

Genetik II. Jessica Abbott Genetik II Jessica Abbott Nukleosid Sockergrupp + kvävebas Kvävebaser: Puriner (adenin, guanin) Pyrimidiner (cytosin, thymin i DNA, uracil i RNA) Basparning A=T G C Packning av DNA i eukaryot cellkärna

Läs mer

Undersökning av växternas evolution

Undersökning av växternas evolution 134567 Andy Harrison, John Schollar and Dean Madden NCBE, The University of Reading, Earley Gate, Reading, RG6 6BZ, UK Undersökning av växternas evolution Mångfaldigande av kloroplast-dna med hjälp av

Läs mer

Labbrapport 1 Kemilaboration ämnens uppbyggnad, egenskaper och reaktioner. Naturkunskap B Hösten 2007 Av Tommy Jansson

Labbrapport 1 Kemilaboration ämnens uppbyggnad, egenskaper och reaktioner. Naturkunskap B Hösten 2007 Av Tommy Jansson Labbrapport 1 Kemilaboration ämnens uppbyggnad, egenskaper och reaktioner. Naturkunskap B Hösten 2007 Av Tommy Jansson Försök 1: Beskriv ämnet magnesium: Magnesium är ett grundämne (nummer 12 i det periodiska

Läs mer

ETT EXEMPEL PÅ PROTEINKRISTALLISERING

ETT EXEMPEL PÅ PROTEINKRISTALLISERING KRISTLLISERING V LYSOZYM ETT EXEMPEL PÅ PROTEINKRISTLLISERING Laboration i kursen Experimentell Kemi Gävle 15:e augusti 2013 Handledare: nna Frick, Göteborgs Universitet (anna.frick@chem.gu.se) KRISTLLISERING

Läs mer

Mitokondriella sjukdomar. Gittan Kollberg Avd för klinisk kemi Sahlgrenska Sjukhuset Göteborg

Mitokondriella sjukdomar. Gittan Kollberg Avd för klinisk kemi Sahlgrenska Sjukhuset Göteborg Mitokondriella sjukdomar Gittan Kollberg Avd för klinisk kemi Sahlgrenska Sjukhuset Göteborg Mitokondriell sjukdom Definition Oxidativ fosforylering Genetik och ärftlighet Biokemisk utredning av mitokondriefunktion

Läs mer

Länge har serologi med hemagglutination

Länge har serologi med hemagglutination Nordiskt referenslaboratorium för genomisk blodgruppstypning finns i Lund AV ÅSA HELLBERG, ANNIKA HULT, MARTIN L OLSSON, OCH ELISABETH SJÖBERG WESTER, BLODCENTRALEN SKÅNE, UNIVERSITETSSJUKHUSET, LUND Länge

Läs mer

Cirkulerande cellfritt DNA

Cirkulerande cellfritt DNA Cirkulerande cellfritt DNA - en introduktion Anne Ricksten Equalismöte 2016-11-14 Vad är cirkulerande fritt DNA (cfdna)? Extracellulärt DNA som finns i cirkulationen Fragmenterat DNA, medelstorlek på ca

Läs mer

Lärarhandledning gällande sidorna 6-27 Inledning: (länk) Läromedlet har sju kapitel: 5. Celler och bioteknik

Lärarhandledning gällande sidorna 6-27 Inledning: (länk) Läromedlet har sju kapitel: 5. Celler och bioteknik Senast uppdaterad 2012-12-09 55 Naturkunskap 1b Lärarhandledning gällande sidorna 6-27 Inledning: (länk) Celler och bioteknik C apensis Förlag AB Läromedlet har sju kapitel: 1. Ett hållbart samhälle 2.

Läs mer

Rening av proteiner: hur och varför?

Rening av proteiner: hur och varför? Rening av proteiner: hur och varför? (och lite biologiska grunder) Joakim Norbeck! norbeck@chalmers.se! Grunder! Plasmider! Protein-rening! Detektion!!!!! Mest relevanta sidor i "Cell" är 510-518 & 532-552!

Läs mer

Tentamen Introduktion till Bioteknik och Bioinformatik 5hp 1MB101

Tentamen Introduktion till Bioteknik och Bioinformatik 5hp 1MB101 Tentamen Introduktion till Bioteknik och Bioinformatik 5hp 1MB101 23 oktober, 2009 kl. 8.00-13.00 Uppsala universitet Svara på svenska eller engelska. Skriv ditt namn på varje sida. För resultat, kontakta

Läs mer

BIOLOGISK SYNTES AV PROTEIN

BIOLOGISK SYNTES AV PROTEIN UMEÅ UNIVERSITET LABORATIONSHANDLEDNING Biokemi Farmaceutisk kemi 1 Lars Backman 2011-09-09 BIOLOGISK SYNTES AV PROTEIN Utblick Våra gener innehåller all information som behövs för att tillverka en ny

Läs mer

Cellodling Laborationskompendium

Cellodling Laborationskompendium Cellodling Laborationskompendium Sammanställd av Birgitta Sundström Material och lösningar: Odlingsmedium 50 ml Falconrör (blå skruvkort) Finns färdigt. DMEM:F12 1:1 med tillsats av 10% (v/v) fetalt kalvserum

Läs mer

Cellskada och manipulering av cellers känslighet för stress

Cellskada och manipulering av cellers känslighet för stress Cellskada och manipulering av cellers känslighet för stress Bakgrund En cellskada kan uppstå på många olika sätt, till exempel exponering för kemikalier, värme, kyla, hypoxi, ischemi eller strålning. Hur

Läs mer

Tentamen i Molekylär Cellbiologi

Tentamen i Molekylär Cellbiologi Tentamen i Molekylär Cellbiologi 1 juni 2007 MCB 13p Biomedicinarprogrammet Märk alla papper med din tentamenskod. Extrablad ska dessutom märkas med MCB och frågans nummer. Frågorna skall besvaras på frågebladet.

Läs mer

GRÅÄRTERS BLOMNING - En studie i hur geografiskt ursprung påverkar den genetiska variationen

GRÅÄRTERS BLOMNING - En studie i hur geografiskt ursprung påverkar den genetiska variationen PROJEKTARBETESRAPPORT Läsåret 2010/2011 GRÅÄRTERS BLOMNING - En studie i hur geografiskt ursprung påverkar den genetiska variationen Projektgrupp: Louise Dahlin, Sanna Renius och Frida Ulander, NV3E Handledare:

Läs mer

Hur sitter DNA ihop? DNA betyder Deoxyribonukleinsyra.

Hur sitter DNA ihop? DNA betyder Deoxyribonukleinsyra. DNA betyder Deoxyribonukleinsyra. Hur sitter DNA ihop? DNA består två kedjor som sitter ihop genom att baserna: adenin, tymin, cytosin, och guanin binder till varandra. mar 10 10:42 1 Vad betyder celldifferentiering?

Läs mer

NUKLEINSYRORNAS UPPBYGGNAD: Två olika nukleinsyror: DNA deoxyribonukleinsyra RNA ribonukleinsyra

NUKLEINSYRORNAS UPPBYGGNAD: Två olika nukleinsyror: DNA deoxyribonukleinsyra RNA ribonukleinsyra NUKLEINSYRORNAS UPPBYGGNAD: Två olika nukleinsyror: DNA deoxyribonukleinsyra RNA ribonukleinsyra Monomererna som bygger upp nukleinsyrorna kallas NUKLEOTIDER. En nukleotid består av tre delar: en kvävebas

Läs mer

STOCKHOLMS UNIVERSITET INSTITUTIONEN FÖR BIOLOGISK GRUNDUTBILDNING

STOCKHOLMS UNIVERSITET INSTITUTIONEN FÖR BIOLOGISK GRUNDUTBILDNING STOCKHOLMS UNIVERSITET INSTITUTIONEN FÖR BIOLOGISK GRUNDUTBILDNING TENTAMEN Kurs: Prokaryot cell- och molekylärbiologi (PCMB) Datum: 2007-06-19 kl. 10-13 Visat betald terminsräkning och legitimation _

Läs mer

Introduktion till laboration Biokemi 1

Introduktion till laboration Biokemi 1 Introduktion till laboration Biokemi 1 Annica Blissing IFM Biochemistry Upplägg Laborationen sträcker sig över flera tillfällen Isolering, gelfiltrering, absorbansmätning och påvisande av sulfat Provberedning,

Läs mer

Klippa, klistra och hitta en gen

Klippa, klistra och hitta en gen Del VI Hur man gör I detta kapitel ska vi titta mer i detalj på hur genteknik går till. Hur man hittar och analyserar gener, hur man tar genetiska fingeravtryck och hur man egentligen gjorde när man kartlade

Läs mer

Örebro universitet Institutionen för hälsovetenskap och medicin Enheten klinisk medicin. Datum 131123 Skrivtid 240 minuter. Charlotte Sahlberg Bang

Örebro universitet Institutionen för hälsovetenskap och medicin Enheten klinisk medicin. Datum 131123 Skrivtid 240 minuter. Charlotte Sahlberg Bang Örebro universitet Institutionen för hälsovetenskap och medicin Enheten klinisk medicin Tentamen Kursens namn: BMLV A, Biomedicinsk laboratoriemetodik Kurskod: BL 1015 (BL1001) Kursansvarig: Siw Lunander

Läs mer

Separation av plasmaproteiner med elektrofores, HYDRAGEL PROTEIN(E) K20

Separation av plasmaproteiner med elektrofores, HYDRAGEL PROTEIN(E) K20 Umeå Universitet Biomedicinska analytikerprogrammet Separation av plasmaproteiner med elektrofores, HYDRAGEL PROTEIN(E) K20 Årskull: Laborationsrapport i Klinisk laboratoriemetodik 1, termin 4 Laborationsdatum:

Läs mer

TENTAMEN för KMB056 - Molekylär Bioteknik

TENTAMEN för KMB056 - Molekylär Bioteknik TENTAMEN för KMB056 - Molekylär Bioteknik 2012-10-23 em (V-salar) Totalt 60 poäng (Frågor 1-9: Joakim Norbeck, totalt 45 poäng; Frågor 10-11: Lisbeth Olsson, totalt 15 poäng). Betygsgränser: 30 poäng =

Läs mer

Korrosion laboration 1KB201 Grundläggande Materialkemi

Korrosion laboration 1KB201 Grundläggande Materialkemi Korrosion laboration 1KB201 Grundläggande Materialkemi Utförs av: William Sjöström (SENSUR) Rapport skriven av: William Sjöström Sammanfattning Om en metall inte är stabil i den omgivande miljön så kan

Läs mer

Detektion av Borrelia burgdorferi IgG. med hjälp av ELISA

Detektion av Borrelia burgdorferi IgG. med hjälp av ELISA Umeå Universitet Biomedicinska analytikerprogrammet Detektion av Borrelia burgdorferi IgG med hjälp av ELISA Årskull: Laborationsrapport i immunologi termin 3 Laborationsdatum: Inlämnad: Godkänd: Handledare:

Läs mer

ChromoQuant In vitro diagnostiskt test kit för analys av vanligen förekommande aneuploidier i kromosomerna 13, 18 och 21 samt i X och Y.

ChromoQuant In vitro diagnostiskt test kit för analys av vanligen förekommande aneuploidier i kromosomerna 13, 18 och 21 samt i X och Y. Bruksanvisning revision 7 (Februari 2009) ChromoQuant In vitro diagnostiskt test kit för analys av vanligen förekommande aneuploidier i kromosomerna 13, 18 och 21 samt i X och Y. Se förpackning Se förpackning

Läs mer

Delprov l, fredag 11/11,

Delprov l, fredag 11/11, Delprov l, fredag 11/11, 14.00-17.00 Fråga 1 (5 p). Ringa in ett av alternativen (endast ett): A. Vilket påstående är falskt? l. Aminosyror är byggstenar till proteiner 2. Membraner består av peptidoglykan

Läs mer

Kopiera DNA med hjälp av PCR-metoden. Niklas Dahrén

Kopiera DNA med hjälp av PCR-metoden. Niklas Dahrén Kopiera DNA med hjälp av PCR-metoden Niklas Dahrén PCR-metoden PCR= Polymerase chain reac/on. Kopiera upp specifika DNA-sekvenser: Med hjälp av PCR kan vi välja ut de områden i DNA:t (t.ex. STRområden

Läs mer

Laborationshandledning, Njurfunktion Termin 3, läkarprogrammet

Laborationshandledning, Njurfunktion Termin 3, läkarprogrammet Laborationshandledning, Njurfunktion Termin 3, läkarprogrammet Välkomna till dagens laboration i Klinisk Kemi, som i huvudsak kommer att beröra analyser som syftar till att bedöma njurarnas tillstånd.

Läs mer

En genetisk studie av TNF-alfa, IL-1-beta och CTLA-4 hos personer med kärlinflammationer och höga halter immunkomplex H E B A C H A R A N E K

En genetisk studie av TNF-alfa, IL-1-beta och CTLA-4 hos personer med kärlinflammationer och höga halter immunkomplex H E B A C H A R A N E K En genetisk studie av TNF-alfa, IL-1-beta och CTLA-4 hos personer med kärlinflammationer och höga halter immunkomplex H E B A C H A R A N E K Examensarbete Stockholm, Sverige 2006 En genetisk studie av

Läs mer