Datorbaserade modeller inom ADMET samt molekylär funktion av transportörer. Pär Matsson, Inst f farmaci Biofarmaci 7.5p HT 2014
|
|
- Eva Jansson
- för 7 år sedan
- Visningar:
Transkript
1 Datorbaserade modeller inom ADMET samt molekylär funktion av transportörer Pär Matsson, Inst f farmaci Biofarmaci 7.5p HT 2014
2 Vad gör en molekyl till ett läkemedel? Molekylen måste binda tillräckligt starkt till målet nå målet i tillräcklig mängd (koncentration) ha en acceptabel toxicitet Farmakologi & läkemedelskemi ADME T Absorption, Distribution, Metabolism, Excretion, Toxicity
3 ADMET-egenskaper Barriärer för läkemedelsadministrering Toxicity Biological target Renal excretion
4 Datorbaserade modeller inom tidig läkemedelsutveckling Dockning Struktur-aktivitetssamband ADMET Virtual screening Strukturinformation - dockning Bioinformatik farmakologisk profil ADMET Bioinformatik Strukturbiologi Olika nivåer: Struktur-aktivitetssamband Fysiologiskt baserad farmakokinetisk modellering (PBPK) Effektmodeller PKPD / farmakometri
5 Vad används ADMET-modeller till? Tidig fas (lead discovery) Design av HTS-bibliotek (high throughput screening) Prioritering av hits från HTS Senare faser (lead optimization, candidate selection) Optimering av ADMET-egenskaper Modeller används för alla olika egenskaper där in vitro och/eller in vivo-modeller finns, tex: PhysChem: löslighet, upplösningshastighet, pka, lipofilicitet, kemisk stabilitet etc ADMET: permeabilitet, proteinbindning, metabol stabilitet, hämning/induktion av metabolism, transportproteiner, BBBpassage etc
6 Exempel på hur beräkningsmetoder används i ADMET-forskning: Transportproteiner molekylär funktion och prediktiva modeller
7 Hur används beräkningsmetoder för att undersöka transportproteiner? Tre angreppsvinklar: Transportörens aminosyrasekvens Transportörens proteinstruktur MDLEGDRNGGAKKKNFFKLN NKSEKDKKEKKPTVSVFSMF RYSNWLDKLYMVVGTLAAII Molekylära egenskaper hos liganden (t ex läkemedel)
8 1) Kemoinformatiska metoder: Funktion från ligandstruktur Används när proteinstrukturen är okänd eller som komplement till proteinbaserade metoder kan ge ytterligare information, t ex egenskaper hos liganderna som inte är direkt kopplat till bindningen (t ex hur mycket substans når bindningssitet?) Målet är att identifiera kemiska egenskaper hos liganderna som är av betydelse för bindning till proteinet
9 Funktion från ligandstruktur Statistisk modellering (deskriptorbaserade modeller)
10 Statistiska struktur-aktivitetssamband (Deskriptorbaserad modellering)
11 Utveckling av struktur-aktivitetssamband Experimental data Validation Data set Statistics Model Molecular descriptors Use
12 Funktion från ligandstruktur Statistisk modellering (deskriptorbaserade modeller) Andra metoder: Farmakoforer, 3D-QSAR, strukturella fingeravtryck A Pharmacophore model B Molecular interaction field C Molecular fingerprint O CH 3 S O N CH 3 N F N O CH 3 HO H 3 C OH OH
13 Farmakoformodellering Farmakofor: minsta gemensamma nämnare hos substanser som binder till samma site Mål: Hitta kemiska funktioner som sitter på samma plats i alla (många) ligander dessa är antagligen viktiga för bindning
14 Farmakoformodellering Grundläggande steg: Identifiera funktionella grupper som kan vara inblandade i bindningen (t ex H-bindningsdonatorer/acceptorer, joniserbara grupper, aromatiska ringar) Hitta konformationer där liknande molekylegenskaper går att överlappa (skapa alignment) Utvärdera farmakoforen: - Passar alla liganderna? - Måste liganderna anta ofördelaktiga konformationer? - Korrelerar passformen med uppmätt bindningsstyrka?
15 Farmakoformodellering Farmakoforer fungerar ofta bäst för serier av liknande substanser Svårt att överlappa väldigt olika molekyler Ofta få farmakoforelement om diverst substansset Matsson et al. JPET 2007 (323) 19-30
16 Exempel: Hämning av Organic Cation Transporter 2 (SLC22A2 / OCT2)
17 Mätt inhibition för 910 substanser
18 Fördelning av molekylära egenskaper OCT2-inhibitorer är generellt - större - mer lipofila - mer positivt laddade än icke-inhibitorer
19 Exempel på modelleringsprocedur
20 Viktigaste molekyldeskriptorerna för OCT2-inhibition Charge - fraction anionic/cationic - n acidic ionizable atoms - Average net formal charge Size/shape - Randic shape index path/walk - Gravitational gyrus of rotation Lipophilicity - Octanol-water partition coeff. (log P)
21 2) Bioinformatiska metoder: funktion från aminosyrasekvens Likheter i aminosyrasekvens antyder liknande funktion Kan ge idéer om proteinstruktur, möjliga ligander osv Jämförelser mellan aminosyrasekvenser gör genom parvisa alignments:
22 Funktion från aminosyrasekvens Likheten bedöms utifrån (bl a): Hur pass lika är aminosyrorna i en viss position? T ex, har en positivt laddad aminosyra bytts mot en annan positiv? Eller mot en negativt laddad? Är proteinerna lika över långa sträckor (hela aminosyrasekvensen) eller bara i vissa delar? Måste man sträcka ut det ena proteinet för att de båda ska överlappa? (kan t ex bero på att delar av genen klippts bort/kommit till under evolutionen)
23 En karta över humana SLC-transportörer (ca 500 st) Visar på släktskap mellan SLC-transportörer: Kända underfamiljer grupperas tillsammans Vissa kluster innehåller flera familjer Finns det funktionella samband mellan transportörer som liknar varandra sekvensmässigt?
24 Färglagt efter substrattyp
25 Ett okänt släktskap: SLC2 SLC22
26 Hur går det till? Transportprotein överuttrycks i en lämplig värdcell t ex Escherichia coli eller Saccharomyces cerevisiae Proteinet renas 3) Strukturbiologiska fram och kristalliseras metoder: genom tillsats av olika blandningar Funktion av lösningsmedel från proteinstruktur och stabiliserande tillsatser Kristallen belyses med röntgen och diffraktionsmönster detekteras och analyseras
27 Funktion från proteinstruktur Svårigheter och begränsningar: Svårt att kristallisera membranbundna proteiner Kristallstrukturen inte nödvändigtvis relevant för funktion Ofta svårt att vara helt säker på strukturen Behövs energiminimering av proteinet för att hitta den optimala strukturen strukturen blir en modell av verkligheten Men: Ger en detaljerad bild av hur proteinet ser ut och hur samkristalliserade ligander binder
28 P-glycoprotein från Mus musculus Aller et al, Science 2209 (323)
29 Sav1866 Staphylococcus aureus ABC transportör Dawson and Locher, Nature 2006 (443)
30 Strukturer för SLC-transportörer Ännu inga humana strukturer som är relevanta för läkemedelstransport Information om transportmekanism har framför allt kommit från transportörer från olika bakterier Till exempel LeuT, en leucintransportör från Aquifex aeolicus
31 Strukturer för SLC-transportörer Bindning av ligander till substratsitet i LeuT Singh et al, Science 2008 (322) 1655-
32 SLC-transportörer: Transportmekanism för LeuT
33 Strukturer för SLC-transportörer Bindning av en ickekompetitiv hämmare till LeuT Bindning av clomipramine till LeuT, en bakteriell leucintransportör Singh et al, Nature 2007 (448) 952-
34 Komparativ modellering / homologimodellering När det inte finns en kristallstruktur för det protein man vill studera: Hitta ett liknande protein med bestämd struktur Beräkna likhet mellan sekvenserna skapa alignment Byt ut aminosyror och finjustera strukturen genom energiminimering Antagande: skillnaden i aminosyrasekvens är liten nog för att övergripande struktur ska vara samma
35 Beräkningsmodeller för ligand-proteininteraktioner: Dockning till proteinstrukturer Syfte: att beräkna hur (och eventuellt var) en substans binder Oftast undersöks nya molekyler för ett känt bindningssite Noradrenalin dockad till en homologimodell av NET (SLC6A2) Schlessinger et al, PNAS 2011 (108)
36 Dockning till proteinstrukturer Två varianter av metoder: 1. Shape complementarity Här beräknas först formen på liganden och på bindningssitet för att se om dessa passar ihop Fördel: snabba beräkningar, kan docka många substanser Nackdel: flexibilitet i molekylerna måste hanteras separat 2. Simulated binding Här simuleras bindningsprocessen i många små steg, där liganden kan flytta sig/rotera och ligand+protein kan anpassa form för att maximera bindningsinteraktion Fördel: mer verklighetstrogen Nackdel: långsammare
37 Dockning till proteinstrukturer Dockningen utvärderas genom olika sk scoring functions, där t ex bindnings- och konformationsenergier beräknas för att hitta de mest troliga bindningsposerna
38 Utvärdering av dockningsresultat (virtual screening) Undersök de bästa dockningarna (högst docknings-score) Sortera alla undersökta molekyler var hamnar substanser som man vet binder till proteinet ( known ligands i figuren):
39 Exempel 2: Hur lika är de kemiska egenskaperna som leder till inhibition av olika transportörer i levern? kan vi förutsäga risken att påverka flera transportörer?
40 Viktiga transport- och metabolismvägar i levern
41 Viktiga transport- och metabolismvägar i levern
42 Basolaterala upptagstransportörer
43 Metabolism
44 Kanalikulära och basolaterala effluxtransportörer
45 Inhibition av upptagstransportörer minskade intracellulära koncentrationer minskad metabolism
46 Inhibition av effluxtransportörer Ökade intracellulära koncentrationer toxicitet
47 Inhibition av hepatiska transportörer SLC transporters (basolateral uptake): Organic cation transporter 1 (OCT1 / SLC22A1) Ahlin et al., J Med Chem 2008 (51) Organic anion transporting polypeptides: Karlgren et al., J Med Chem 2012 (55) OATP1B1 (SLCO1B1) Karlgren et al., Pharm Res 2012 (29) OATP1B3 (SLCO1B3) OATP2B1 (SLCO2B1) - - SLC transporters (canalicular efflux): Multidrug and toxin extrusion 1 (MATE1 / SLC47A1) Kido et al., manuscript ABC transporters (basolateral efflux): Multidrug resistance-associated protein 3 (MRP3 / ABCC2) Brouwer et al., manuscript Multidrug resistance-associated protein 4 (MRP4 / ABCC2) Brouwer et al., manuscript ABC transporters (canalicular efflux): P-glycoprotein (MDR1 / P-gp / ABCB1) Matsson et al., Pharm Res 2009 (26) Bile salt export pump (BSEP / ABCB11) Pedersen et al., manuscript Warner et al., Drug Metab Dispos 2012 (online) Multidrug resistance-associated protein 2 (MRP2 / ABCC2) Pedersen et al., J Med Chem 2008 (51) Matsson et al., Pharm Res 2009 (26) Breast cancer resistance protein (BCRP / ABCG2) Matsson et al., JPET 2007 (323) Matsson et al., Pharm Res 2009 (26)
48 Olika storlekar och sammansättning av substansdataset för olika transportörer
49 Experimentella metoder transportörinhibition Transfekterade cellinjer eller inverterade membranvesiklar Transport av fluorescerande eller radioaktivt märkt substrat Testsubstans tillsätts Förändring av substrattransport mäts Exempel - Effluxtransportör med fluorescerande substrat: Ej inhibition: fluorescent prob pumpas ut låg intracellulär koncentration Inhibition: fluorescent prob fastnar inne i cellen
50 Hur stort är överlappet i inhibitorer? Vilka substanser inhiberar flera transportörer? Parvisa jämförelser av de olika dataseten Transportör A: 4 inhibitorer Transportör B: 3 inhibitorer m gemensamma inhibitorer / totalt n inhibitorer = 2 / 5 = 40% identiska Upprepa för alla möjliga kombinationer av transportörer I genomsnitt 74 substanser som testats för två transportörer ( gemensamma substanser)
51 Exempel på substanser med fullständiga profiler
52 Kemisk likhet mellan transportörligander Varför? Utnyttja alla tillgängliga data för varje transportör Utveckla struktur-aktivitetssamband för varje transportör Jämför transportörer med avseende på vilka molekylegenskaper som är viktiga i modellerna Detta ger en bild av hur lika transportörernas bindningssite är
53 Kemisk likhet mellan transportörligander
54 Avstånd mellan transportörmodellerna
55 Avstånd mellan transportörmodellerna Basolateral anion uptake transporters + MATE1 Canalicular efflux transporters
56 Slutsatser Transportörernas affinitet för läkemedel korrelerar med indelning i underfamiljer (dvs med likheter i aminosyrasekvens) Också med var i cellen transportören uttrycks (kanalikulära eller basolaterala membranen) Struktur-aktivitetssambanden är liknande för många transportörer stor risk för inhibition av flera transportvägar samtidigt
57
Läkemedelsupptäckt och utveckling (Drug discovery and development)
BIMA43 Patobiologi och farmakologi Läkemedelsupptäckt och utveckling (Drug discovery and development) 2017-04-07 Johan Andersson Institutionen för experimentell medicinsk vetenskap Föreläsningens innehåll!
Läs merKRISTALLISERING AV LYSOZYM
KRISTLLISERING V LYSOZYM ETT EXEMPEL PÅ PROTEINKRISTLLISERING Laboration i kursen Experimentell Kemi Gävle 14:e augusti 2013 Handledare: Petra Elund, Göteborgs Universitet (petra.edlund@gu.se) KRISTLLISERING
Läs mer) / (c l) -A R ) = (A L. -ε R. Δε = (ε L. Tentamen i Biomätteknik (TFKE37), 9 januari Uppgift 1 (10p)
Tentamen i Biomätteknik (TFKE37), 9 januari 2014. Uppgift 1 (10p) För akronymerna FT- IR, AUC, AFM, UV och MALDI: a) Skriv ut förkortningen! b) Föreslå för varje metod två egenskaper hos biomolekyler som
Läs merUMEÅ UNIVERSITET 2011-01-11. Målsättning Att använda metoder för direkt observation av mikroorganismer.
UMEÅ UNIVERSITET 2011-01-11 Institutionen för molekylärbiologi RUT10 - Biomedicinsk vetenskap I FÄRGNING OCH MIKROSKOPERING AV MIKROORGANISMER Målsättning Att använda metoder för direkt observation av
Läs merLÄKEMEDELSMETABOLISM: MEKANISMER FÖR INTERINDIVIDUELL VARIABILITET
LÄKEMEDELSMETABOLISM: MEKANISMER FÖR INTERINDIVIDUELL VARIABILITET Maria Norlin LÄKEMEDELSMETABOLISM: MEKANISMER FÖR INTERINDIVIDUELL VARIABILITET 1 Varför reagerar vi olika på läkemedel? MILJÖ GENER NutriJon
Läs merProjekt: 2/97, 3/98, 3/99 Nyckelord: Läkemedelsabsorption, tarm, datormodell, Caco-2 celler, cellinje, humant tarmepitel
Prediktion av läkemedelsabsorption i dator Per Artursson & Patric Stenberg Avdel. för galenisk farmaci Inst. För farmaci Box 580, BMC 751 23 Uppsala Projekt: 2/97, 3/98, 3/99 Nyckelord: Läkemedelsabsorption,
Läs merHT 2011. En farmakologs syn på. Biologisk variation. Orsaker & konsekvenser Läkemedelsanvändning. I Nylander. Medicin & Farmaci
HT 2011 En farmakologs syn på Biologisk variation Orsaker & konsekvenser Läkemedelsanvändning I Nylander Medicin & Farmaci Individrelaterade faktorer Vad händer i veckan? Introduktion Miljöns inverkan
Läs merLite basalt om enzymer
Enzymer: reaktioner, kinetik och inhibering Biokatalysatorer Reaktion: substrat omvandlas till produkt(er) Påverkar reaktionen så att jämvikten ställer in sig snabbare, dvs hastigheten ökar Reaktionen
Läs merProteinstruktur samt Hemoglobin
Proteinstruktur samt Hemoglobin Biochemistry Kapitel 2 Kapitel 3 Structure and Function of the Human Body Kapitel 12 Proteinstrukturer Primärstruktur - ordningen på aminosyrorna (peptidbindningen) Sekundärstruktur
Läs merProteiner. Biomolekyler kap 7
Proteiner Biomolekyler kap 7 Generna (arvsanlagen) (och miljön) bestämmer hur en organism skall se ut och fungera. Hur? En gen är en ritning för hur ett protein skall se ut. Proteiner får saker att hända
Läs merKap 26 Nukleinsyror och proteinsyntes. Bilder från McMurry
Kap 26 Nukleinsyror och proteinsyntes Bilder från McMurry Namn Efternamn 26 februari 2011 2 Varje DNA molekyl är uppbyggd av många gener induviduella DNA segmant som innehåller instruktioner för syntes
Läs merKapitel A. Kapitel B. Kapitel C. Uppgifter: Läkemedelskemi
Uppgifter: Läkemedelskemi Kapitel A 1. I stort sett alla läkemedel som säljs idag är lågmolekylära (oftast molekylvikt < 500) föreningar. Ge några exempel på läkemedel där den aktiva komponenten inte är
Läs merProteiner. Biomolekyler kap 7
Proteiner Biomolekyler kap 7 Generna (arvsanlagen) (och miljön) bestämmer hur en organism skall se ut och fungera. Hur? En gen är en ritning för hur ett protein skall se ut. Proteiner får saker att hända
Läs merVI-1. Proteiner VI. PROTEINER. Källor: - L. Stryer, Biochemistry, 3 rd Ed., Freeman, New York, 1988.
Proteiner VI. PTEINE VI-1 Källor: - L. Stryer, Biochemistry, 3 rd Ed., Freeman, New York, 1988. VI-2 Molekylmodellering VI.1. Aminosyra En aminosyra (rättare: α-aminosyra) har strukturen som visas i figur
Läs merTentamen i Immunteknologi 28 maj 2003, 8-13
Tentamen i Immunteknologi 28 maj 2003, 8-13 1 Varje fråga ger maximalt 5 p. 2 SKRIV NAMN OCH PERSONNUMMER PÅ ALLA SIDOR! 3 Glöm inte att lämna in KURSUTVÄRDERINGEN! Observera att i kursutvärderingen för
Läs merCancercellernas skyddsmekanismer
DISPUTATIONER Cancercellernas skyddsmekanismer Elisabet Tina och Malin Prenkert är leg. biomedicinska analytiker vid Universitetssjukhuset Örebro. De har försökt hitta sätt att förutsäga behandlingsresultaten
Läs merBilaga III. Ändringar i relevanta avsnitt av produktresumé, märkning och bipacksedel
Bilaga III Ändringar i relevanta avsnitt av produktresumé, märkning och bipacksedel 20 PRODUKTRESUMÉ Detta läkemedel är föremål för utökad övervakning. Detta kommer att göra det möjligt att snabbt identifiera
Läs merETT EXEMPEL PÅ PROTEINKRISTALLISERING
KRISTLLISERING V LYSOZYM ETT EXEMPEL PÅ PROTEINKRISTLLISERING Laboration i kursen Experimentell Kemi Gävle 15:e augusti 2013 Handledare: nna Frick, Göteborgs Universitet (anna.frick@chem.gu.se) KRISTLLISERING
Läs merAntikroppar:Från gen till protein skapande av diversitet. Kursbok: The immune system Peter Parham
Antikroppar:Från gen till protein skapande av diversitet. Kursbok: The immune system Peter Parham Kapitel 2.6-2.15 Vilken substans som helst kan ge upphov till ett antikroppssvar. Som svar på närvaron
Läs merElektrolysvatten. Miljövänlig teknologi för vattenrening,desinfektion och sterilisering
Elektrolysvatten Miljövänlig teknologi för vattenrening,desinfektion och sterilisering 1 Aquacode AB har specialiserat sig på att erbjuda kostnadseffektiva, miljövänliga och hälsoofarliga lösningar för
Läs merDen virtuella katten. Karlstads universitet Receptarieprogrammet Farmakologi 15 hp. Namn på student 2009-09-10
Den virtuella katten Karlstads universitet Receptarieprogrammet Farmakologi 15 hp Namn på student 2009-09-10 Sammanfattning Syfte: Att undersöka vilken effekt ett antal farmakologiskt aktiva substanser
Läs merBIOLOGISKA TESTMETODER
Emma Larsson 831230 6221 Biologiskt aktiva naturprodukter i läkemedelsutveckling, 5p, HT 2007 Inst. F. Läkemedelskemi, avd. f. Farmakognosi Uppsala Universitet BIOLOGISKA TESTMETODER In vivo vs. in vitro
Läs merSläktträd med hjälp av databaser och program från Internet
Övning: Släktträd sid 1 Övning i bioinformatik Släktträd med hjälp av databaser och program från Internet Det finns databaser som är fritt tillgängliga och innehåller nukleotid- och amino-syrasekvenser
Läs merFarmakokinetik och Farmakodynamik: traditionella, nya och framtida läkemedel. Magnus Grenegård Professor i Fysiologi Docent i Farmakologi
Farmakokinetik och Farmakodynamik: traditionella, nya och framtida läkemedel Magnus Grenegård Professor i Fysiologi Docent i Farmakologi Farmakologi - Grundläggande principer Farmakokinetik - Farmakodynamik
Läs merBASÅRET KEMI B BIOKEMI VT 2012. PROTEINER OCH ENZYMER 174-190 (sid. 140-156)
BASÅRET KEMI B BIOKEMI PROTEINER OCH ENZYMER 174-190 (sid. 140-156) Hur lätt blir det fel i strukturen? ganska stora skillnader i sekvens - ganska lika strukturer proteinerna är bara identiska i 27 av
Läs merPRODUKTRESUMÉ. Behandling av bakterieinfektioner orsakade av bakteriestammar som är känsliga för enrofloxacin.
PRODUKTRESUMÉ 1. DET VETERINÄRMEDICINSKA LÄKEMEDLETS NAMN Fenoflox vet 100 mg/ml injektionsvätska, lösning för nöt och svin 2. KVALITATIV OCH KVANTITATIV SAMMANSÄTTNING 1 ml innehåller: Aktiv substans:
Läs merLite fakta om proteinmodeller, som deltar mycket i den här tentamen
Skriftlig deltentamen, FYTA12 Statistisk fysik, 6hp, 28 Februari 2012, kl 10.15 15.15. Tillåtna hjälpmedel: Ett a4 anteckningsblad, skrivdon. Totalt 30 poäng. För godkänt: 15 poäng. För väl godkänt: 24
Läs merMedlemsstat EU/EES. Styrka Läkemedelsform Administreringssätt. Namn. Vertimen 8 mg Tabletten 8 mg tabletter oral användning
BILAGA I FÖRTECKNING ÖVER LÄKEMEDLETS NAMN, LÄKEMEDELSFORM(ER), STYRK(A)(OR), ADMINISTRERINGSSÄTT AV LÄKEMEDLE(T)(N) SAMT SÖKANDE OCH INNEHAVARE AV GODKÄNNANDE FÖR FÖRSÄLJNING I MEDLEMSSTATERNA 1 Medlemsstat
Läs mer2010-09-13 Resultatnivåns beroende av ålder och kön analys av svensk veteranfriidrott med fokus på löpgrenar
1 2010-09-13 Resultatnivåns beroende av ålder och kön analys av svensk veteranfriidrott med fokus på löpgrenar av Sven Gärderud, Carl-Erik Särndal och Ivar Söderlind Sammanfattning I denna rapport använder
Läs merTranskription och translation = Översättning av bassekvensen till aminosyrasekvens
Transkription och translation = Översättning av bassekvensen till aminosyrasekvens OBS! Grova drag för prokaryota system! Mycket mer komplicerat i eukaryota system! RNA: Tre huvudtyper: trna transfer RNA
Läs merNUKLEINSYRORNAS UPPBYGGNAD: Två olika nukleinsyror: DNA deoxyribonukleinsyra RNA ribonukleinsyra
NUKLEINSYRORNAS UPPBYGGNAD: Två olika nukleinsyror: DNA deoxyribonukleinsyra RNA ribonukleinsyra Monomererna som bygger upp nukleinsyrorna kallas NUKLEOTIDER. En nukleotid består av tre delar: en kvävebas
Läs merPreparat ur ett populärvetenskapligt perspektiv
4 th Nordic Conference on Abuse of Anabolic Androgenic Steroids, and Anti-Doping Work (Stockholm, 26-27 September 2013) Preparat ur ett populärvetenskapligt perspektiv Mathias Hallberg, docent Farmaceutiska
Läs merFelveckning och denaturering av proteiner. Niklas Dahrén
Felveckning och denaturering av proteiner Niklas Dahrén Felveckning av proteiner Strukturen är helt avgörande för proteinets funktion ü E# protein är helt beroende av sin struktur för a& kunna fullgöra
Läs merImmunteknologi, en introduktion. Hur man använder antikroppar för att mäta eller detektera biologiska händelser.
Immunteknologi, en introduktion Hur man använder antikroppar för att mäta eller detektera biologiska händelser. Antikroppar genereras av b-lymphocyter, som är en del av de vita blodkropparna Varje ursprunglig
Läs merBMP-test 2014-03-25. Samrötning av pressaft med flytgödsel. AMPTS-försök nr 2. Sammanfattning
1 BMP-test 2014-03-25 Samrötning av pressaft med flytgödsel AMPTS-försök nr 2 Tomas Östberg Ida Sjölund Sammanfattning Ensilage med hög fukthalt kan i ensilagesilos ge upphov till att relativt stora volymer
Läs merProteinläkemedel. Patrik Strömberg. Disposition
Proteinläkemedel Patrik Strömberg Läkemedelsprocessen Disposition Skillnader mellan proteinläkemedel och småmolekyler Klassificering av proteinläkemedel Viktiga aspekter, egenskaper och möjligheter för
Läs merTentamen i Robotteknik MPR160 och MPR210, 14 januari 1998
www.pe.chalmers.se/student/robot Tenta i Robotteknik 1998-01-14 1/5 Tentamen i Robotteknik MPR160 och MPR210, 14 januari 1998 Lärare: Rolf Berlin, ank 1286 Anders Boström ank 1526 Tillåtna hjälpmedel:
Läs merKursansvarig: Björn Åkerman
Vad skall du bli när du blir stor? Jag vill bli ingenjör när jag blir stor, det är ett roligt arbete och lätt. Därför finns det så många ingenjörer idag, och varje dag blir det fler. Ingenjörer behöver
Läs merKan man hämma P-glykoproteinmedierad efflux med hjälp av tillsats av hjälpämne till läkemedelsberedningen?
Kan man hämma P-glykoproteinmedierad efflux med hjälp av tillsats av hjälpämne till läkemedelsberedningen? i galenisk farmaci VT02 Handledare: iclas Petri Maria Pettersson Innehåll: ITRDUKTI... 3 MDR CH
Läs merSteg 4. Lika arbeten. 10 Diskrimineringslagen
Steg 4. Lika arbeten 10 Diskrimineringslagen [ ] Arbetsgivaren ska bedöma om förekommande löneskillnader har direkt eller indirekt samband med kön. Bedömningen ska särskilt avse skillnader mellan - Kvinnor
Läs merFarmakodynamik och Farmakokinetik
Farmakodynamik och Farmakokinetik Farmakodynamik Dosresponssamband EC50 (Effective concentration for 50 % of the response): Koncentrationen av ett läkemedel som gör hälften av maximalkraften. Visas i en
Läs merArv + miljö = diabetes?
Arv + miljö = diabetes? Kristina Lejon universitetslektor, immunologi, Institutionen för klinisk mikrobiologi Vad är det som gör att vi får diabetes? Anna Möllsten var nyss inne på den frågan och visade
Läs merDelprov l, fredag 11/11,
Delprov l, fredag 11/11, 14.00-17.00 Fråga 1 (5 p). Ringa in ett av alternativen (endast ett): A. Vilket påstående är falskt? l. Aminosyror är byggstenar till proteiner 2. Membraner består av peptidoglykan
Läs merFöreläsning 21. Sammanfattning F21. 1) Introduktion 2) Upprening 3) Karaktärisering. 4) Beräkningskemi 5) Mer organisk kemi 6) Forskning
Föreläsning 21 Sammanfattning 1) Introduktion 2) Upprening 3) Karaktärisering A) Fysikaliska data B) Sammansättning C) Spektroskopiska metoder 4) Beräkningskemi 5) Mer organisk kemi 6) Forskning 1. Introduktion
Läs merFarmakologins ABC. Farmakodynamik Vad läkemedlet gör med kroppen Farmakokinetik Vad kroppen gör med läkemedlet
Farmakologins ABC Farmakodynamik Vad läkemedlet gör med kroppen Farmakokinetik Vad kroppen gör med läkemedlet Linda Halldner Henriksson PhD, ST-läkare Linda.Halldner@ki.se disposition Farmakokinetik absorption
Läs merKromatografi. Kromatografi
Kromatografi Tekniker för att Rena Ex. inför vidare studier, terapeutisk användning etc. Fraktionera Ex. inför vidare analys, Depletion av HAPs från plasma inför 2D-gel (max-kapacitet
Läs merHeterogen miljö en omgivning som varierar i tid eller rum - kan bidra till att mellanartskonkurrensen inte hinner få full effekt.
SAMHÄLLSEKOLOGI: SAMEVOLUTION, MELLANARTSKONKURRENS & MUTUALISM Organismer har inte bara anpassats till olika abiotiska miljöfaktorer, utan har också utvecklats med och gentemot biotiska faktorer i form
Läs merTetra Pak söker nya metoder för att hitta läckor.
Tetra Pak söker nya metoder för att hitta läckor. Färska livsmedel, exempelvis mjölk, som vi i Sverige är vana vid att hitta i kyldisken, distribueras i många andra länder utanför kylkedjan. Tetra Pak
Läs merProteinstruktur och Hemoglobin
Proteinstruktur och Hemoglobin Biochemistry Kapitel 2 och 3 Structure and Function of the Human Body Kapitel 12 Proteinstrukturer Primärstruktur - ordningen på aminosyrorna (peptidbindningen) Sekundärstruktur
Läs merGenetik en sammanfattning
Genetik en sammanfattning Pär Leijonhufvud $\ BY: 3 februari 2015 C Innehåll Inledning 2 Klassisk genentik 2 Gregor Mendel munken som upptäckte ärftlighetens lagar....... 2 Korsningsrutor, ett sätt att
Läs merBiologiska membran Kap 10 fig10-1, 15, 18, 19 & med tillhörande beskrivningar. Övrigt är repetition.
Biologiska membran Kap 10 fig10-1, 15, 18, 19 & 24-27 med tillhörande beskrivningar. Övrigt är repetition. Membranproteiner kan bindas till lipidlagret genom hydrofoba interaktioner. Polypeptidkedjankan
Läs merMaterial föreläsning 8. HT2 7,5 p halvfart Janne Färm
Material föreläsning 8 HT2 7,5 p halvfart Janne Färm Tisdag 15:e December 10:15 16:00 PPU105 Material Förmiddagens agenda Mikrostrukturen i material, fasdiagram ch 19.1-4 GLU 2 Paus Processning av metaller
Läs merKemisk bindning I, Chemical bonds A&J kap. 2
Kemisk bindning I, Chemical bonds A&J kap. 2 Dagens Olika bindningstyper - Jonbindning - Kovalent bindning - Polär kovalent bindning - Metallbindning Elektronegativitet - Jonbindning eller kovalent bindning?
Läs merOmråde: Ekologi. Innehåll: Examinationsform: Livets mångfald (sid. 14-31) I atomernas värld (sid.32-45) Ekologi (sid. 46-77)
Område: Ekologi Innehåll: Livets mångfald (sid. 14-31) I atomernas värld (sid.32-45) Ekologi (sid. 46-77) Undervisningen i kursen ska behandla följande centrala innehåll: Frågor om hållbar utveckling:
Läs merNamngivningsschema. Lunds universitet / LTH / Brandingenjörsprogrammet / Allmän kemi. Vad vill du namnge? Grundämne Jon. Komplex -förening.
Allmän kemi för BI Namngivningsschema Vad vill du namnge? Grundämne Jon Förening Komplex -förening Formel Namn Enkel jonl Samman -satt jon Binär förening Ickebinär förening Neutralt komplex Positivt komplex
Läs merKursbok: The immune system Peter Parham
T cells aktivering. Kursbok: The immune system Peter Parham Kapitel 6 Primary Immune response: First encounter of naive T cells with antigen on APC. This happens in the secondary lymphoid tissues. Priming
Läs merGENETIK - Läran om arvet
GENETIK - Läran om arvet Kroppens minsta levande enheter är cellerna I cellkärnorna finns vår arvsmassa - DNA (DNA - Deoxiribonukleinsyra) Proteiner Transportproteiner Strukturproteiner Enzymer Reglerande
Läs merPetter Holme. 8e September, 2008
struktur biologi Petter Holme KTH, CSC, Beräkningsbiologi 8e September, 2008 http://www.csc.kth.se/ pholme/ struktur biologi Definition Ett av ett stort antal enheter vars globala egenskaper kommer från
Läs merJonisering. Hur fungerar jonisering? Vad är en jon?
JONISERING Jonisering Vad är en jon? Alla atomkärnor innehåller ett bestämt antal protoner och varje proton är positivt laddad. Runt kärnan snurrar ett lika stort antal elektroner som är negativt laddade.
Läs merRebeccamycin grunden för ett nytt cancerläkemedel
Rebeccamycin grunden för ett nytt cancerläkemedel Rebecca Englund Biologiskt aktiva naturprodukter, 7.5 hp VT- 12 Sammanfattning Rebeccamycin är en sekundär metabolit med antitumöraktivitet och som isolerades
Läs mer30. Undersökning av aminosyror i surkål
30. Undersökning av aminosyror i surkål VAD GÅR LABORATIONEN UT PÅ? Du ska l ära dig tekniken vid tunnskiktskromatografi, TLC undersöka vad som händer med proteinerna och polysackariderna vid mjölksyrajäsning
Läs merINNEHÅLLSFÖRTECKNING INNEHÅLLSFÖRTECKNING 1 INLEDNING 3
INNEHÅLLSFÖRTECKNING INNEHÅLLSFÖRTECKNING 1 INLEDNING 3 SAMMANFATTNING 4 Centrala stadsområden 4 Perifera stadsområden 4 Landsbygdsområden 5 Mindre tätorter 5 KÄLLOR 5 DEFINITIONER, FÖRKLARINGAR OCH JÄMFÖRELSER
Läs mer5. Transkriptionell reglering OBS! Långsam omställning!
Reglering: 1. Allosterisk reglering Ex. feedbackinhibering en produkt i en reaktionssekvens inhiberar ett tidigare steg i samma sekvens 2. Olika isoformer i olika organ 3. Kovalent modifiering Ex. fosforylering
Läs merTentamen Reproduktion och utveckling, 2011-12- 10. Åke Strids frågor:
Tentamen Reproduktion och utveckling, 2011-12- 10 Åke Strids frågor: Inför celldelning måste DNA:t kopieras. 1. Redogör för hur kopieringen går till och vilka huvudkomponenter som ingår i kopieringsmaskineriet
Läs mer-----------------------------------------------------------------------------------------------------
TENTAMEN DELKURS 2 VT 2004 (Således tre st delar!) ----------------------------------------------------------------------------------------------------- Farmakologi och sjukdomslära (totalt 42 poäng) 1.
Läs merÖvningstentafrågor i Biokemi, Basåret VT 2012
Övningstentafrågor i Biokemi, Basåret VT 2012 1. Förklara kortfattat följande ord/begrepp. (4p) - gen - genom - proteom - mutation - kofaktor - prostetisk grupp - ATP - replikation Celler: 2. Rita en eukaryot
Läs merSluttentamen Biokemi KE7001p3, 15:e mars 2007, 09 15-15 00 Max poäng = 76 p. Slutlig gräns för godkänd = 36 p (47 %).
Sluttentamen Biokemi KE7001p3, 15:e mars 2007, 09 15-15 00 Max poäng = 76 p. Slutlig gräns för godkänd = 36 p (47 %). Öppna inte kuvertet förrän klartecken ges och allt lagts undan, utom tillåtna hjälpmedel
Läs merGlattmuskel laboration
Glattmuskel laboration Introduktion: Syftet med laborationen är att ta reda på hur potenta alfa- antagonisterna Prazosin och Yohimbin är genom att tillsätta stigande koncentration av agonisten noradrenalin
Läs merFrån DNA till protein, dvs den centrala dogmen
Från DNA till protein, dvs den centrala dogmen DNA RNA Protein Biochemistry, kapitel 1 5 samt kapitel 29 31. Kapitel 2 5 samt 29 31 berörs även i kommande föreläsningar. ph, kapitel 1, gås igenom i separata
Läs merIntroduktion till farmakokinetik
Introduktion till farmakokinetik FSL HT14 Michael Ashton Enheten för farmakokine;k och läkemedelsmetabolism Sek;onen för farmakologi Farmakokinetik Pharmacon [grek.] läkemedel/ört Kinetikos [grek.] (kroppar
Läs mer75102 Anatomiset. Människokroppen är den mest komplicerade maskinen i världen. Ta detta tillfället att lära dig mer om människokroppen.
75102 Anatomiset Människokroppen är den mest komplicerade maskinen i världen. Ta detta tillfället att lära dig mer om människokroppen. Andningssystemet För att delar av kroppen ska fungera krävs det näring
Läs merBiokemi. Sammanfattande bedömning. Ämnesbeskrivning
Biokemi Sammanfattande bedömning Sverige var länge världsledande inom biokemi, främst analytisk biokemi och enzymologi, och nuvarande svensk bioteknisk och farmaceutisk industri har i många delar sitt
Läs merIsolering av Eugenol
Isolering av Eugenol Läkemedelskemi 2011-04-07 Författare: Student x Student y Handledare: Z Karlstads Universitet Innehållsförteckning Sammanfattning... 3 Inledning... 4 Utförande... 5 Resultat och diskussion...
Läs merDNA-labb / Plasmidlabb
Översikt DNA-labb Plasmidlabb Preparation och analys av -DNA från Escherichia coli Varför är vi här idag? Kort introduktion till biokemi och rekombinant DNA- teknologi Vad skall vi göra idag? Genomgång
Läs merIntroduktion. Introduktion Farmakodynamiska aspekter Farmakokinetiska aspekter Interaktioner
Introduktion Introduktion Farmakodynamiska aspekter Farmakokinetiska aspekter Interaktioner Biverkningar typ A och B A B Farmakologisk förutsägbart Ja Nej Dosberoende Ja Nej Incidens och morbiditet Hög
Läs merFörbehandling av biogassubstrat i systemanalys (WR 49)
Förbehandling av biogassubstrat i systemanalys (WR 49) 600 500 400 300 200 100 0 Calculated Experimental Utbytet av biogas är ofta mindre än substratens potential och därför behövs förbehandlingar. Nettoeffekten
Läs merProjekt ansvarig: Sammar Khalil Institution för Biosystem och Teknologi, SLU, Box 103, 230 53 Alnarp, E-mail: sammar.khalil@slu.se
Slutrapport angående projektet Effekt av reningsutrustning på näringsfällning oh hormoninnehåll samt mikroflora i bioreaktorbaserad in vitro produktion av växtråvara med (projektnr 774/14/FoG) Projekt
Läs merSeparation i Aspen. Grundläggande moduler Short-cut-metoder Rigorös destillation
Separation i Aspen Grundläggande moduler Short-cut-metoder Rigorös destillation Enkel separation Kan utföras utan destillationsmodell Flashning Flash2 för modellering av flashning, indunstning, med V-L-
Läs merSemisyntetiska. Gentamicin. Streptomycin Kanamycin Neomycin Tobramycin (Nebcina, Tobi ) Gentamicin (Gensumycin ) Sisomicin
Aminoglykosider Aminoglykosider är naturligt förekommande molekyler hos vissa svamparter och har potent antibakteriell effekt. Ett par är semisyntetiska derivat Naturligt förekommande Streptomycin Kanamycin
Läs merKondition uthållighet
Kondition uthållighet Kondition eller uthållighet, är förmågan att arbeta hårt under lång tid med tillgång på syre. Kroppen kan tillverka energi dels med hjälp av syre (aerobt) och då talar man om förbränning,
Läs merVarför kan kolatomen bilda så många olika föreningar?
Organisk kemi Kolföreningar finns i allt levande, i alla organismer. Med organiska ämnen menas föreningar som innehåller kol med undantag för koldioxider och vissa enkla salter, t ex karbonater. Organisk
Läs merTranskrip1on och transla1on
Transkrip1on och transla1on Den centrala dogmen De.a gäller för alla celler Ø De har DNA som ärhlighetsmaterial Ø DNA:t läses av 1ll mrna och deca i sin tur läses av 1ll protein Transkrip1on = avskrivning
Läs merHundar hjälper oss att förstå människans sjukdomar. Kerstin Lindblad-Toh
Hundar hjälper oss att förstå människans sjukdomar Kerstin Lindblad-Toh Målsättning med min forskning Att hitta människors sjukdomsgener via: - djurmodeller - en bättre förståelse av arvsmassan - storskalig
Läs merTentamen i Allmän farmakologi, 2 hp
Institutionen för omvårdnad Ansvarig lärare: Stig Jacobsson Avdelningen för farmakologi TENTAMEN KOD NR Tentamen i Allmän farmakologi, 2 hp Kurs: Biomedicin och allmän farmakologi, 7,5 hp inom Sjuksköterske-/Röntgensjuksköterskeprogrammet
Läs merOBS! Under rubriken lärares namn på gröna omslaget ange istället skrivningsområde, ex allmän farmakologi. Totalt ska du använda två gröna omslag.
Medicin C, Farmakologi Kurskod: MC1701 Kursansvarig: Mikael Ivarsson Datum: 2015 03 25 Skrivtid: 4 timmar Totalpoäng: 64.5 p Allmän farmakologi, 29.5 p Speciell farmakologi, 35 p OBS! Under rubriken lärares
Läs merKOMIN Kompetenscentrum för Inomhusmiljö och Hälsa som samlar ett nätverk av praktisk och forskningsmässig kompetens under ett tak med uppgift att
KOMIN Kompetenscentrum för Inomhusmiljö och Hälsa som samlar ett nätverk av praktisk och forskningsmässig kompetens under ett tak med uppgift att bistå näringslivet och allmänheten med information, råd
Läs merSlitskyddade skovlar för slunghjul
Slitskyddade skovlar för slunghjul Skovlar i slungblästringsmaskiner utsätts för ett kraftigt slitage. Därför är skovlarna tillverkade i slitstål. Ni-hard och andra höglegerade stål är vanligt förekommande.
Läs merMänniskokroppens kemi. Upprop Kursintroduktion Kompendieutdelning Föreläsning: Kemisk bindning
Människokroppens kemi Upprop Kursintroduktion Kompendieutdelning Föreläsning: Kemisk bindning Kursens mål Ge baskunskaper i allmän kemi, medicinsk kemi samt oral biokemi som är nödvändiga för de fortsatta
Läs merXenobiotikas öde i organismen
Xenobiotikas öde i organismen Eva Lindström, univ.lektor Avdelningen för Läkemedelsforskning/Farmakologi Eva.Lindstrom@liu.se Xenobiotikas öde i organismen (farmakokinetik) Xenobiotika främmande substans
Läs merMetoder, resultat, och framsteg
Metoder, resultat, och framsteg Introduction Mycket har gjorts för att minska extern belastning av P till sjöar Punktkällor och diffusa källor I många fall når vi inte målen Gamla synder d.v.s. historisk
Läs merMikrobiologins tekniksprång Dr. Erik Nygren SP Food and Bioscience
Mikrobiologins tekniksprång Dr. Erik Nygren SP Food and Bioscience Mikrobiologins tekniksprång Den högteknologiska mikrobiologin erbjuder idag nya verktyg för att förebygga smittspridning och öka produktsäkerhet.
Läs merBiomätteknik TFKE37 Tentamen 22 oktober 2009
Fråga 1 (10p) Para ihop varje begrepp i vänsterspalten med EN akronym i högerspalten. Uttyd varje akronym som du parat ihop med rätt begrepp och förklara för varje par kort (högst fem meningar) hur begreppet
Läs merSluttentamen Bke2/KE0003, 29:e Oktober 2003, 09 00-15 00 Max poäng = 94 p. Preliminär gräns för godkänd = 50 p (53 %).
Sluttentamen Bke2/KE0003, 29:e Oktober 2003, 09 00-15 00 Max poäng = 94 p. Preliminär gräns för godkänd = 50 p (53 %). Besvara varje fråga på separat papper! Ange tydligt längst upp på varje papper både
Läs merUTBILDNINGSPLAN. Dnr: 5.2-898/06. HÖGSKOLAN I KALMAR Naturvetenskapliga institutionen. Utbildning:
Dnr: 5.2-898/06 UTBILDNINGSPLAN HÖGSKOLAN I KALMAR Naturvetenskapliga institutionen Utbildning: Program: Utbildningsnivå: Receptarieexamen samt filosofie kandidatexamen med huvudområdet farmaci, 180 hp.
Läs merNamn: student x & student y Kurs: FAGBH0 Utförd: 090526
Laboration: Isolering av kinin Namn: student x & student y Kurs: FAGBH0 Utförd: 090526 Handledare: Patrik Holm 1 Innehållsförteckning Innehållsförteckning... 2 Sammanfattning... 3 Inledning... 3 Utförande...
Läs merHierarkisk proteinstruktur. Hierarkisk proteinstruktur. α-helix Fig 3-4. Primärstruktur Fig 3-3
Hierarkisk proteinstruktur Hierarkisk proteinstruktur Primärstruktur Fig 3-3 -Bestäms av sekvensen av aminosyror -Hålls samman med peptidbindningen, vilken också ger en rikting -Börjar med aminogrupp &
Läs merLaboration Enzymer. Labföreläsning. Introduktion, enzymer. Kinetik. Första ordningens kinetik. Michaelis-Menten-kinetik
Labföreläsning Maria Svärd maria.svard@ki.se Molekylär Strukturbiologi, MBB, KI Introduktion, er och kinetik Första ordningens kinetik Michaelis-Menten-kinetik K M, v max och k cat Lineweaver-Burk-plot
Läs merTentamen i Immunteknologi 28 maj 2005, 8-13
Tentamen i Immunteknologi 28 maj 2005, 8-13 1 Varje fråga ger maximalt 5 p 2 SKRIV NAMN OCH PERSONNUMMER PÅ ALLA SIDOR! (inklusive tentamensomslaget) 3 Glöm inte att fylla i och lämna in KURSUTVÄRDERINGEN!
Läs merSpektroskopi med optiska frekvenskammar
Spektroskopi med optiska frekvenskammar Aleksandra Foltynowicz Institutionen för fysik, Umeå Universitet Fortbildningsdagar, Umeå Universitet, 29 okt 2013 Vad är spektroskopi? Växelverkan mellan ljus och
Läs mer