Molekylärgenetisk diagnostik av akut bakteriell meningit
|
|
|
- Olof Svensson
- för 8 år sedan
- Visningar:
Transkript
1 Molekylärgenetisk diagnostik av akut bakteriell meningit Paula Mölling, PhD Molekylärbiolog
2 Bakteriell meningit hjärnhinneinflammation
3 Bakteriell meningit - etiologi Neonatal (<1mån) GrB strep, E. coli, L. mono Barn/ungdomar (<15år) N. men, S. pne Vuxna (>15år) N. men, S. pne, Staphylococcus Holland, 2008 (HiB och MenC vaccination) Mikrobiologen Örebro S.aur Övr L.mono Övr L.mono E.coli GrpB strep Hi S.pne GrpB strep S.pne N.men H.inflHi GrpB strep E.coli L.mono S.aur Övr S.pne N.men N.men
4 Från patient till provsvar Misstänkt meningit Ingen växt PCR
5 Mc Hi S. pne S. agal (GBS) L.mono 16S
6 Detektion av universella (U) och variabla (V) species specifika regioner i 16S rrna genen V1 V2 V6 V7 V8 V3 V4 V9 V5 U1 U2 U3 U4 U5 U6 U7 U8 1 bp 500 bp 1000 bp Alla bakterier S. pne Mc H. infl S. aga Alla streptokocker Listeria monocytogenes 1500 bp Steg 1 + UV Steg 2
7 MW VIII Prov 1 1+GBS Prov 2 2+GBS +K Provart: Likvor, blod, ledvätska, pleuravätska mm. 2 1:10 2 1:10 +K -K +GBS Steg 1: Steg 2a: Mc Hi Strep Bakterier= 1030 bp; = 710 bp = 540 bp = 300 bp Steg 2b: Pne = 937 bp S. aga = 544 bp L. mon = 265 bp
8 200 µl CSF Kromosomal DNA preparation RealtidsPCR: Streptococcus pneumoniae Haemophilus influenzae Streptococcus agalactiae (GBS) Listeria monocytogenes Neisseria meningitidis 16S rrna genen (U2-U3 )för ev. vidare sekvensering
9 Material Isolat av MC, HI, SP, GBS, LM n=327 Andra kliniska isolat n=89 Neisseria arter, Moraxella catarrhalis, H. parainf, P. multocida, legionella, Strept arter, enterokocker, S. aureus, S. haemolyticus, Salmonella, E. coli Kliniska prover n=185 odlings neg (50*+33**), odlings pos (20), konsekutiva (82) *tidigare labverifierade från ** tidigare ej labverifierade
10 Metod DNA preparation MagNaPure Compact: Mutanolysin + MagNA Pure Bacteria Lysis Buffer (BLB), MagNA Pure Compact Nucleic Acid Isolation Kit I LightCycler PCR (ett och samma PCR program) MC ctra - capsular transport SP lyta - autolysin HI P6 outer membrane protein 6 GBS cfb - CAMP factor LM hly - hemolysin listeriolysin 16S U2-(V6)-U3 - universell/variabel region Duplex (Hybridiserings prober LC 640/705) SP/HI resp GBS/LM Simplex (Hydrolys prober FAM 530) MC resp 16S
11 Resultat detektionsnivå: Neisseria meningitidis 1 bakterie genom
12 Streptococcus pneumoniae 1 bakterie genom Haemophilus influenzae <10 bakterie genom
13 Streptococcus agalactiae (GBS) <10 bakterie genom Listeria monocytogenes <10 bakterie genom
14 16S rrna Neg 10 bakterier DNA sekvensering av 16S rrna kunde identifiera MC, HI, SP, GBS, LM med en tiopotens lägre känslighet
15 forts. Resultat MC 106*/107 HI 84/84 SP 99/99 GBS 23/23 LM 14/14 Tre H. parainfluenzae gav falskt positiva resultat med P6 (HI) dock med höga CP! *Det falskt negativa isolatet: 1 MC - utan kapsel Kan identifieras med sekvenseringen av genen för 16S rrna!!!!
16 forts. Resultat Kliniska prover n=185 odlings neg (50*+33) konsekutiva (82) *MC (n=16), SP (n=15), HI (n=1), GBS (n=2), LM (n=1) MC (n=4), SP (n=8), HI (n=2), GBS (n=1), LM (n=1) odlings pos (20): Culture results (no. of isolates) PCR results N. meningitidis (3) 3/3 ctra+ S. pneumoniae (7) 7/7 lyta+ H. influenzae (1) 1/1 p6+ S. agalatiae (2) 2/2 cfb+ Other bacteria (7), i.e. E. coli (1), S. aureus (1), 1 E. coli b, 1 unspecified staphylococci b CoNS a (1), unspecified staphylococci (2), Neisseria spp (1), unspecified streptococci (1)
17 Exempel från några rutinkörningar Inhibition? Spikning av prover + kontroll Spikade prover
18 Förekomst av bakteriellt DNA? 16S rrna-genen Patientprov 1 sekv. Patientprov 2 ej sekv. + kontroll - kontroller
19 Positiv för Neisseria meningitidis!!! Patientprov Mc+ Positiv kontroll Mc
20 Meningokocker kan orsaka epidemier Är sjukdomsfallen kopplade? Typning! Pilu s Kapsel sero/genogrupp LOS Rmp fhb p protei n Rmp PBP 2 CPS OM PG IMB Porin B serotyp Porin A - genosubtyp För utförligare utbrottsfrågeställningar kan även generna kodande för PorB, PBP2, FetA, fhbp och studeras samt PFGE och MLST
21 Metoder: Genetisk identifiering, gruppering och subtypning DNA preparation LightCycler PCR SP HI I* II* III GBS MC 16S LM * Endast på odlingsnegativa prover A C B Y W-135 Kapselgener VR1 VR2,3 pora, Kliniskt mikrobiologiska kliniken, Universitetssjukhuset Örebro
22 Mc identifiering Prober (ctra) Mc gruppering SYBR Green Mc subtypning SYBR Green A B C Y W-135 H 2 O Mc Mc H 2 O Cycler Temperatur (T) Temperatur (T) Sekvensering Mölling P, et al. J Clin Microbiol. 2002
23 F1 F2 Genosubtypning - pora VR1 R1 VR2 VR3 R2 Cyklisk sekvenserings PCR. ACTGTGACTGTT... Kapillär elektrofores PLQNIQPQVTKR Översättning till aminosyror (3 baser-1 aminosyra) P1.5,2,36-2 Namngivning av VR till genosubtyp Mölling P, et al. APMIS 2000; Clarke SC, et al. Vaccine 2003
24 Metod: Pulsfält gel elektrofores (PFGE) Hela genomet Restriktions enzym (SpeI, NheI) delar upp genomet Genom fragmenten separeras fingeravtryck Mölling P, et al. J Clin Microbiol. 2001
25 Extra metoder: Genotypning - porb porb genen porb3 porb2 Realtids PCR SYBRGreen Internationell databas för Neisseria karaktärisering: DNA sekvensering porb3:7,7,10,12,11,6. Genotyp
26 forts Extra metoder: typning pena (PBP2 förändringar nedsatt känslighet mot -laktam antibiotika) WT GEDGAEVVLRDRQGNIVDSLDSPRNKAPKNGKDIILSLDQRIQTLAYEELNKAVEYHQAKAGTVVVLDARTGEILALANTPAYDPNRPGRADSEQRRNRA WT2... M1... M2... M3... Sekvensering Neisseria meningitidis pena database: M4...K...NK...SV...Q.M...D...A..K...A...Q...V.S...Q..Q.N... M5 AGE...E...Q...V...E..K..Q... WT VTDMIEPGSAIKPFVIAKALDAGKTDLNERLNTQPYKIGPSPVRDTHVYPSLDVRGIMQKSSNVGTSKLSARFGAEEMYDFYHELGIGVRMHSGFPGETA WT2... pena-allel 22, WT M1... M2...AQ...H...SSK...L...S. M3... M4...M...T...S..V.ATDTF..L...AT.Q...T...M.TPK...D..V... M5...D..N...AQ...SSK...L...S WT (n=32) GLLRNWRRWRPIEQATMSFGYGLQLSLLQLARAYTALTHDGVLLPVSFEKQAVAPQGKRIFKESTAREVRNLMVSVTEPGGTGTAGAVDGFDVGAKTGTA WT2 (n=1)... M1 (n=38)...k...vi.a...kk..e...a... M2 (n=1).a...qk...v...s...q..e... M3 (n=16)... M4 (n=1)... M5 (n=1).a...qk...a...q..e WT RKFVNGRYADNKHIATFIGFAPAKNPRVIVAVTIDEPTAHGYYGGVVAGPPFKKIMGGSLNILGISPTKPLTA-AAVKTPS* 581 WT2...T...* 581 M1..L...V...V...N...T...V...* 581 M2..L...V...* 581 M3..L...V.Y..V...N...T..V..QV...V...NV...* 582 M4...* 581 M5...* Thulin, et al. AAC. 2006
27 WT1 (n=19) GTGCGGTGGACGGTTTCGATGTCGGCGCGAAAACCGGCACGGCGCGCAAGTTCGTCAACGGGCGTTATGCCGACAACA forts Extra metoder: WT2 (n=25)... typning - pena WT3 (n=1)... M1 (n=8)...t...t...c..a..t..a...t...t..ac.g...t..t..c...tg... M2 (n=4)...a..t...c...a...t...t...g..t...t...c.t...tt... M3 (n=4)...t...g..t...t...c.t...tt... M4 (n=3)...t...t...a...t...t...g..t...a..a..c.t...t... M5 (n=3)...t...t...c..a..t...t...t..ac.g..t..t..c..c...tg... M6 (n=2).c...a...t...t...g..t...a..a..c.t...tt... M7 (n=2).c...g..t...t...c.t...tt... M8 (n=2)...a..t...c...a...t...t...g...c.t...t... M9 (n=1)...t...t...c..a..t...t...t...g..t...t...c.t...t... M10 (n=1)...t...t...t...g..t...t...c.t...tt... M11 (n=1)...t...g..t...a..a..c.t...tt... M12 (n=1)...a..t...c...a...t...t...g..t...a..a..c.t...t... M13 (n=1)...a..t...c..a..t...t..t...t..ac.g...t..t...tg... M14 (n=1)...c...t...c..a..t...t...t..ac.g...t..c..c...tg... Pyrosekvensering WT1 (n=19) TTTTGCCCCCGCCAAAAATCCCCGTGTGATTGTGGCGGTAA WT2 (n=25)...c... WT3 (n=1)...c... M1 (n=8)... M2 (n=4)...g..t...g... M3 (n=4)...g..t...g... M4 (n=3)...g... M5 (n=3)...g..t...g... M6 (n=2)...g..t...g... M7 (n=2)...g..t...g... M8 (n=2)...c... M9 (n=1)...a..t..t..g...g... M10 (n=1)...g..t...g... M11 (n=1)...t..t...g... M12 (n=1)...c... M13 (n=1)...c... M14 (n=1)...
28 forts Extra metoder: typning avfhbp och feta PCR Sekvensering Internationell databas för Neisseria karaktärisering: FetA variable region Factor H binding protein Jacobsson S, et al. Vaccine. 2006
29 Multi Locus Sequence Typing (MLST): 7 housekeeping gener DNA preparation abcz aroe adk fumc gdh pdhc pgm LightCycler PCR.ACTGTGACTGTT... DNA sekvensering ST-5 Sequence Type (ST) Jacobsson S, et al. Scand J Infect Dis. 2008
30 Lokala utbrott av Mc bland tonåringar i Sverige 2006, Västerås Januari: 16 år man McC, typ T15, subtyp P1.7-2,16-29,35 14 år kvinna April: 17 år kvinna Vaccination av alla elever och lärare på 2 skolor 2009, Falun 10/9: 11 år man McC, typ T2a, subtyp P1.5-1,10-8, /9: 18 år man 14/9: 19 år man Profylaktisk behandling av nära kontakter, ingen vaccinering
31 No. of cases Invasive meningococcal disease in Sweden Incidence Year Antal fall Incidens/ /år
32 Tabell IV Totalt antal MC-isolat (ett per patient) MC från blod/likvor MC från luftvägar MC från genitaltrakt Andra invasiva MC MC från CSF/blod serogrupp A B C Y W annan ingen grupp , Kliniskt mikrobiologiska kliniken, Universitetssjukhuset Örebro
33 PCR resultat på odlingsnegativa prover: PCR-analyserade odlingsnegativa likvor: 6 Mc, 5 Pne, 2 Lm positiva PCR-analyserade odlingsnegativa likvor: 5 Mc, 6 Pne, 2 Lm positiva PCR-analyserade odlingsnegativa likvor: 18 Mc, 1 Pne, 1 HI, 2 LM positiva (6 ledvätska, 15 DNA preparationer och resten likvor) OBS! Lab som skickar DNA preparation för MC gruppering/subtypning skicka istället likvorprov (gärna mer än 200 µl annars det ni har) pga att alla reningskit är ej kompatibla med den PCR vi kör med Roche LightCycler SYBR Green kit., Kliniskt mikrobiologiska kliniken, Universitetssjukhuset Örebro
34 Konklusion: varför använda genetisk karaktärisering? Snabb diagnos Vägledning av antibiotikabehandling Diagnostisera odlingsnegativa prover Under utveckling 16S optimering!!
35 Tack för mig!!! Medverkande Bakteriell meningit: Prof. Per Olcén Doc. Hans Fredlund Sara Thulin Hedberg, PhD För MC typningen även: Magnus Unemo, Susanne Jacobsson, Emma Johansson, Ronza Hadad
FilmArray - helautomatiserad multiplex likvordiagnostik
FilmArray - helautomatiserad multiplex likvordiagnostik Sara Thulin Hedberg, Molekylärbiolog, PhD David Nestor, Sara Thulin Hedberg, Paula Mölling & Martin Sundqvist Laboratoriemedicinska Länskliniken,
Neisseria meningitidis 2014
Susanne Jacobsson Datum: 2015-02-18 Sidan 1 av 7 Neisseria meningitidis 2014 Årsrapport avseende serogruppering, genosubtypning och antibiotikakänslighet hos svenska Neisseria meningitidis isolat samt
Neisseria meningitidis 2012
Susanne Jacobsson Datum: 2013-04-12 Sidan 1 av 8 Neisseria meningitidis 2012 Årsrapport avseende serogruppering, genosubtypning och antibiotikakänslighet hos svenska Neisseria meningitidis isolat samt
Neisseria meningitidis 2015
Susanne Jacobsson Datum: 2016-03-15 Sidan 1 av 9 Neisseria meningitidis 2015 Årsrapport avseende serogruppering, genosubtypning och antibiotikakänslighet hos svenska Neisseria meningitidis isolat samt
Neisseria meningitidis 2011
Susanne Jacobsson Datum: 2012-03-07 Sidan 1 av 9 Neisseria meningitidis 2011 Årsrapport avseende serogruppering, genosubtypning och antibiotikakänslighet hos svenska Neisseria meningitidis stammar samt
Neisseria meningitidis 2010
Susanne Jacobsson Datum: 2011-03-03 Sidan 1 av 10 Neisseria meningitidis 2010 Årsrapport avseende serogruppering, genosubtypning och antibiotikakänslighet hos svenska Neisseria meningitidis stammar samt
Neisseria meningitidis. Årsrapport över invasiv meningokockinfektion i Sverige år 2016
Neisseria meningitidis Årsrapport över invasiv meningokockinfektion i Sverige år 2016 Susanne Jacobsson, Hans Fredlund, Paula Mölling, Sara Thulin Hedberg, Bianca Stenmark, Martin Sundqvist, Magnus Unemo
Optimerat NGS-flöde för rutintypning av bakterier
Optimerat NGS-flöde för rutintypning av bakterier Paula Mölling, Molekylärbiolog, Docent Bianca Törös, Daniel Golparian, Sara Thulin Hedberg, Paula Mölling Laboratoriemedicinska länskliniken, Molekylärdiagnostik
MALDI-TOF - vad är nytt? Åsa Johanson, leg BMA Klinisk Mikrobiologi, Växjö
MALDI-TOF - vad är nytt? Åsa Johanson, leg BMA Klinisk Mikrobiologi, Växjö Klinisk Mikrobiologi Växjö-Karlskrona Bruker Microflex Karlskrona 2010 Växjö 2011 MALDI-TOF Artbestämning Subtypning Resistens
Typning av Legionella på Folkhälsomyndigheten
Typning av Legionella på Folkhälsomyndigheten Görel Allestam & Caroline Schönning, Folkhälsomyndigheten Hygiendagarna i Umeå, 17 april 2015 Familjen Legionellaceae - 59 arter varav 26 har associerats med
Akut otit. Janne Friis-Liby Avdelningen för ÖNH-sjukdomar, Sahlgrenska Akademin vid Göteborgs Universitet & Liby&Rönndahl läk.mott 10-10-26 10-10-10
Akut otit Avdelningen för ÖNH-sjukdomar, Sahlgrenska Akademin vid Göteborgs Universitet & Liby&Rönndahl läk.mott Akut öroninflammation hos barn Hur vanligt? c:a 300.000 fall/år Små barn drabbas mest 2års
Isolering av bakterier Diskdiffusion E-test och utvidgad resistensbestämning Vid multiresistenta fynd - anmälning till vårdhygienen.
Isolering av bakterier Diskdiffusion E-test och utvidgad resistensbestämning Vid multiresistenta fynd - anmälning till vårdhygienen. PCR analys för påvisande av resistensgenen ex: mec-genen (MRSA) Sekvenseringen,
Optimalt omhändertagande av pneumonipatienter. Jessica Kaminska 2012-10-24
Optimalt omhändertagande av pneumonipatienter Jessica Kaminska 2012-10-24 Pneumoni Hos icke immunsupprimerade patienter med samhällsförvärvad pneumoni som behandlas på sjukhus Innehåll Pre- och post-antibiotika
Expertgruppen för medicinsk mikrobiologi 2010. EQUALIS-representanter Eva Burman, Karin Dahlin-Robertsson och Keng-Ling Wallin.
Expertgruppen för medicinsk mikrobiologi 2010 Kåre Bondesson Uppsala Maria Brytting Stockholm (SMI) Eva Hedvall Malmö Torbjörn Kjerstadius Karlstad Ilona Lewensohn-Fuchs Stockholm Inger Ljungström Stockholm
IMMUVIEW URINANTIGENTEST FÖR S. PNEUMONIAE OCH L. PNEUMOPHILA SVENSKA
IMMUVIEW URINANTIGENTEST FÖR S. PNEUMONIAE OCH L. PNEUMOPHILA SVENSKA Para otras lenguas Para outros lenguas Für andere Sprachen Pour d autres langues Per le altre lingue For andre språk Для других языках
Meningokock-utbrott på scoutläger i Japan
Meningokock-utbrott på scoutläger i Japan Susanne Jacobsson, BMA, PhD Svenska referenslaboratoriet för patogena Neisseria, Laboratoriemedicinska kliniken, Mikrobiologi, Universitetssjukhuset Örebro Nyhetsflödet
Klamydia ökar: Kan vi göra något bättre?
Klamydia ökar: Kan vi göra något bättre? Björn Herrmann Klinisk mikrobiologi, Akademiska sjukhuset, Uppsala C. trachomatis i Sverige 1991-2011 Smittsk.lagen 1988 Ungd.mottagn Provtagn ökar AIDS DNA diagnostik
Erik Eriksson VMD Enheten för Bakteriologi
Diagnostik VTEC/EHEC Erik Eriksson VMD Enheten för Bakteriologi SVA Tänker prata om VTEC / EHEC Sjukdomsframkallande faktorer PCR Magnetiska kulor (Immunomagnetisk separation) Diagnostik de vanligaste
Diagnoser baserar sig mycket på sjukdomens symptom, förlopp och sjukdomens utbreddhet i befolkningen
Diagnostik allmänt Diagnoser baserar sig mycket på sjukdomens symptom, förlopp och sjukdomens utbreddhet i befolkningen Utifrån sjukdomens symptom och förlopp finns ofta ett antal möjliga bakterier (och
IVA-Strama antibiotikaanvändning, antibiotikaresistens och vårdhygien inom svensk intensivvård
STRAMASTUDIER I KORTHET IVA-Strama antibiotikaanvändning, antibiotikaresistens och vårdhygien inom svensk intensivvård Projektledare: Håkan Hanberger, infektionskliniken, Universitetssjukhuset Linköping
Vanligaste odlingsfynden i primärvården. Martin Sundqvist Överläkare, Med Dr Laboratoriemedicinska kliniken, Klinisk Mikrobiologi, Region Örebro Län
Vanligaste odlingsfynden i primärvården Martin Sundqvist Överläkare, Med Dr Laboratoriemedicinska kliniken, Klinisk Mikrobiologi, Region Örebro Län Förkylning Otroligt vanligt Rhinovirus, Coronavirus,
Vad är ESBL? Ett hotande resistensproblem bland gramnegativa bakterier?
Vad är ESBL? Ett hotande resistensproblem bland gramnegativa bakterier? SFVH 18/4-07 Lennart E Nilsson Klinisk mikrobiologi, Universitetssjukhuset i Linköping Resistensmekanismer hos Gram-negativa bakterier
Jämförelse av BDMax, Simplexa, direktodling och in-house PCR screening för MRSA detektion
Jämförelse av BDMax, Simplexa, direktodling och in-house PCR screening för MRSA detektion Paula Mölling, Molekylärbiolog, Doc Paula Mölling, Marita Neander, Bo Söderquist, Martin Sundqvist Laboratoriemedicinska
Flervalsfrågor (endast ett rätt svar)
2016-10-07 Sida 1 (5) Flervalsfrågor (endast ett rätt svar) 1. Vilken av följande mikrobiologiska analyser används INTE för att diagnostisera legionella? a. Blododling b. Sputumodling c. PCR på sputum
TABLE 1. BACTERIA COMMONLY FOUND ON THE SURFACES OF THE HUMAN BODY
TABLE 1. BACTERIA COMMONLY FOUND ON THE SURFACES OF THE HUMAN BODY Sk Conjuncti No Phary Mou Lower Anterior Vagi BACTERIUM in va se nx th Intestine urethra na Staphylococcus epidermidis (1) ++ + ++ ++
NGS för övervakning och utbrottshantering av livsmedelsburna bakterier
NGS för övervakning och utbrottshantering av livsmedelsburna bakterier Informationsdag om NGS Cecilia Jernberg 2016-06-02 Överföring till nya generationen typningsmetodik av de livsmedelsburna smittorna
Janusinfo. Strama slutenvård och särskilda boenden. Infektioner hos barn Margareta Eriksson
Utskriftsversion Janusinfo Stockholms läns landsting Vårdprogram formulerat av Stockholms läns landstings Strama-grupp Senast uppdaterat 2011-02-09 (ursprungligen publicerat november 2003) Strama slutenvård
Snabb Resistensbestämning med disk diffusion. Emma Jonasson
Snabb Resistensbestämning med disk diffusion Emma Jonasson Samtalsämnen Varför snabb resistensbestämning Snabb res. enligt EUCAST-metoden Snabb res. från Urinprover Positiva blododlingar Möjligheter och
Aktuellt resistensläge Helena Sjödén och Torbjörn Kjerstadius Klinisk mikrobiologi
Aktuellt resistensläge 15 Helena Sjödén och Torbjörn Kjerstadius Klinisk mikrobiologi E coli antibiotika vid nedre UVI Gällande terapirekommendationer anger nitrofurantoin, mecillinam och cefadroxil som
Diagnostik vid bakteriella infektioner Christian G. Giske
Diagnostik vid bakteriella infektioner Christian G. Giske Påvisande av bakterier För diagnostik av bakteriella infektioner använder mikrobiologiska laboratorier olika metoder Odling av bakterier mikroskopi
Bakteriella resistensmekanismer och antibiotikaresistens på akutsjukhus i Stockholms län Christian G. Giske
Bakteriella resistensmekanismer och antibiotikaresistens på akutsjukhus i Stockholms län Christian G. Giske Sammanfattning Generellt är antibiotikaresistensnivån relativt låg bland kliniska bakterieisolat
pvkvalitet.se Frågor och synpunkter till Sven.Engstrom@lj.se
pvkvalitet.se Frågor och synpunkter till Sven.Engstrom@lj.se Vi människor har en stor benägenhet att vara nöjda med våra insatser och vår organisation av arbetet. Vi tror att vi följer riktlinjer i mycket
Rekommendation om förebyggande läkemedelsbehandling. vaccin vid meningokockfall REKOMMENDATION
REKOMMENDATION Rekommendation om förebyggande läkemedelsbehandling och användning av vaccin vid meningokockfall Institutet för hälsa och välfärd PB 30 (Mannerheimvägen 166) 00271 Helsingfors Telefon: 020
Resistensläge i öppenvård:
Resistensläge i öppenvård: S. aureus i sårodlingar Haemophilus influenzae i nasofarynxodlingar Streptococcus pneumoniae i nasofarynxodlingar E. coli i urinodlingar Inga Fröding och Christian Giske Klinisk
Växt/ Ingen växt Respektive Bakterier/ Ej. bakterier - CFU <15 CFU 15-100 CFU >100 CFU. - Växt/ Ingen växt - Kalmar
Godkänd av: Annika Wistedt Datum: 2014-06-19 Sidan 1 av 7 Ackrediterade metoder Komponent/ undersökning System Metod/ Mätprincip Utrustning Enhet Nivå/ Mätosäkerhet Lab/ Ort Klinisk bakteriologi Bakterier,
Antibiotikaresistens i Uppsala län och Sverige
Antibiotikaresistens i Uppsala län och Sverige T o m 216 Gunilla Stridh Ekman, apotekare/teamledare Anna-Karin Smekal, klinisk bakteriolog och virolog 12 Anmälningspliktig antibiotikaresistens i Sverige,
Årsstatistik för 2014
1(6) 2015-01-30 Årsstatistik för 2014 Sammanställning av allmänfarliga och anmälningspliktiga sjukdomar i Jämtlands län Diagnos 2010 2011 2012 2013 2014 Klamydia 668 541 610 613 699 HIV 2 2 2 8 4 Gonorré
Antibiotikaresistens 2018 Blekinge och Kronoberg. Klinisk mikrobiologi för Blekinge och Kronoberg
Antibiotikaresistens 18 Blekinge och Kronoberg Klinisk mikrobiologi för Blekinge och Kronoberg Allmän information Metod En angiven resistens kan påverkas både av en faktiskt ökad resistens i bakteriepopulationen,
Multiple choice frågor
Ett eller flera rätta alternativ Multiple choice frågor16-04-28 1 (5) 1 Vilket/vilka av följande antibiotika är olämpligt att använda vid infektion efter kattbett? a. PcV b. Amoxicillin c. Heracillin R
Söker akutmottagning 29/7 pga svår huvudvärk, nackvärk och feber. Symtomen började 6 dagar tidigare och har tilltagit successivt.
Söker akutmottagning 29/7 pga svår huvudvärk, nackvärk och feber. Symtomen började 6 dagar tidigare och har tilltagit successivt. Tidigare sjd: Väsentligen frisk Cholecystektomi 16 år sedan Gastric by-pass
Strama för sjuksköterskor
Strama för sjuksköterskor Infektionsveckan, 2019 Patientens rätt till bästa infektionsbehandling i en sjukvård som motverkar antibiotikaresistens. www.skyddaantibiotikan.se/arkiv/ Antibiotika inom humansektorn
Ackrediteringens omfattning - klinisk mikrobiologi
Ackrediteringens omfattning - klinisk mikrobiologi Komponent/Undersökning System Metod/Mätprincip Utrustning Enhet Klinisk bakteriologi Clostridium difficile ribotypning Corynebacterium diphtheriae typning
Ackrediteringens omfattning Klinisk mikrobiologi. Metod/ Mätprincip. Komponent/Undersökning. Bilaga 2a /536
Klinisk bakteriologi Clostridium difficile ribotypning Isolat från: feces PCR Sekvenator Ribotyp lika/olika Corynebacterium diphtheriae typning och toxinbestämning Isolat från: svalg, sår Biokemi Toxintest
Är patient lindrigt eller allvarligt sjuk?
Är patient lindrigt eller allvarligt sjuk?...eller vem har nytta av att komma för bedömning Malin André, allmänläkare Uppsala Vart är vi på väg? Svårigheter med prognos Sjukdomsförlopp Sjukhusvård Läkarbedömning
Vaccinering av barn mot pneumokocker?
Vaccinering av barn mot pneumokocker? En rapport om sjukvårdshuvudmännens syn BARNPLANTORNA - Riksförbundet för Barn med Cochleaimplantat Rapport 2006-04-24 Bakgrund De barnvacciner som erbjuds till alla
Klinisk basgrupp/typfall Infektionsmedicin, Termin 7
Fall 2: Karin, 45 år Du är jourhavande på infektionsakuten 090830. Du tar emot patient Karin 45 år. Patienten är tidigare frisk, ingen kronisk medicinering, inga allergier. Patienten insjuknade initialt
Mikrobiologisk diagnostik av sjukhusförvärvad pneumoni
Mikrobiologisk diagnostik av sjukhusförvärvad pneumoni Christian G. Giske Docent / Med. Ansv. Överläkare Klinisk mikrobiologi Karolinska Universitetssjukhuset och Karolinska Institutet 17 maj 2017 Etiologiska
Kvalitetsregister Akut bakteriell meningit
Kvalitetsregister Akut bakteriell meningit Alla fall som behandlas för akut bakteriell meningit G 00 (Bakteriell meningit), G01+A39 (), G01+A32 (), G01+A01/A02 (Salmonella/Tyfoid med meningit) och eventuellt
Ackrediteringens omfattning
Ackrediteringens omfattning Intern riktlinje Komponent/Undersökning Klinisk bakteriologi Clostridium difficile ribotypning Corynebacterium diphtheriae typning och toxinbestämning Enterokocker vana/vanb
Mässling, kikhosta, parotit och röda hund
Mässling, kikhosta, parotit och röda hund Grundkursen för lokalt smittskydds/stramaansvariga 2016 Helena Hervius Askling Bitr.smittskyddsläkare Mässling? kontakta infektionsklinik direkt Luftburen smitta,
PROJEKTPLAN. Namn: Malin Hagstrand Aldman ST-läkare, Infektionskliniken, Lund, SUS
PROJEKTPLAN Kan vi fortfarande behandla Staphylococcus aureus i Sverige med bensylpenicillin? En kartläggning av känslighet för bensylpenicillin hos Staphylococcus aureus från Lund/Helsingborg/Kristianstad.
Antibiotikaresistens i blododlingar
Antibiotikaresistens i blododlingar Escherichia coli, Klebsiella pneumoniae, Pseudomonas aeruginosa, Staphylococcus aureus, Streptococcus pneumoniae Statistiken är baserad på provtagning utförd under 2005-2014
SEPSIS. VAD är sepsis? dödlighet. kostnader. Sepsis - patogenes. Systemisk inflammation. Koagulation. Immunsvar
SEK VAD är sepsis? SEPSIS Singer et. al., 216, JAMA Volkan Özenci, Överläkare, Docent Inga Fröding, Specialistläkare Karolinska Universitetslaboratoriet Klinisk Mikrobiologi, F72, Huddinge Volkan Özenci
Urinvägsinfektioner. Robert Schvarcz Januari 2016
Urinvägsinfektioner Robert Schvarcz Januari 2016 Klassificering cystit - pyelonefrit - urosepsis sporadisk - recidiverande samhällsförvärvad - vårdrelaterad Hur vanligt är det? Varannan kvinna, 5-10% pyelonefrit
MCQ Nr... Facit. (max 20p) (7) Flera rätta svar. 1. Vilka av dessa antibiotika har vanligtvis effekt mot pseudomonas aeruginosa?
(max 20p) 2017-02-24 1 (7) Flera rätta svar 1. Vilka av dessa antibiotika har vanligtvis effekt mot pseudomonas aeruginosa? a) cefotaxim b) piperacillin-tazobactam c) ceftazidim d) heracillin e) meropenem
Antibiotikaresistens i Uppsala län och Sverige
Antibiotikaresistens i Uppsala län och Sverige T o m 215 12 Antal inrapporterade fall av ESBL per 1 invånare och år i Uppsala län respektive Sverige. Källa: Folkhälsomyndigheten 1 Antal fall per 1 invånare
Antibiotikaresistens 2017 Blekinge och Kronoberg. Klinisk mikrobiologi för Blekinge och Kronoberg
Antibiotikaresistens 217 Blekinge och Kronoberg Klinisk mikrobiologi för Blekinge och Kronoberg Allmän information Metod En angiven resistens kan påverkas både av en faktiskt ökad resistens i bakteriepopulationen,
Växt/ Ingen växt Respektive Bakterier/ Ej. bakterier - CFU <15 CFU 15-100 CFU >100 CFU. - CFU/mL 1x10 3-1x10 4 1x10 4-1x10 5 >1x10 5
Godkänd av: Annika Wistedt Datum: 2013-09-02 Sidan 1 av 6 Ackrediterade metoder Komponent/ undersökning System Metod/ Mätprincip Utrustning Enhet Nivå/ Mätosäkerhet Lab/ Ort Klinisk bakteriologi Bakterier,
Resistensläge i öppenvård:
Resistensläge i öppenvård: S. aureus i sårodlingar Haemophilus influenzae i nasofarynxodlingar Streptococcus pneumoniae i nasofarynxodlingar E. coli i urinodlingar Johanna Haiko och Inga Fröding Klinisk
Boten eller soten. Antibiotika vid oklar feber. Stefan Berg, barnläkare Drottning Silvias Barn- och ungdomssjukhus
Boten eller soten Antibiotika vid oklar feber Stefan Berg, barnläkare Drottning Silvias Barn- och ungdomssjukhus Antibiotika vid oklar feber =FUO >7 dagar (>3 veckor) Nej, sällan! Antibiotika riktad Akuten
Diagnostik av subarachnoidalblödning ur laboratoriets synvinkel. Peter Ridefelt Klinisk kemi och farmakologi, Akademiska sjukhuset, Uppsala
Diagnostik av subarachnoidalblödning ur laboratoriets synvinkel Peter Ridefelt Klinisk kemi och farmakologi, Akademiska sjukhuset, Uppsala Diagnostik av subarachnoidalblödning Datortomografi Lumbalpunktion
ACKREDITERING AV MALDI-TOF FÖR MASTITPATOGENER. Anna Eriksson, labingenjör Enheten för bakteriologi, Mastilaboratoriet
ACKREDITERING AV MALDI-TOF FÖR MASTITPATOGENER Anna Eriksson, labingenjör Enheten för bakteriologi, Mastilaboratoriet Mastit (juverinflammation) Är den mest förlustbringande sjukdomen bland Sveriges mjölkkor
MRSA, VRE och ESBL. 11 november 2015. Lokalt smittskyddsansvariga inom primärvården. Ulla-Britt Thollström (Anna Hammarin) Smittskydd Stockholm
MRSA, VRE och ESBL Lokalt smittskyddsansvariga inom primärvården 11 november 2015 Ulla-Britt Thollström () Smittskydd Stockholm 2015-11-23 Sidan 1 Antibiotika resistenta bakterier Ökar i världen och i
Molekylärbiologisk diagnostik av tarmparasiter
Molekylärbiologisk diagnostik av tarmparasiter Vad, När, Var och Hur? Jessica Ögren Länssjukhuset Ryhov Juni 2012 Molekylärbiologiska metoder De senaste två decennierna har molekylärbiologiska tekniker
Smittskyddsdag 2013-03-20. Tarminfektioner Resistenta bakterier
Smittskyddsdag 2013-03-20 Tarminfektioner Resistenta bakterier Dagordning 9.00-9.30 Fika Förmiddag tarmsmitta 9.30-10.00 Salmonella sjukdomsbeskrivning, inkubationstid, frågeformulär Signar, Smittspårning,
Expertgruppen för medicinsk mikrobiologi
Expertgruppen för medicinsk mikrobiologi 2012-13 Therese Bergstrand Kåre Bondesson Mia Brytting Eva Hedvall Torbjörn Kjerstadius Kerstin Malm Margareta Nordin Magnus Thore Christina Welinder-Olsson Stockholm
Rådgivningssjuksköterskor
Rådgivningssjuksköterskor Strama Signar Mäkitalo Webbsidan www./smittskydd www./strama Man, 23 år, från Somalia Söker för fjärde gången på HC. Smärtstillande har inte hjälpt. Ökande besvär sedan 3 månader.
Antibiotikaresistens i Blekinge och Kronoberg Klinisk mikrobiologi för Blekinge och Kronoberg
Antibiotikaresistens i Blekinge och Kronoberg - Klinisk mikrobiologi för Blekinge och Kronoberg Allmän information Metod En angiven resistens kan påverkas både av en faktiskt ökad resistens i bakteriepopulationen,
Detektion av Streptococcus agalactiae (GBS) från selektiv odlingsbuljong med MALDI-TOF och illumigene
Detektion av Streptococcus agalactiae (GBS) från selektiv odlingsbuljong med MALDI-TOF och illumigene Emma Sjöberg Handledare: Martin Sundqvist, M.D., Ph.D. Avdelningen för Klinisk mikrobiologi Karlskrona,
FilmArray. Magnus Lindh Equalismöte
FilmArray Magnus Lindh Equalismöte 190312 Akuta CNS-infekBoner Meningit Typfall: bakterie som passerat BBB och förökar sig i likvorrummet Nackstyvhet, ola markant cellstegring i CSV Tryckstegring, inklämningsrisk
Urinvägsinfektioner. Introkursen HT 2015. Kristina Nilsson Specialistläkare Infektion
Urinvägsinfektioner Introkursen HT 2015 Kristina Nilsson Specialistläkare Infektion Disposition 1. Epidemiologi 2. Etiologi 3. Patogenes 4. Provtagning 5. ABU 6. Nedre UVI 7. Övre UVI 8. Recidiverande
Laboration v.40 Detektion av Legionella pneumophilia med nestad PCR
Avdelningen för kemi och biomedicin Karlstads universitet Laboration v.40 Detektion av Legionella pneumophilia med nestad PCR Frågeställning: Vattenlednings system med tillväxt av Legionella pneumophilia
Laboratoriemedicin VL LabNytt nr 3-Version
Laboratoriemedicin VL LabNytt nr 3-Version 2-2018 1 Laboratorienytt Nr: 3 April 2018 Version 2 Tillägg: Klinisk mikrobiologi Innehåll: Sid 2 Sid 3-7 Laboratoriemedicin Medicinska chefsgruppen - Inbjudan
Doknr. i Barium Kategori Giltigt fr.o.m. Version Infektion 2013-10-24
Doknr. i Barium Kategori Giltigt fr.o.m. Infektion 2013-10-24 Utfärdad av: Magnus Brink, överläkare, Lars Hagberg, överläkare, Marie Studahl, överläkare Godkänd av: Rune Wejstål, verksamhetschef Revisionsansvarig:
Öroninflammation Svante Hugosson
Öroninflammation Svante Hugosson Man kan ej sätta likhetstecken mellan öronsmärta och akut öroninflammation. Troligen har cirka hälften av barnen med öronsmärta denna åkomma. Överdiagnostik av akut öroninflammation
Inklusionsuppgift * Patientuppgifter. Inte standard för svenskt personnummer. Personnummer *
I registrets formulär för akut bakteriell meningit registreras: Alla fall som behandlas för akut bakteriell meningit som är samhällsförvärvad och har en av nedanstående diagnoser: G00 (bakteriell meningit),
Ackrediteringens omfattning
System Metod / Mätprincip Utrustning Enhet Lab/ort MRSA screen Nuc-gen MRSA konfirmation Nuc / MecA/ MecC/PVL-gen Chlamydia trachomatis Neisseria gonorrhoeae screen ALLMÄNNA PROVER såsom: Sår, näsa, svalg
Återkoppling av resistensdata, diagnostic stewardship
Återkoppling av resistensdata, diagnostic stewardship Tinna (Christina) Åhrén Infektionsläkare, Mikrobiolog Ordf. Strama VGR christina.ahren@vgregion.se Vad syftar diagnostiken till? Bekräfta, förkasta
Droplet Digital PCR Ny metod för identifiering och kvantifiering av HTLV
Droplet Digital PCR Ny metod för identifiering och kvantifiering av HTLV Sara Thulin Hedberg, Molekylärbiolog, PhD Lorraine Eriksson, Kerstin Malm, Maria A Demontis*, Paula Mölling, Martin Sundqvist, Graham
Realtids-PCR. icycler BioRad, mikrotiterplattor. LightCycler Roche, kapillärer. ABI Prism 7000 Applied Biosystem mikrotiterplattor
Realtids-PCR icycler BioRad, mikrotiterplattor LightCycler Roche, kapillärer ABI Prism 7000 Applied Biosystem mikrotiterplattor Molekylärbiologisk metodik T3 ht 2011 Märit Karls Kunskapsmål för detta avsnitt
Till BVC-personal: Frågor & svar. om pneumokockinfektion. Detta är en broschyr om Prevenar, ett vaccin mot pneumokockinfektioner
Till BVC-personal: Frågor & svar om pneumokockinfektion Detta är en broschyr om Prevenar, ett vaccin mot pneumokockinfektioner Hej! Det här är en broschyr från Wyeth om Prevenar pneumokockvaccin. Här har
Antibiotikaresistens och risker med smittspridning i primärvården
Antibiotikaresistens och risker med smittspridning i primärvården Charlotta Hagstam, Primärvården Annette Skovby, Klinisk Mikrobiologi Åsa Göransson, Vårdhygien Eva Gustafsson, Smittskydd Mikrobiologisk
Antibiotikabehandling på sjukhus vid samhällsförvärvad pneumoni
Antibiotikabehandling på sjukhus vid samhällsförvärvad pneumoni Antibiotikabehandling på sjukhus vid samhällsförvärvad pneumoni 1. Hur ska samhällsförvärvad pneumoni behandlas? - Infektionsläkarföreningens
Stramas mål - Realistiskt? - Risker? - Hur arbetar vi praktiskt?
Stramas mål - Realistiskt? - Risker? - Hur arbetar vi praktiskt? Pär-Daniel Sundvall Distriktsläkare Vårdcentralen Sandared Primärvårdens FoU-enhet Södra Älvsborg Strama Västra Götaland 250-målet 250 antibiotikarecept
Calicivirus och andra virus. Kjell-Olof Hedlund Enheten för Speciell Diagnostik Smittskyddsinstitutet
Calicivirus och andra virus Kjell-Olof Hedlund Enheten för Speciell Diagnostik Smittskyddsinstitutet Tarmen kan liknas vid ett kärl som lämpar sig mycket väl för virusodling Ryhovs sjukhus drabbat av vinterkräksjukan
Mikrobiologins tekniksprång Dr. Erik Nygren SP Food and Bioscience
Mikrobiologins tekniksprång Dr. Erik Nygren SP Food and Bioscience Mikrobiologins tekniksprång Den högteknologiska mikrobiologin erbjuder idag nya verktyg för att förebygga smittspridning och öka produktsäkerhet.
AMPLIRUN DNA/RNA AMPLIFICATION CONTROLS
AMPLIRUN DNA/RNA AMPLIFICATION CONTROLS TAKE CONTROL, MOLECULAR CONTROL AMPLIRUN FEATURES Quantitated PCR controls for viruses, bacteria and protozoa. Purified nucleic acid, complete microbial genome.
Gastrointestinala infektioner och PCR-diagnostik. Kristina Nyström och Annika Ljung Klinisk Mikrobiologi Sahlgrenska universitetssjukhuset 150312
Gastrointestinala infektioner och PCR-diagnostik Kristina Nyström och Annika Ljung Klinisk Mikrobiologi Sahlgrenska universitetssjukhuset 150312 Bakteriella gastroenteriter Dominerande världshälsoproblem
Tentamen Medicinsk vetenskap Kurs: M0029H
Institutionen för hälsovetenskap Röntgensjuksköterskeprogrammet Tentamen Medicinsk vetenskap Kurs: M0029H Lärare Delmoment Fråga Max G 70 % VG 90 % Anders Österlind Infektionssjukdomar 1-14 21p 14p 19p
Smittskyddsdag Hudiksvall Gävle. Smittskydd, Vårdhygien, Kliniskt Mikrobiologiskt Laboratorium
Smittskyddsdag 2014-03-25 Hudiksvall 2014-04-01 Gävle Smittskydd, Vårdhygien, Kliniskt Mikrobiologiskt Laboratorium C. trachomatis, Intracellulär bakterie nuvarande test pcr riktat mot target på genom
Framtida tekniker MLPA (Multiplex Ligation Probe Amplification) med tillämpning inom Talassemi. Dick Nelson Klinisk kemi, Labmedicin Skåne
Framtida tekniker MLPA (Multiplex Ligation Probe Amplification) med tillämpning inom Talassemi. Dick Nelson Klinisk kemi, Labmedicin Skåne α-talassemi 4 genotyper Wild type αα / αα - - α + -talassemi α
Resistensåterkoppling Värmland STRAMA-möte 19/
Resistensåterkoppling Värmland 217 STRAMA-möte 19/12 217 Statistik baserad på odlingar utsvarade 1/1-3/11 217. S pneumoniae Samtliga odlingar, korrigerad statistik PcV: 11.2 % resistenta Ännu ingen ampicillin-resistens!
GlaxoSmithKline AB, tel 08-638 93 00. www.glaxosmithkline.se, info.produkt@gsk.com 20090406SYNF:225
GlaxoSmithKline AB, tel 08-638 93 00. www.glaxosmithkline.se, info.produkt@gsk.com 20090406SYNF:225 Synflorix Nytt vaccin mot pneumokocker! Polysackaridvaccin mot pneumokockinfektioner, konjugerat, adsorberat.
Pneumokocker är. är den. okända för. de flesta. (MRSA) svenskar 50 år eller (2). stigande. Risken att insjukna 1 (5)
Pressmeddelande Sollentuna 6 juni 2012 Sifo: Stor okunskap om vanligaste bakterien som orsakar lunginflammation Pneumokocker är den vanligaste orsaken till lunginflammation och den bakterie som orsakar
Ackrediteringens omfattning - klinisk mikrobiologi
Ackrediteringens omfattning - klinisk mikrobiologi Intern riktlinje Komponent/Undersökning Klinisk bakteriologi Clostridium difficile ribotypning Corynebacterium diphtheriae typning och toxinbestämning
Invasiv pneumokockinfektion kan ge meningit hos barn Osäkert om USA-vaccin skyddar tillräckligt många
originalstudie Invasiv pneumokockinfektion kan ge meningit hos barn Osäkert om USA-vaccin skyddar tillräckligt många MARGARETA ERIKSSON, med dr, överläkare, Margareta.Eriksson @karolinska.se RUTGER BENNET,
Expertgruppen för medicinsk mikrobiologi EQUALIS-representanter Eva Burman, Karin Dahlin-Robertsson och Keng-Ling Wallin.
Expertgruppen för medicinsk mikrobiologi 2011-12 Therese Bergstrand Kåre Bondesson Mia Brytting Eva Hedvall Torbjörn Kjerstadius Ilona Lewensohn-Fuchs Kerstin Malm Magnus Thore Christina Welinder-Olsson
Nr 1/2011 MINSKA ONÖDIG ANTIBIOTIKAANVÄNDNING
Smittskyddsenheten AKTUELLT FRÅN Smittskydd&Vårdhygien I DALARNA Anders Lindblom, smittskyddsläkare 023-49 23 26 Astrid Danielsson, bitr smittskyddsläkare 023-49 06 23 Bodil Petersén, smittskyddssköterska
Mona Insulander. Epidemiolog / Smittskyddssjuksköterska. Smittskydd Stockholm. 16 maj
Epidemiolog / Smittskyddssjuksköterska Smittskydd Stockholm 16 maj -2017 Sidan 1 E-coli, Eschericias coli Entertoxinbildande E. coli (ETEC) Enterohemorragiska E. coli (EHEC) Enteropatogena E. coli (EPEC)
Pilotstudie NGS: E. coli ESBL från patienter med misstänkt sepsis
Pilotstudie NGS: E. coli ESBL från patienter med misstänkt sepsis Helena Enroth, Med Dr (PhD), Klinisk molekylärbiologi, Unilabs, Skövde och Adj. Professor, Systems Biology Research Group, Inst. för biovetenskap,