Hearing on opportunities for national coordination of microscopy in the life sciences

Transkript

1 Hearing on opportunities for national coordination of microscopy in the life sciences Datum: 19 sep 2012 Tid: Plats: Lundqvist & Lindqvist på Västra Trädgårdsgatan 15 ("Tändstickspalatset"), Stockholm Arrangör: Vetenskapsrådet, Swedish Research Council Stockholm September 19, 2012 Research in biology and medicine often makes use of various imaging technologies. The ability to image and interpret biological structures and processes, including microscopy, provides an important understanding of how tissues and cells function. The continuous development of new advanced technologies and opportunities to make new complex issues has resulted in increased need of resources and expertise for imaging. To ensure that the right investments are being made and that the resources are used in a way needed a national overview and strategy. How should existing facilities for microscopy be cared for and organized so that the research community will benefit in the best way? What new resources are needed? What national and international initiatives are available? Which parts of the future microscopy activities need to be local or national? Good examples from the world around us should be utilized, as well as the opportunities offered by new technologies. In order to illustrate how a national coordination of equipment and other resources in microscopy could be designed the Research Council has initiated an investigation in which researchers' needs for coordination and technology are the focus. As part of this examination, you are invited to an open hearing. Please spread this invitation to anyone you think might be interested.

2 Forskning inom biologi och medicin använder sig ofta av olika tekniker för avbildning. Möjligheten att avbilda och tolka biologiska strukturer och förlopp med bland annat mikroskopi, ger en viktig förståelse för hur vävnader och celler fungerar. Den kontinuerliga utvecklingen av nya avancerade tekniker och möjligheter att ställa nya komplicerade frågeställningar har medfört ökade behov av resurser och kompetens för avbildning. För att säkerställa att rätt satsningar görs och att de resurser som finns används på ett sätt behövs en nationell överblick och strategi. Hur ska existerande resurser för mikroskopi vårdas och organiseras så att de kommer forskarsamhället till godo på bästa sätt? Vilka nya resurser behövs? Vilka nationella och internationella initiativ finns? Vilka delar av framtida mikroskopiverksamhet behöver vara lokala respektive nationella? Goda exempel från vår omvärld bör tas tillvara, liksom de möjligheter som ny teknik erbjuder. I syfte att belysa hur en nationell samordning av utrustning och andra resurser inom mikroskopi skulle kunna utformas har Vetenskapsrådet initierat en utredning där forskarnas behov av samordning och teknik står i fokus. Utredare är Karl-Eric Magnusson, Linköpings universitet. Som en del av utredningsarbetet hålls denna öppna hearing på Vetenskapsrådet den 19 september. Välkommen att anmäla dig i formuläret nedan.

3 Agenda 10:00-10:30 Coffee 10:30-10:45 Welcome, Karl-Eric Magnusson, analyst and chairman of the Swedish Bioimaging network 10:45-11:00 Research Council's work with the research infrastructure, Juni Palmgren, Secretary General of the Council for Research Infrastructures (RFI) 11:00-11:15 Research Council initiative in imaging (microscopy), Dick Heinegård, the Council for Research Infrastructures (RFI) 11:15-12:30 Examples of Swedish and international infrastructure in microscopy: Euro-bioimaging, the European infrastructure for bioimaging Pamela Zolda EuroBioimaging (direct on video) A Swedish infrastructure for imaging: Swedish Bioimaging Orjan Smedby, Head Swedish Bioimaging A Nordic perspective on building infrastructure for microscopy John Eriksson, Department of Biosciences, Åbo Akademi University, Finland The design of an infrastructure from a Swedish-Canadian experience Tommy Nilsson, McGill University Health Centre, Montreal Canada 12:30-13:00 Summary of the Survey questionnaire, Karl-Eric Magnusson 13:00-13:30 Lunch (wraps are served at the meeting room) 13:30-14:30 Discussion on survey responses and new views. 13:30-14:30 Future national and international needs of technology and other resources in microscopy: Possibilities Using synchrotron radiation for bioimaging Crister Ceberg, Radiation Physics, Lund University, Lund - NL-BioImaging Advance Microscopy Challenges for for advanced live and functional microsopy in the next 10 years Dorus Gadella, van Leeuwenhook Centre for Advanced Microscopy, Amsterdam, The Netherlands New microscopy developments in the life sciences Alberto Diaspro, University of Genoa, Italy (on dvd video) 14:30-15:00 Discussion of the needs and possible future developments in microscopy for life sciences 15:00-15:20 Coffee 15:20-17:00 Cont. discussions about needs and possible future developments in microscopy for life sciences Summary of the day and the continued work Contact/Kontakt Karl-Eric Magnusson Tove Andersson

4 Welcome Looking forward to an active day Rapid response from the Swedish universities and reference groups, very comprehensive and optimistic Today s meeting will be followed and summarized by a professional editor, and continuous input is welcome Some program changes: John Ericsson from Åbo /Turku Bioimaging cannot come other urgent duties in Åbo Dorus Gadella will not come either, but I (KEM) will present a new proposal NL BioImaging Advanced Microsopy as a substitute, but before lunch we are happy to have introductions by Juni Palmgren and Dick Heinegård, for the Swedish Research Council for Infrastuctures and presentations by Pamela Zolda representing EuroBioimaging, Örjan Smedby the Swedish Bioimaging Network and Tommy Nilsson, who has personal experiences from EMBL, Göteborg and lately Montreal in Canada and after lunch an input from Crister Ceberberg on the potential use of synchrotron light at Max IV and by Alberto Diaspro, Genoa, Italy on video. I will summarize the result of the survey and the we have ample time to discuss the possibilities and opportunities for national coordination of microscopy in the life sciences, and in the end give support to the research council for wise decisions on our microscope future!

5 Linköping den 4 maj 2012 Till Universitets- och fakultetsledningar och berörda forskargrupper vid svenska universitet Bästa forskarkollegor! Jag har fått det hedrande och uppfordrande uppdraget från VR-RFI att utreda Möjligheter för nationell samordning inom mikroskopi inom livsvetenskaperna. Uppdragets innehåll framgår av nedanstående text. Jag ser det som ett viktigt initiativ som berör många forskare och satsningar som görs lokalt, regionalt och nationellt inom Sverige, men också i vårt närområde och i Europa inom ramen för ESFRI processen. Jag bifogar också den senaste infrastrukturguiden från VR-RFI. Uppdraget har en relativt snäv tidsram och skall redovisas senast , dvs inom detta år. Jag behöver därför snabb hjälp från er i flera avseenden: Förslag på kontaktperson eller arbetsgrupp vid er fakultet eller universitet, helst någon/några som representerar starkt intresse och kompetens inom mikroskopi; dessa kommer också att utgöra en nationell referensgrupp. Svar eller kommentarer till de beaktanden, begränsningar, frågeställningar och arbetsmoment som beskrivs nedan; svara gärna direkt under respektive rubrik i missivet. Ge gärna också förslag på internationella experter som skulle kunna vara med vid en nationell hearing under hösten Även om utredningen är begränsad till mikroskopi inom livsvetenskaperna, ber jag den av er utsedda gruppen att beskriva kontaktytor och samverkan med natur- och teknikvetenskap och att fundera på hur nationell metod- och metodikutveckling inom mikroskopi skall kunna befrämjas. Tidsplan- önskedröm: Förslag på kontaktperson/arbetsgrupp fredag 18 maj! Svar på enkäten fredag 22 juni! Sammanställning av synpunkter (sommararbete för undertecknad) Återkoppling till kontaktpersoner/ referensgrupp i augusti Hearing i september Sammanfattning av synpunkter och hearing, samt preliminär rapport oktober-november Redovisning för VR-RFI december Som synes goda ambitioner men också ett viktigt och intressant uppdrag, som relaterar till hur vårt behov av infrastrukturellt stöd kan skapas och vidmakthållas lokalt, regionalt och nationellt, och i internationell samverkan. Till mitt förfogande finns en bra budget för att täcka eventuella möteskostnader och deltagande av internationella gäster. Bästa hälsningar Karl-Eric Magnusson, professor Tel: ; fax: ; e-post: karl-eric.magnusson@liu.se Adress: avd f medicinsk mikrobiologi, IKE, Linköpings universitet, Linköping

6 Uppdraget ska redovisas senast Beaktanden: Utredningen bör genomföra en nationell diskussion, som kan ligga till grund för utarbetande av en nationell strategi. Ett flertal frågeställningar bör identifieras med avseende på utvärdering av nuvarande behov och tillgänglighet, samordning på ett nationellt plan och framtida utvecklingsmöjligheter. För att upprätthålla en hög kvalitet på verksamheten behövs bland annat: - specialanläggningar av hög kvalitet, - en avvägd sammansättning av personal med kompletterande kompetenser, - specialutbildning på olika nivåer, - samt tillgång för forskare. Begränsningar: Utredningen avser endast svensk infrastruktur i Sverige men ska belysa hur europeisk/internationell samverkan kan uppnås. Frågan om infrastrukturens huvudmannaskap ingår inte i uppdraget. Frågeställningar som bör belysas: 1. Vilken utrustning för mikroskopi finns idag, vilka är dess arbetsområden och förutsättningar? 2. Vad behöver sektorn och forskarna i form av infrastruktur inom området? 3. Vilka samordningsmöjligheter finns mellan existerande utrustningar?

7 Summary of the survey questionnaire! Rapid response from our universities and from reference from our larger ones, but it is by no means too late, the report to VR:RFI is due only by the end of the year! General issues There are very, very many microscopes all over Sweden among individual scientists, research groups, centers of excellence and university core facilities There are a few nodes that can be regarded as truly national, and available to the scientific community, see ELMI, Swedish BioImaging network, and EuroBioImaging Proof-of-Concept Studies 2012 Some of the imaging facilities can be regarded as mature and very well equipped with support from many sources Most facilities have high expectations on the future access to advanced and contemporary imaging and analyses possibilities Most answers express the needs for local (University) and national (VR, other funding agencies) support for: New microscopes for high content, high throughput, high resolution (micrometer nanometer), dynamic ( /s), volume rendering, live cell and functional imaging New dyes and reporters, chemical biology and systems biology- microscopy New light sources Image analyses tools New imaging algorithms Image databases Basic and advanced training, dry and hands-on courses National nodes with the newest and most expensive microscopes, well equipped for living and experimentation Support for individual, national and international new developments The list can be made much longer, but that is what we will discuss today